Bảo Hải Linh Thông Tự có vị trí độc đáo trên đỉnh Ba Đèo, giữa rừng thông xanh mướt và xa xa là vịnh biển. Nhờ vị thế độc tôn mà quần thể kiến trúc tâm linh này được Đại lão hòa thượng Thích Trí Tịnh - Phó Pháp chủ Hội đồng chứng minh Giáo hội Phật giáo Việt Nam đích thân đặt tên là Bảo Hải Linh Thông Tự, với ý nghĩa: ngôi chùa linh thiêng nằm giữa đồi thông xanh mát, hay bảo vật trấn giữ cho thành phố biển Hạ Long được bình an, thịnh vượng. Từ quẩn thể, du khách có thể chiêm ngưỡng vịnh Hạ Long và toàn cảnh thành phố di sản nên thơ ôm ấp bởi núi và biển.

Nằm trên tổng diện tích 4.000m2, toàn bộ quần thể gồm các hạng mục: Tam quan, Lầu chuông, Lầu Khánh, Tam bảo, Nhà tổ, Nhà mẫu, hai bên hành lang tả vu, hữu vu, Ngũ Phương Bảo Tháp. Tất cả đều đậm nét kiến trúc chùa cổ Việt Nam thế kỷ 17, 18.

Toàn bộ công trình trong quần thể, trừ Ngũ Phương Bảo Tháp đều được làm bằng gỗ lim nhập khẩu, mang linh hồn của những ngôi chùa gỗ cổ xa xưa của người Việt.

Nghệ thuật chạm khắc gỗ truyền thống của cha ông với những đường nét tinh xảo là điểm nhấn làm nên giá trị của công trình này. Bộ khung gỗ mái dạng "giá chiêng, chồng rường" và các họa tiết trang trí, tạo hình hoa sen, vân mây được cách điệu, thể hiện óc sáng tạo, sự tài hoa và tỉ mỉ trong từng chi tiết của các nghệ nhân điêu khắc làm nên công trình này.

Hoa sen, hình ảnh tượng trưng cho sự thanh tao, thoát tục và triết lý của nhà Phật được chạm khắc trang trí trên cửa gỗ, các chân cột, và hệ thống cột trống trên xà cũng được đặt trên đấu sen. Biểu tượng lá sen hiện hữu trên các xà, tạo nên sự đa dạng, phong phú trong nghệ thuật tạo hình trang trí gỗ tinh tế tại quần thể tâm linh trên đỉnh Ba Đèo.

Ngũ Phương Bảo Tháp là điểm nhấn của quần thể này khi đặt giữa trung tâm, được tạo tác bằng đá hoa cương lắp ghép nguyên khối và thiết kế theo mô hình ngũ phương Phật, gồm 5 tháp, tượng trưng cho 5 phương: Đông, Tây, Nam, Bắc, Trung tâm; 5 bộ: Bảo Bộ, Liên Hoa Bộ, Kim Cang Bộ, Nghiệp Bộ, Phật Bộ; 5 sắc: Xanh, Đỏ, Vàng, Trắng, Đen.Trong đó, tháp trung tâm gồm 9 tầng, cao 25,2 mét, bên trong đặt tượng Phật và cột kinh cao 4 mét, được lấy theo mẫu cột kinh Phật có niên đại từ 1.000 năm trước tại chùa Nhất Trụ (Hoa Lư, Ninh Bình), với mong muốn nguyện cầu bình an cho muôn dân, cho đất nước... Bốn tháp xung quanh mỗi tháp gồm 5 tầng, cao 12,1 mét.

Điểm đặc sắc của Bảo Hải Linh Thông Tự là 106 pho được chế tác kỳ công, trong đó có 66 pho tượng đồng được tạo tác theo nguyên mẫu thờ tại các chùa cổ Bắc Bộ như chùa Bà Đá, Chân Tiên, chùa Vua, chùa Mía, chùa Tây Phương (Hà Nội), chùa Vĩnh Nghiêm (Bắc Giang).

Những bức tượng được đúc theo công nghệ khuôn vỏ mỏng cầu kỳ bởi những nghệ nhân hàng đầu.

Với những giá trị kiến trúc, văn hóa, tâm linh quý giá và đậm truyền thống văn hóa người Việt, quần thể tâm linh trên núi Ba Đèo góp thêm một điểm nhấn độc đáo không thể bỏ qua cho du khách, trên hành trình du ngoạn điểm đến Quảng Ninh vốn đã nổi tiếng với các quần thể tâm linh linh thiêng, hấp dẫn bậc nhất miền Bắc.