Quy định tại Điều 82, Chương 13 về Khen thưởng và Kỷ luật, Hiến chương GHPGVN nêu rõ:

Hình thức kỷ luật:

1. Thành viên Giáo hội Phật giáo Việt Nam vi phạm giới luật, Hiến chương, Quy chế, Nội quy của Giáo hội, tùy theo mức độ vi phạm, Giáo hội sẽ xử lý theo giáo luật.

2. Thành viên Giáo hội Phật giáo Việt Nam có hoạt động và hành vi làm tổn hại đến thanh danh, đến sự hòa hợp, đến quyền lợi của Giáo hội hoặc các thành viên của Giáo hội, phương hại đến khối đại đoàn kết toàn dân tộc, đến hòa bình, độc lập, thống nhất của Tổ quốc, Giáo hội sẽ xử lý theo giáo luật và tùy mức độ vi phạm, Giáo hội sẽ đề nghị cơ quan Nhà nước có thẩm quyền xem xét, xử lý theo pháp luật.

3. Thành viên của Giáo hội Phật giáo Việt Nam bị hạn chế quyền công dân do vi phạm pháp luật thì đương nhiên mất tư cách là thành viên của Giáo hội.

4. Các thành viên bị khai trừ, sau khi hết thời gian kỷ luật, hối cải, có thể xin gia nhập lại Giáo hội. Trường hợp bị hạn chế quyền công dân mà đã được phục hồi quyền công dân thì có thể được xin phục hồi tư cách thành viên Giáo hội Phật giáo Việt Nam.