Đáng chú ý, sau khi xem xét các tình tiết mới, cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Trương Quốc Cường được Tòa phúc thẩm giảm nhẹ tội. Theo đó, bị cáo Trương Quốc Cường nhận hình phạt 3 năm tù (án sơ thẩm 4 năm tù) về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Theo Tòa phúc thẩm, bị cáo Cường đã nộp thêm 500 triệu đồng tiền khắc phục hậu quả; quá trình công tác cựu Thứ trưởng này có nhiều thành tích, đóng góp cho ngành y tế, có hơn 50 bằng khen, huân, huy chương; trong quá trình tố tụng, bị cáo thành khẩn khai báo, ăn năn hối lỗi. Tòa phúc thẩm cho rằng, đây là một số tình tiết mới để xem xét giảm hình phạt cho bị cáo.
Một bị cáo khác được giảm nhẹ hình phạt là Phạm Anh Kiệt (nguyên Tổng Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Dược Sài Gòn). Tòa phúc thẩm tuyên bị cáo Kiệt 13 năm tù (án sơ thẩm 14 năm tù) về tội “Buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh"; tổng hợp với bản án 3 năm tù của bản án trước, buộc bị cáo phải chấp hành hình phạt chung của cả hai bản án là 16 năm tù.
Đối với các bị cáo còn lại, Tòa phúc thẩm tuyên y án sơ thẩm, gồm: Nguyễn Thị Thu Thủy (nguyên Phó Trưởng phòng Quản lý giá thuốc, Cục Quản lý Dược Bộ Y tế); Nguyễn Việt Hùng (nguyên Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược Bộ Y tế); Phạm Hồng Châu (nguyên Trưởng phòng Đăng ký thuốc, Cục Quản lý Dược Bộ Y tế); Ngô Anh Quốc (nguyên Phó Tổng Giám đốc Công ty VN Pharma); Phan Cẩm Loan (nguyên Phó Trưởng phòng Xuất nhập khẩu Công ty VN Pharma); Lê Thị Vũ Phương (nguyên Kế toán trưởng Công ty VN Pharma); Phạm Quỳnh Trang (nhân viên Công ty Trách nhiệm hữu hạn thương mại hàng hải Quốc tế H&C); Nguyễn Thị Quyết (nhân viên Phòng Xuất nhập khẩu Công ty VN Pharma).
Theo Hội đồng xét xử, năm 2007, Nguyễn Minh Hùng (cựu Chủ tịch Hội đồng quản trị, Tổng Giám đốc Công ty VN Pharma) và nhóm bị can tại doanh nghiệp này cùng Công ty H&C cấu kết làm giả các hợp đồng mua bán thuốc, đánh tráo vỏ thuốc Helix Canada thành thuốc nhãn mác Health 2000 Canada. Sau đó, nộp hồ sơ xin cấp số đăng ký cho 7 loại thuốc mang nhãn Health 2000 Canada.
Thời điểm đó, ông Trương Quốc Cường giữ chức Cục trưởng Quản lý Dược kiêm Phó Chủ tịch Thường trực Hội đồng xét duyệt thuốc Bộ Y tế được giao quản lý hoạt động của nhóm chuyên gia thẩm định việc cấp số đăng ký thuốc. Tuy nhiên, ông Trương Quốc Cường và các cựu cán bộ tại Cục Quản lý Dược đã để xảy ra nhiều sai phạm. Hậu quả, các bộ hồ sơ từ VN Pharma trình lên không đủ điều kiện nhưng vẫn được thẩm định. Từ đó, lô thuốc giả có tổng trị giá hơn 148 tỷ đồng được nhập khẩu, tiêu thụ hết tại Việt Nam. Ông Trương Quốc Cường bị xác định gây thiệt hại hơn 3,7 tỷ đồng và đã nộp khắc phục hậu quả. Công ty VN Pharma đã thu lời bất chính hơn 31 tỷ đồng.