Đến thời Vua Trần Nhân Tông (1278 – 1293), Chùa được mở mang, trùng tu lại và đổi tên thành Vĩnh Nghiêm.
Bắc Giang là mảnh đất trù phú, được thiên nhiên ưu đãi tạo nên nhiều cảnh quan thiên nhiên tươi đẹp. Đây cũng là mảnh đất giàu truyền thống văn hóa với lịch sử lâu đời, nhiều làng nghề truyền thống độc đáo, các lễ hội đậm đà tính nhân văn, cùng nhiều sản vật ngon nổi tiếng.
Nhắc đến Bắc Giang, không thể không nói đến vẻ đẹp văn hóa tâm linh của nơi đây, đặc biệt là ngôi chùa Vĩnh Nghiêm, nơi được coi là chốn tổ của Thiền phái Trúc Lâm. Chùa Vĩnh Nghiêm có tên gọi khác là chùa Đức La (tên chữ là Vĩnh Nghiêm Tự), chùa được tọa lạc tại nơi hợp lưu của sông Lục Nam và sông Thương (gọi là ngã ba Phượng Nhãn).
Chùa nhìn ra ngã ba sông, phía Lục Đầu Giang – Kiếp Bạc, vùng Cẩm Lý cửa ngõ ra vào núi Yên Tử. Bao quanh chùa là núi non trong đó có núi Cô Tiên. Bên kia sông là vương phủ của Trần Hưng Đạo, đền Kiếp Bạc. Đây là ngôi chùa cổ có từ thời Lý, đến thế kỷ XIII được Phật Hoàng Trần Nhân Tông tu bổ, xây dựng thành trung tâm Phật giáo của Thiền phái Trúc Lâm.
Với vai trò là một trong chốn tổ của thiền phái, chùa Vĩnh Nghiêm được xây dựng với quy mô kiến trúc bề thế, nhiều hạng mục, mang tính quy chuẩn, mẫu mực của kiến trúc chùa tháp truyền thống. Đây là ngôi chùa cổ có kiến trúc giàu bản sắc Phật Việt nhất mà không ngôi chùa nào trong vùng có được, xứng danh là một “đại danh lam cổ tự”.
Chùa có các khối kiến trúc chính: Cổng tam quan, Tòa tiền đường, Thiêu hương, Thượng điện, Nhà tổ đệ nhất, Gác chuông, Nhà tổ đệ nhị, Hai dãy hành lang đông tây, Khu vườn tháp. Năm 1964 chùa được xếp hạng là di tích Lịch sử – Văn hóa cấp Quốc gia.
Hiện tại, chùa lưu giữ nhiều hiện vật cổ như hệ thống tượng Phật, hoành phi câu đối, tranh, bia đá… Trong đó, nổi bật là 3.050 bản ván gỗ khắc chữ Hán và Nôm gồm các bộ kinh sách đạo Phật, sự nghiệp của các vị cao tăng và nhiều sách hướng dẫn chữa bệnh bằng các bài thuốc dân gian… Những bản mộc bản này được lưu giữ cẩn thận, chữ rất sắc nét, có giá trị nghệ thuật vô giá. Năm 2012, mộc bản chùa Vĩnh Nghiêm đã được UNESCO công nhận là Di sản tư liệu khu vực châu Á – Thái Bình Dương thuộc chương trình Ký ức thế giới.
Theo Đại đức Thích Thanh Vịnh: “Kho mộc thư vẫn còn lưu giữ 34 đầu sách với gần 3000 bản khắc, mỗi bản 2 mặt, mỗi mặt 2 trang sách âm bản chứa khoảng 2000 chữ Hán và chữ Nôm. Trong đó có những bản khắc đặc biệt quý như Khóa Hư Lục, Kinh Hoa Nghiêm…”.
"Mộc thư khố" được lưu giữ tại 8 kệ sách trong điện chính của chùa. Đây là kho sách bằng gỗ có tổng số hơn 3.000 bản, trong đó hầu hết là kinh, sách thuốc, luật giới nhà Phật. Số còn lại là trước tác của Tam thế tổ và một số vị cao tăng dòng thiền Trúc Lâm Yên Tử (thơ, phú, nhật ký...) được khắc bản cách đây trên dưới 200 năm.
Theo dòng lạc khoản khắc ở bài tựa và dòng lạc khoản cuối các cuốn kinh thì kho mộc thư chùa Vĩnh Nghiêm phần nhiều được khắc in dưới triều các vua Tự Đức, Thành Thái nhà Nguyễn (nửa sau thế kỷ XIX), một số ít được khắc dưới triều vua Cảnh Hưng, nhà Lê (nửa cuối thế kỷ XVIII ). Căn cứ vào bản "Tâm thượng ngư vĩ" của mộc bản thấy rằng: kho mộc bản có hơn ba chục đầu kinh, sách các loại, trong đó quá nửa là mộc bản khắc bộ Hoa Nghiêm kinh, còn lại là Di Đà kinh, Quan Thế âm kinh, Tì Kheo ni giới kinh, Khai thánh chân kinh... và các sách, luật nhà Phật.
Các mộc bản này đều bằng chất liệu gỗ cây thị, có nhiều kích cỡ khác nhau tùy theo từng kinh sách. Bộ "Yên Tử nhật trình" có niên đại cuối thế kỷ XVI, là bộ ván in cổ nhất của kho mộc thư chùa Vĩnh Nghiêm, có kích thước 1,8x0,3 m là bộ lớn nhất, trong khi bộ "Dấu chấn" kích thước 0,25x0,17m là cuốn nhỏ nhất.
Từ những ván khắc đó, người xưa phủ mực in lên trên rồi in và đóng sách theo khuôn mẫu với đủ "biên lan", "bản tâm", "ngư vĩ", "thiên đầu, địa cước". "Biên lan" có khung viền lề trang sách là một đường chỉ to và một đường chỉ nhỏ. "Bản tâm" cho biết tên sách, thứ tự trang sách. Thượng hạ Bản tâm có "Ngư vĩ" (đuôi cá) theo kiểu song "Ngư vĩ". Tả hữu, thượng hạ "Biên lan" có "Thiên đầu - Địa cước". "Biên lan" có khung viền 4 lề trang sách, gồm 1 đường chỉ to và 1 đường chỉ nhỏ (người xưa gọi là Văn vũ Biên lan). Tả hữu, thượng hạ "Biên lan" có "Thiên đầu - Địa cước" rộng chừng 2,5 cm. Nhiều trang được các nghệ nhân xưa khắc đan xen thêm những bức minh hoạ, đường nét tài hoa tinh tế, nét chữ bay bổng, siêu thoát, bố cục chặt chẽ hài hoà, xứng đáng là tác phẩm đồ hoạ trứ danh của mọi thời đại.
Chùa được công nhận là một trung tâm Phật giáo, nơi đào tạo tăng đồ cho cả nước, nơi phát tích Tam Tổ phái Thiền Trúc Lâm của Phật giáo Việt Nam. Năm 2015, chùa được Nhà nước Việt Nam công nhận là Di tích quốc gia đặc biệt. Trải qua hơn 700 năm hình thành, chùa Vĩnh Nghiêm vẫn còn được bảo tồn nguyên vẹn, trở thành chốn văn hóa tâm linh linh thiêng ở Bắc Giang cho du khách thập phương tham quan, chiêm bái.
Lễ hội chùa Vĩnh Nghiêm được tổ chức vào ngày 14/2 âm lịch hàng năm, phù hợp với thời tiết mùa xuân, hợp mùa lễ hội. Ngày nay, các nhà sư gọi là ngày giỗ tổ chùa. Do là ngày giỗ tổ chùa nên tính chất lễ hội ít mà tính chất lễ giỗ nhiều hơn.
