Năm 1900, Đại sư Thích Nguyên Uẩn được dân hai làng Quang Lãng và Mai Xá thỉnh về trụ trì chùa. Năm 1903, đất chùa bị sạt lở nên Đại sư đã cho dời chùa vào địa điểm ngày nay.

Đại sư thành lập Đạo tràng “Viên Minh Pháp Hội” giảng dạy Phật pháp và biên soạn nhiều kinh sách, khắc ván in. Đại sư viên tịch năm 1915. Vị trú trì kế tục là Hòa thượng Thích Quảng Tốn. Ngài đã giữ gìn trang nghiêm tự viện, tô tượng, làm cửa võng (bao lam), giữ gìn các di sản, ván kinh của chùa. Ngài viên tịch năm 1961.

Từ năm 1961 đến năm 2021, trú trì chùa là Đại lão Hòa thượng Thích Phổ Tuệ. Ngài thế danh Bùi Văn Quý, sinh ngày 12 tháng 4 năm 1917 tại Yên Khánh, Ninh Bình. Ngài xuất gia năm 1925 với Sư Thích Đàm Cơ, trú trì chùa Phúc Long, Ninh Bình.

Mặt tiền ngôi chánh điện

Năm 1929, Ngài được Sư phụ cho về tu học tại chùa Dương Phạm, Nam Định. Năm 1932, Ngài thọ giới Sa di tại Giới đàn chùa Đống Cao, Nam Định. Năm 1934, Ngài lên Hà Đông tham học và y chỉ với Hòa thượng Thích Quảng Tốn, trú trì chùa Viên Minh.

Năm 1936 (20 tuổi), Ngài thọ Cụ túc giới và Bồ tát giới tại Đại Giới đàn chùa Bút Tháp, Bắc Ninh. Ngài là vị cao tăng uyên thâm về Phật học và Hán học; tính khiêm tốn, cần kiệm, giản dị; sinh sống chủ yếu bằng nghề nông.

Tại Đại hội Đại biểu Phật giáo toàn quốc lần thứ VI (2007), lần thứ VII (2012) và lần thứ VIII (2017), Ngài được Đại hội suy tôn ngôi vị Pháp chủ Hội đồng Chứng minh Giáo hội Phật giáo Việt Nam. Ngài đã an nhiên thu thần viên tịch vào lúc 03 giờ 22 phút ngày 21 tháng 10 năm 2021 (nhằm 16 tháng 9 năm Tân Sửu) tại chùa; trụ thế 105 năm, hạ lạp 85 năm.

Tháp Đa Bảo

Chùa được trùng tu nhiều lần. Năm 2000, chùa tu bổ tháp ngài Nguyên Uẩn và ngài Quảng Tốn. Năm 2001, xây tháp Đa Bảo ở sân trước. Năm 2002, xây nhà Tổ và tu bổ hệ thống tượng thờ, hoành phi, câu đối trong Phật điện. Chùa còn lưu giữ nhiều ván kinh tạng: kinh Phật Di Giáo, Cảnh sách Quy Sơn giảng giải, kinh Vô Lượng nghĩa …

Điện Phật được bài trí tôn nghiêm, thờ tượng chư Phật, Bồ tát: Tam Thế Phật, Di Đà Tam Tôn, Thích Ca Tam Tôn, tòa Cửu Long, Di Lặc, Quán Thế Âm; các ban Hộ Pháp, Tôn giả An Nan, Trưởng lão Cấp Cô Độc… Cảnh chùa an tịnh, thoáng đãng; khuôn viên có nhiều cây xanh, mát mẻ.