Văn bản số 2000/BTC-TTr của Bộ Tài chính cho biết, hiện nay tại TP Hà Nội, TP Hồ Chí Minh và các tỉnh, thành phố trực thuộc T.Ư khi giao đất cho thuê đối với đất nhà nước thu hồi do sắp xếp lại, xử lý trụ sở làm việc, cơ sở hoạt động sự nghiệp, cơ sở sản xuất, kinh doanh mà tài sản gắn liền với đất thuộc sở hữu nhà nước đã không thực hiện đấu giá quyền sử dụng đất nhưng chưa được sự đồng ý của Thủ tướng Chính phủ.
Căn cứ vào báo cáo rà soát của Tổng cục Thuế tính từ ngày 1/7/2014 đến ngày 30/11/2016 có khoảng 60 trường hợp doanh nghiệp Nhà nước, doanh nghiệp Nhà nước cổ phần được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển đổi mục đích sử dụng đất.
Việc cổ phần hoá doanh nghiệp nhà nước, nhất là những doanh nghiệp nhà nước đang được nhà nước cho thuê đất ở những vị trí có giá trị thương mại ở trung tâm thành phố, tuy nhiên việc xác định giá trị doanh nghiệp trong thời ký chế độ quy định không tính giá trị quyền sử dụng đất vào giá trị doanh nghiệp để cổ phần hoá, nhưng không thực hiện đấu giá khi cổ phần hoá.
Việc thực hiện sắp xếp lại cơ sở nhà, đất được UBND tỉnh, thành phố cho chuyển mục đích để xây dựng trung tâm thương mại, văn phòng cho thuê và nhà ở để bán nhưng không thực hiện đấu giá theo quy định tại Luật Đất đai.
Việc xác định giá đất để thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất chủ yếu dựa vào kết quả của doanh nghiệp tư vấn nhưng không đầy đủ và chưa sát với giá thị trường.
Việc xác định giá đất làm căn cứ thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất tại một số địa phương chưa thực hiện đầy đủ trình tự, thủ tục theo quy định. UBND tỉnh, thành phố phê duyệt giá đất làm căn cứ thu tiền sử dụng đất nhưng chưa xin ý kiến Thường trực Hội đồng nhân dân tỉnh, thành phố và không báo cáo Hội đồng nhân dân tỉnh, thành phố tại kỳ họp gần nhất.
Để chấn chỉnh, xử lý các tồn tại trong quản lý và sử dụng đất đai, Bộ Tài chính đề xuất Thủ tướng Chính phủ thực hiện kế hoạch thanh tra năm 2017. Theo đó, Thanh tra Chính phủ đã có kế hoạch thanh tra đối với dự án có dấu hiệu không thực hiện đúng mục đích đầu tư, có dấu hiệu vi phạm pháp luật Đất đai và xác định tiền sử dụng đất, tiền thuê đất chưa sát với giá thị trường làm thất thu ngân sách nhà nước.
Bộ Tài chính đã trình Thủ tướng giao Thanh tra Chính phủ tham khảo danh sách các cơ sở nhà, đất chuyển mục đích sử dụng đất để thực hiện các dự án đầu tư. Danh sách tổng hợp này bao gồm nhiều dự án lớn trên cả nước.
Bộ Tài chính cũng kiến nghị Thủ tướng yêu cầu Chủ tịch UBND các tỉnh, thành phố tạm thời đình chỉ thi công các dự án xây dựng nhà cao tầng đang triển khai thực hiện tại trung tâm thành phố lớn mà chưa thực hiện đúng thẩm quyền giao sử dụng đất không qua đấu giá và phải tổng hợp báo cáo Thủ tướng Chính phủ theo đúng thẩm quyền.