Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Thành phố Hồ Chí Minh được xây dựng năm 1862 với tên gọi ban đầu là Bệnh viện Chợ Quán, quy mô 250 giường bệnh. Những năm đầu, Bệnh viện chủ yếu tiếp nhận điều trị người mắc bệnh hoa liễu, người tù bị bệnh, người già, người nghèo, người mắc bệnh nan y.
Từ năm 1876 đến 1904, Bệnh viện được sửa chữa, xây thêm, bổ sung thêm phòng bệnh truyền nhiễm. Năm 1972 đánh dấu bước phát triển mạnh của Bệnh viện Chợ Quán về cơ sở vật chất với khu nhà chính 6 tầng được xây dựng trên diện tích hơn 12.000 m2. Vào thời điểm này, Bệnh viện đã trở thành một trung tâm y tế toàn khoa mới và tối tân bậc nhất miền Nam Việt Nam.
Sau ngày thống nhất đất nước, Bệnh viện được Ủy ban Quân quản thành phố Sài Gòn - Gia Định tiếp nhận, quản lý. Từ năm 2002, Bệnh viện được đổi tên thành Bệnh viện Bệnh nhiệt đới trực thuộc Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh. Trải qua những biến động lịch sử của dân tộc, Bệnh viện Chợ Quán nay là Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Thành phố Hồ Chí Minh trở thành bệnh viện điều trị các bệnh truyền nhiễm hàng đầu của khu vực phía Nam.
Tiến sĩ, bác sĩ Nguyễn Thành Dũng, Giám đốc Bệnh viện Bệnh nhiệt đới cho biết, điểm đặc biệt của bệnh viện là có một khu trại giam - nơi giam giữ, điều trị cho những người tù bị bệnh gồm cả thường phạm lẫn tù chính trị. Nơi đây đã từng giam giữ các chiến sĩ cộng sản kiên trung như Trần Phú, Trần Não, Hà Huy Tập, Trần Bạch Đằng, Nguyễn Văn Trỗi... Năm 1931, Tổng Bí thư đầu tiên của Đảng Cộng sản Đông Dương, nay là Đảng Cộng sản Việt Nam đã được đưa đến khu nhà giam này. Đến ngày 6/9/1931, đồng chí Trần Phú đã hy sinh và để lại lời nhắn nhủ: Giữ vững ý chí chiến đấu.
Hiện Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới là bệnh viện chuyên khoa nhiễm trùng và truyền nhiễm hạng I trực thuộc Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh với 11 phòng chức năng, 17 khoa lâm sàng, tổng cộng 550 giường bệnh và 5 khoa cận lâm sàng. Trung bình mỗi ngày Bệnh viện tiếp nhận gần 2.000 lượt khám chữa bệnh ngoại trú và trên dưới 600 bệnh nhân nội trú. Đây còn là trung tâm phòng chống dịch truyền nhiễm được Bộ Y tế giao nhiệm vụ là bệnh viện tuyến cuối khu vực phía Nam và các tỉnh duyên hải miền Trung, Tây Nguyên. Hơn hai năm qua, Bệnh viện là một trong những “phòng tuyến” quan trọng bậc nhất trong tiếp nhận điều trị, cách ly người mắc bệnh COVID-19, bệnh đậu mùa khỉ...
Phát biểu tại Lễ kỷ niệm, ông Dương Anh Đức - Phó Chủ tịch UBND Thành phố Hồ Chí Minh biểu dương những thành tựu mà Bệnh viện Bệnh nhiệt đới đã đạt được trong 160 năm qua. Tập thể y bác sĩ Bệnh viện là những chiến sĩ áo trắng tiên phong trong phòng chống dịch bệnh, bệnh truyền nhiễm, đặc biệt là dịch COVID-19. Ông Dương Anh Đức cho rằng, ngoài là bệnh viện lâu đời nhất Việt Nam, nơi đây còn là di tích có giá trị lịch sử quan trọng. Đặc biệt, khu trại giam trong Bệnh viện đã được Bộ Văn hóa - Thể thao và Du lịch xếp hạng Di tích lịch sử cấp Quốc gia. Hiện Thành phố Hồ Chí Minh đang gấp rút thực hiện các quy trình để chuẩn bị trùng tu, nâng cấp di tích này, chuẩn bị cho mở lại đúng dịp ngày sinh Tổng Bí thư Trần Phú vào năm 2024 sắp tới.
Nhân dịp này, Tổ chức kỷ lục Việt Nam VietKings đã trao bằng xác lập kỷ lục bệnh viện lâu đời nhất Việt Nam cho Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Thành phố Hồ Chí Minh.