Ba bị cáo bị đưa ra xét xử trong vụ án này gồm: Phan Văn Anh Vũ (sinh năm 1975, cựu sĩ quan công an, Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Cổ phần Xây dựng Bắc Nam 79) bị Viện Kiểm sát nhân dân tối cao truy tố về tội “Đưa hối lộ” theo quy định tại Điều 364, khoản 4 - Bộ luật Hình sự năm 2015.
Cùng với đó, Nguyễn Duy Linh (sinh năm 1971, cựu Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Tình báo, Bộ Công an) bị Viện Kiểm sát nhân dân tối cao truy tố về tội “Nhận hối lộ” theo quy định tại Điều 354, khoản 4 - Bộ luật Hình sự năm 2015; Hồ Hữu Hòa (sinh năm 1984, trú tại thị trấn Cầu Giát, huyện Quỳnh Lưu, tỉnh Nghệ An) bị truy tố về tội “Môi giới hối lộ” theo quy định tại Điều 365, khoản 4 - Bộ luật Hình sự năm 2015.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, giữa năm 2017, Phan Văn Anh Vũ bị Cơ quan An ninh điều tra (Bộ Công an) điều tra về những sai phạm trong vụ án "Cố ý làm lộ bí mật nhà nước" và những hành vi vi phạm pháp luật khác liên quan đến việc mua bán, chuyển nhượng nhà, đất thuộc công sản tại thành phố Đà Nẵng và một số địa phương.
Do lo sợ bị pháp luật xử lý, Phan Văn Anh Vũ nhờ Hồ Hữu Hòa tiếp cận với Nguyễn Duy Linh để nhờ giúp đỡ và tìm hiểu thông tin. Bị cáo Hòa đóng vai trò trung gian nhận túi quà 5 tỷ đồng từ Vũ để chuyển cho Linh.
Bị cáo Linh biết rõ Phan Văn Anh Vũ đang trong quá trình bị cơ quan chức năng xem xét xử lý, biết rõ mục đích của Vũ muốn nhờ giúp đỡ nhưng vẫn nhiều lần trao đổi và nhận tiền của Vũ. Khi biết Phan Văn Anh Vũ sắp bị khởi tố bị can, Linh đã báo tin cho Vũ bỏ trốn.
Trong quá trình cơ quan chức năng điều tra, Phan Văn Anh Vũ thay đổi lời khai, Nguyễn Duy Linh không nhận tội. Tuy nhiên, cơ quan điều tra đã thu thập các tài liệu, chứng cứ và xác định những tài liệu, chứng cứ này là hoàn toàn khách quan, phù hợp diễn biến sự việc, phù hợp với động cơ, mục đích của người đưa hối lộ, người môi giới hối lộ và người nhận hối lộ, có đủ căn cứ khẳng định hành vi phạm tội của các bị cáo như đã nêu trên.
Lời khai ban đầu của Phan Văn Anh Vũ phù hợp với lời khai nhận tội của Hồ Hữu Hòa và lời khai của những người trung gian chuyển tiền về diễn biến việc chuyển túi quà mà trong đó có số tiền 5 tỷ đồng. Bị cáo Nguyễn Duy Linh thừa nhận đã nhận được túi quà này (nhưng chỉ thừa nhận có rượu và thuốc lá).
Lời khai của các bị cáo và người liên quan trong vụ án phù hợp với các tài liệu, chứng cứ khác được thu thập trong quá trình điều tra như dữ liệu các cuộc điện thoại, tin nhắn, định vị vị trí thuê bao, cột sóng, kết quả đối chất, nhận dạng, thực nghiệm điều tra...
Trên cơ sở đó, các cơ quan tố tụng kết luận có đủ căn cứ xác định: Phan Văn Anh Vũ do lo lắng về việc sẽ bị xử lý về hành vi làm lộ tài liệu bí mật nhà nước, nên sau khi được Hồ Hữu Hòa gợi ý, môi giới, Phan Văn Anh Vũ đã chuyển 5 tỷ đồng cho Hồ Hữu Hòa để đưa cho Nguyễn Duy Linh nhờ Linh giúp đỡ.
Sau khi nhận túi tiền, Hòa đã đưa cho Nguyễn Tuấn Anh là cán bộ cấp dưới của Nguyễn Duy Linh, Nguyễn Tuấn Anh đã chuyển cho Hoàng Nam Trung là trợ lý của Nguyễn Duy Linh để chuyển đến phòng làm việc của Linh.
Kết quả điều tra xác định Nguyễn Duy Linh đã nhận được túi tiền này. Sau đó, Nguyễn Duy Linh gọi điện thoại nói cho Phan Văn Anh Vũ biết việc Vũ có thể bị khởi tố, bắt giam và khuyên Vũ bỏ trốn. Sau khi nhận được thông tin từ Linh, Phan Văn Anh Vũ đã bỏ trốn sang Singapore, tuy nhiên sau đó Vũ đã bị bắt và di lý về Việt Nam.
Bị cáo Nguyễn Duy Linh ngay từ đầu không khai nhận tội, phủ nhận toàn bộ sự việc, nhưng khi cơ quan điều tra có đủ căn cứ chứng minh thì Nguyễn Duy Linh mới thừa nhận có việc quan hệ quen biết với Phan Văn Anh Vũ, có nhận quà nhiều lần nhưng không thừa nhận là tiền.
Tuy nhiên, kết quả điều tra của Cơ quan An ninh điều tra (Bộ Công an) cho rằng đủ cơ sở khẳng định hành vi phạm tội của các bị cáo như đã nêu trên.
