Trải qua các biến cố lịch sử, hệ thống chùa, tháp, thiền viện ở Hà Tĩnh phần lớn bị hư hại, bỏ hoang. Hà Tĩnh đã có thời kỳ trở thành miền đất trắng về Phật giáo. Các di tích cấp quốc gia này cũng chịu ảnh hưởng không nhỏ của những tác động tiêu cực ấy. Các công trình kiến trúc một thời gian dài không được trùng tu, tôn tạo, đất chùa bị lấn chiếm. Nhưng đây là những ngôi chùa còn giữ lại được nhiều nhất giá trị lịch sử văn hóa và nghệ thuật, bởi chùa được xây dựng khá kiên cố, quy mô lớn so với các ngôi chùa khác ở Hà Tĩnh và được cộng đồng chung sức gìn giữ.
Chùa Hương Tích
Chùa Hương Tích Hà Tĩnh nằm ở lưng chừng đỉnh Hương Tích – một trong những ngọn núi đẹp, hùng vĩ nhất của dãy Hồng Lĩnh thuộc xã Thiên Lộc, huyện Can Lộc, tỉnh Hà Tĩnh.
Ngôi chùa này được xây dựng vào thời nhà Trần, nhưng qua nhiều biến cố, kiến trúc đời Trần không còn nữa. Quần thể kiến trúc hiện nay của chùa là kiến trúc được tôn tạo vào thời Nguyễn gồm: đường lên di tích, chợ trời, vườn chùa, sân, nhà bái đường, thượng điện, khu hành lang, sân nhà Thánh Mẫu...
Chùa Chân Tiên
Chùa Chân Tiên (Chân Tiên tự) tọa lạc trên đỉnh núi Tiên An, một trong 99 ngọn núi của dãy Hồng Lĩnh, được tôn xưng là “Tiên An đệ nhất danh lam”, nổi tiếng bởi khung cảnh nên thơ, hùng vỹ. Đây cũng là di tích thuộc địa phận xã Thịnh Lộc, huyện Lộc Hà, tỉnh Hà Tĩnh.
Chùa Chân Tiên được xây dựng vào thời nhà Trần. Trải qua thời gian, chùa bị hư hỏng nặng và đã được tu sửa nhiều lần. Hiện nay, chùa gồm hai tòa, một thờ Phật và một thờ Thánh Mẫu. Tòa thờ Phật là một kiến trúc gồm ba gian, lợp ngói âm dương, bốn cột xây, ba bên có tường bao quanh, phía trước để thoáng.
Chùa Yên Lạc
Hiện chưa xác định chính xác chùa Yên Lạc ra đời vào năm nào, theo sách Hà Tĩnh di tích quốc gia và quốc gia đặc biệt thì chùa đã có mấy trăm năm. Chùa bao gồm các công trình kiến trúc: nghi môn, hạ điện, trung điện và thượng điện, bố trí theo một trục thẳng, nền của các công trình sau cao hơn các công trình trước. Đối xứng qua trục công trình chính, là nhà cô hồn phía Tây và nhà bia phía Đông, tạo cho chùa có một sự đăng đối, hài hòa và trang nghiêm.
Năm 1994, chùa được công nhận Di tích lịch sử - văn hóa cấp quốc gia. Từ đây, công tác bảo vệ di tích được các cấp chính quyền quan tâm, Hội Phật giáo Hà Tĩnh làm tốt công tác xã hội hóa trong việc bảo tồn, trùng tu, tôn tạo chùa, hơn 80% nguồn kinh phí tôn tạo chùa đều từ sự đóng góp của cộng đồng.
Chùa Diên Quang (chùa Am)
Chùa đã từng được trùng tu nhiều lần dưới triều nhà Nguyễn, cho đến năm 2000, chùa được đánh giá là xuống cấp một phần. Năm 2010, chùa Am được trùng tu giai đoạn 1 với khuôn viên bên ngoài, kết hợp với kiến trúc chùa cổ tạo thành một khối thống nhất theo đúng kiến trúc “nội công ngoại quốc”.
Ngày 13-2-1995, Bộ Văn hóa - Thông tin (nay là BVHTTDL) đã ra quyết định công nhận chùa Diên Quang là Di tích lịch sử - văn hóa quốc gia, loại hình kiến trúc nghệ thuật tôn giáo.
Chùa Thiên Tượng
Chùa Thiên Tượng được xây dựng vào khoảng TK XIV đời nhà Trần. Chùa tọa lạc trên núi cùng tên, trong một khuôn viên rộng, được giới hạn bởi hai con suối.
Trong thập kỷ 1990, chùa đã được nhân dân đóng góp tu bổ, cảnh quan khuôn viên dần được phục hồi, nhà thượng tịnh, nhà tăng, nhà khách, cũng được tôn tạo lại, đường lên chùa, hệ thống tháp, tượng đài cũng được sửa sang, đồ tế tự được bổ sung.
Chùa Tượng Sơn
Tượng Sơn được xây dựng vào TK XVII, do mẹ của danh y Lê Hữu Trác là bà Bùi Thị Thường khởi dựng. Chùa gồm ba tòa: Thượng điện thờ Phật Thích Ca Mâu Ni ở chính điện, hai bên thờ họ nội và họ ngoại của danh y Lê Hữu Trác. Hạ điện là một lầu chuông tám mái, chạm trổ tinh xảo.
Chùa Thịnh Xá và đền Bạch Vân
Đền Bạch Vân và Chùa Thịnh Xá là loại hình di tích kiến trúc nghệ thuật cuối thời Lê, đầu thời Nguyễn còn giữ được cho đến ngày nay. Di tích đền Bạch Vân và chùa Thịnh Xá thuộc loại hình kiến trúc nghệ thuật đã được xếp hạng di tích quốc gia năm 2008.