Hiện nay, Chùa Việt Nam Quốc tự là trụ sở mới của Ban trị sự Thành hội Phật giáo Thành phố Hồ Chí Minh trực thuộc Giáo hội Phật giáo Việt Nam (trụ sở cũ là Chùa Ấn Quang).
Chùa hiện đang được quản lý bởi trụ trì là Trưởng Lão Hòa Thượng Thích Trí Quảng. Ông là Pháp chủ Hội đồng Chứng minh Giáo hội Phật giáo Việt Nam và Chủ tịch Hội Đồng Giám luật thuộc Hội đồng Chứng minh Trung ương Giáo hội Phật giáo Việt Nam đương thời.
Chùa Việt Nam Quốc Tự được thành lập vào năm 1964 với diện tích khá rộng lớn (khoảng 4 mẫu đất lúc bấy giờ). Sau năm 1975, Chính phủ Cộng hòa Việt Nam sụp đổ, một phần lớn khuôn viên Chùa Việt Nam Quốc Tự bắt đầu được trưng dụng để xây dựng Nhà hát Hòa Bình và Khu vui chơi Kỳ Hòa.
Sau nhiều năm, Hòa thượng Từ Nhơn (trụ trì cũ của chùa) đã nộp đơn xin lại quyền sở hữu chùa. Mãi đến năm 1993, lá đơn này mới được giải quyết. Diện tích của Chùa Việt Nam Quốc Tự lúc này bị thu hẹp chỉ còn 3712 m2 với phần bảo tháp còn đang xây dựng dở dang.
Sau này, Chùa Việt Nam Quốc Tự trải qua nhiều lần tôn tạo và sửa chữa. Đến tháng 11 năm 2017 vừa rồi, chùa đã hoạt động trở lại với diện mạo kiến trúc mới hoàn toàn, chính thức trở thành một điểm đến đáng để khám phá về Phật giáo tại Thành phố Hồ Chí Minh.
Nổi bật nhất trong khuôn viên Chùa Việt Nam Quốc Tự chính là tòa tháp 13 tầng (Tháp Đa Bảo) với độ cao lên đến 63 mét. Nếu bạn di chuyển tại cung đường 3/2, bạn sẽ có cơ hội chiêm ngưỡng tòa bảo tháp vô cùng rõ nét Thoạt nhìn, đây chỉ là một tòa bảo tháp bình thường. Thế nhưng, nếu bạn có nghiên cứu nhiều về Phật giáo thì sẽ biết đây là một hạng mục có ý nghĩa rất lớn của Chùa Việt Nam Quốc Tự.
13 tầng của bảo tháp tượng trưng cho tinh thần phụng sự và thống nhất của 13 tổ chức, tông phái, hội đoàn trong cuộc đấu tranh bất bạo động để đòi lại bình đẳng của Phật giáo vào năm 1963. Hiện nay, tại Tháp Đa Bảo còn lưu giữ những tài liệu lịch sử về cuộc đấu tranh này.
Ngoài ra, tòa bảo tháp 13 tầng còn là nơi tôn thờ xá lợi của Nhà sư Thích Quảng Đức. Ông là một người con Phật giáo có nhiều ảnh hưởng trong lịch sử đất nước thời chiến.
