Dấu tích kiến trúc còn lại cho thấy chùa Bồ Vàng có niên đại khởi dựng từ thời Lý (1010 – 1225), được trùng tu mở rộng với quy mô lớn dưới thời Lê Trung Hưng.

Ngôi chùa cổ bị phá hủy hoàn toàn trong kháng chiến chống thực dân Pháp giai đoạn (1945 – 1954). Khi hòa bình lập lại một ngôi chùa nhỏ được dựng lên ngay sát bờ đê gần sông Cầu để làm nơi thờ phật. Năm 1992 địa phương xây dựng ngôi chùa hiện nay trên khu nền đất chùa xưa.

Chùa gồm 2 hạng mục công trình kiến trúc chính: Toà Tam bảo có mặt bằng kiến trúc hình chữ Đinh là sự liên kết của 5 gian Tiền đường và 2 gian Thượng điện, nhà Tổ 5 gian – theo phong cách nghệ thuật kiến trúc truyền thống khu vực đồng bằng châu thổ sông Hồng. Toàn bộ khung nhà làm bằng gỗ, các bộ vì kết cấu theo kiểu thức thượng chồng dường giá chiêng, hạ kẻ truyền, trang trí chạm khắc chủ yếu trên các cấu kiện gỗ là đề tài tứ linh, tứ quý, vân mây và hoa lá cách điệu.

Hệ thống hiện vật cổ giá trị ở chùa Bồ Vàng gồm: 8 pho tượng gỗ có niên đại tạo tác vào thời Nguyễn (thế kỷ XIX), 2 tấm bia đá lớn, mỗi tấm chạm hình hai tượng hậu ở mặt trước và mặt bia phía sau khắc chữ Hán, nội dung chính ghi chép về việc gửi giỗ hậu vào chùa, văn bia được dựng khắc vào năm Chính Hòa thứ 07 (1686). Đặc biệt trong khuôn viên chùa Bồ Vàng hiện nay còn bảo lưu được một số loại vật liệu kiến trúc như: tảng kê chân cột chất liệu đá xanh và đá nhám cùng nhiều viên đá kè móng có niên đại vào thời Lý.

Chân tảng đá thời Lý ở chùa Bồ Vàng hiện lưu giữ tại Bảo tàng Bắc Ninh.

Trong đó tiêu biểu và giá trị nhất là chiếc chân tảng tạc bằng đá xanh hiện đang được lưu giữ tại Bảo tàng tỉnh Bắc Ninh. Chân tảng có đường kính mặt rộng 75cm, cao 35cm, bề mặt chính chạm hình một bông sen đang nở rộ, ở giữa chân tảng là một vòng tròn đường kính 45cm, xung quanh chạm nổi 16 cặp cánh sen kép, cánh sen mập mạp có độ dài trung bình 12cm, rộng 10cm, bên trên bề mặt mỗi cánh sen chính chạm khắc đôi rồng uốn khúc hình “sin” ở thể đăng đối – sản phẩm đặc trưng của nghệ thuật điêu khắc thời Lý (thế kỷ XI) còn sót lại tới ngày nay.

Loại hình chân tảng đá này giống với kiểu chân tảng của chùa Dạm (xã Nam Sơn, Tp Bắc Ninh), chùa Phật Tích (xã Phật Tích, huyện Tiên Du) và chùa Tĩnh Lự (xã Lãng Ngâm, huyện Gia Bình) vốn là ba ngôi chùa có niên đại khởi dựng cùng thời với chùa Bồ Vàng.

Trên đây là những dấu tích vật chất vô cùng quan trọng chứng minh chùa Bồ Vàng có niên đại khởi dựng từ thời nhà Lý (khoảng thế kỷ XI), những di sản văn hóa vật chất quý báu này hiện đang được lưu giữ, bảo quản tại chùa Bồ Vàng và Bảo tàng tỉnh Bắc Ninh. Thông qua hiện vật độc đáo này góp phần giới thiệu tới công chúng khách tham quan trong và ngoài tỉnh nghiên cứu, tìm hiểu về nghệ thuật điêu khắc đá trong các công trình kiến trúc phật giáo thời Lý.

Thiết nghĩ các cấp chính quyền cần sớm có một dự án khôi phục lại quy mô kiến trúc của chùa Bồ Vàng sao cho xứng tầm với giá trị vốn có của nó. Dự án khôi phục ấy còn thiết lập nên một hệ thống di tích lịch sử, văn hóa, tâm linh nhằm phục vụ khách tham quan du lịch và hành hương, qua đó góp phần hình thành nên tour du lịch từ đền Đô, qua đền thờ Thái úy Lý Thường Kiệt rồi qua chùa Bồ Vàng, đó như là một sự trở về với nguồn cội của dân tộc.