Tại buổi họp báo thường kỳ tháng 5 của Chính phủ, Trung tướng Lương Tam Quang, Chánh văn phòng Bộ Công an cho biết: Căn cứ vào tài liệu thu nhận được và trên cơ sở xác định Công ty TNHH Nhật Cường có dấu hiệu của hoạt động buôn lậu. Do vậy, ngày 9/5, Cơ quan Cảnh sát điều tra (Bộ Công an) đã có lệnh khám xét khẩn cấp. Cơ quan Cảnh sát điều tra đã có gửi thông báo đến Viện Kiểm sát nhân dân cùng cấp theo quyết định của pháp luật.
Trong quá trình khám xét, Bùi Quang Huy không có mặt. Tại khởi điểm đó, Bộ Công an chưa khởi tố vụ án, chưa khởi tố bị can Bùi Quang Huy, do vậy chưa thể áp dụng biện pháp ngăn chặn theo quy định.
Trong quá trình khám xét đã thu thập được một số chứng cứ và củng cố được tài liệu, do vậy đến ngày 14/5, Cơ quan Cảnh sát điều tra đã quyết định khởi tố vụ án buôn lậu theo Điều 188 của Bộ luật Hình sự và vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng theo Điều 221, quyết định khởi tố bị can và ra lệnh bắt tạm giam với Bùi Quang Huy và 8 đối tượng khác có liên quan.
Cơ quan Cảnh sát điều tra cũng đã thi hành những quyết định trên đối với các bị can. Riêng Bùi Quang Huy từ lúc khám xét đến lúc khởi tố vụ án không đến trình diện, không có mặt ở nơi cư trú. Do vậy, ngày 18/5, Cơ quan Cảnh sát điều tra đã quyết định truy nã toàn quốc và truy nã quốc tế với Bùi Quang Huy.
