Ngày 07/11/1981, Đại hội Đại biểu Phật giáo toàn quốc lần thứ I được tổ chức tại chùa Quán Sứ, hội tụ 165 đại biểu của 9 tổ chức, hệ phái (Hội Phật giáo Thống nhất Việt Nam, Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất, Giáo hội Phật giáo Cổ truyền Việt Nam, Ban Liên lạc Phật giáo Yêu nước Tp.Hồ Chí Minh, Giáo hội Tăng-già Nguyên thủy Việt Nam, Hội Sư sãi Yêu nước miền Tây Nam Bộ, Giáo hội Tăng-già Khất sĩ Việt Nam, Giáo hội Phật giáo Thiên Thai giáo Quán tông, Hội Phật học Nam Việt).
Sau ngày thành lập Giáo hội Phật giáo Việt Nam, trường Trung cấp Phật học Việt Nam đầu tiên được thành lập (nay được nâng lên thành Học viện Phật giáo Việt Nam tại Hà Nội) và đặt tại chùa Quán Sứ. Đây là nơi đào tạo các tăng, ni bậc Đại học với thời gian học là 4 năm 1 khóa.
Từ Đại hội Đại biểu Phật giáo Toàn quốc lần thứ II đến lần thứ VII được diễn ra tại Cung Văn hóa Lao động Hữu nghị Việt Xô, nhưng chùa Quán Sứ luôn là nơi đón tiếp các phái đoàn, tiến hành các khóa lễ trước khi diễn ra phiên Khai mạc Đại hội Đại biểu Phật giáo Toàn quốc.
Theo sách “Chùa Quán Sứ” của tác giả Nguyễn Đại Đồng, chùa Quán Sứ khởi dựng vào thời Lê Trung Hưng (thế kỷ XVI) chùa chỉ gồm ba gian nhà ngói, thờ Phật. Đến thời Lê Mạt do loạn kiêu binh năm 1781 chùa bị tàn phá, mất hết diện mạo chân thực ban đầu. Sau đó vài ba năm chùa được dựng lại, tiền đường thờ Phật, hậu đường thờ Lý Triều Quốc Sư.
Cổng Tam quan được xây bằng gạch kiểu chồng diêm ba tầng. Dưới tầng mái là gác chuông cửa tròn.
Bước qua cổng Tam quan là phần sân rộng gần 20 mét, sâu 6 mét, lát gạch, đây là nơi diễn ra các khóa lễ ngoài trời, nơi tín đồ phật tử hành lễ. Chùa chính được xây trên nền cao hơn mặt sân khoảng 1,9 mét, từ sân lên nền chùa với 11 bậc ốp bằng đá.
Tiền đường 7 gian cao, rộng rãi, thoáng mát, kiến trúc kiểu nhà có mái chồng diêm, hai tầng mái, lợp ngói ống.
Nhìn vào Chính điện, ngoài cùng là hương án, trên đặt tòa Cửu phẩm đèn mầu lấp lánh. Trong Thượng điện có 4 lớp thờ, tính từ trên xuống:
- Lớp trên cùng là 3 pho tượng Tam thế có kích thước và hình dáng giống nhau, đều ngồi trên tòa sen. Phía bên trái chếch trên hàng thứ 1 là tượng Bồ tát Văn Thù, phía bên phải là tượng Bồ tát Phổ Hiền.
- Lớp thứ 2: trước tượng Tam thế là tượng Tây phương tam Thánh gồm tượng Phật A Di Đà chính giữa, bên phải là tượng Đại Thế Chí Bồ tát, bên trái là tượng Quan Thế Âm Bồ tát.
- Lớp thứ 3: ở giữa là tượng Phật Thích Ca Mâu Ni tay cầm hoa sen hay còn được gọi là Thích Ca niêm hoa. Bên trái tượng Phật Thích Ca là tượng Ngài Ca Diếp, còn bên phải là tượng Ngài A Nan Đà.
- Lớp ngoài cùng là tượng Thích Ca Cửu long.
Bên trái phía trong Tiền đường là cung thờ tượng Địa Tạng Vương Bồ tát, bên phải là cung thờ Quan Âm Chuẩn Đề 18 tay.
Phía sau Chính điện là nhà Tổ ở tầng 2 được nối bằng 2 hành lang cầu thang ốp đá, phía dưới nhà Tổ tầng 1 là Giảng đường lớn, tầng 3 là nhà Triển lãm.
Văn phòng Trung ương Giáo hội, phòng họp được đặt trên tầng 2 dãy nhà giải vũ (phía bên phải hướng đi từ cổng Tam quan vào chùa). Phía bên trái là nơi đặt trụ sở của 13 ban, viện Trung ương trên tầng 2, tầng 1 là phòng thư viện và nhà khách tiếp các đoàn khách đến làm việc và viếng thăm cảnh chùa.
Chùa Quán Sứ cũng là nơi diễn ra nhiều hoạt động sinh hoạt văn hóa tín ngưỡng như: lễ Phật đản, lễ Vu lan, cung rước Xá lợi Phật, đêm hội hoa đăng, các ngày Vía chư Phật, Bồ tát…; ngoài ra còn có các hoạt động của các đạo tràng, của câu lạc bộ thanh niên phật tử và các nghi thức hành chính của Giáo hội Phật giáo Việt Nam như các hội nghị, hội thảo đều được tổ chức tại Hội trường chính.
Chùa Quán Sứ luôn được chọn là trụ sở của các tổ chức Phật giáo và lịch sử chùa luôn gắn liền với lịch sử phong trào Phật giáo miền Bắc trước đây và của cả nước sau ngày thống nhất đất nước.
