Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội đề xuất hai phương án bảo tồn di chỉ. Phương án 1, thực hiện nghiên cứu bảo tồn diện tích khu vực phía Đông khu di chỉ (diện tích khoảng 6.000 m2); đưa khu vực này vào danh mục di tích của thành phố. Từ đó, xây dựng các bước tiếp theo để bảo tồn, phát huy giá trị di tích; đồng thời, thực hiện phương án khai quật di dời các di tích, di vật ở khu vực phía Tây khu di chỉ trước khi giải phóng mặt bằng, phục vụ xây dựng tuyến đường vành đai 3, 5 của thành phố.
Phương án 2, thực hiện nghiên cứu bảo tồn toàn bộ diện tích khu vực phía Tây khu di chỉ (diện tích khoảng 6.000 m2) giống như ở khu vực phía Đông, nhằm bảo tồn toàn bộ khu di chỉ khảo cổ Vườn Chuối (diện tích khoảng 12.000 m2). Tiếp đó, đưa toàn bộ khu vực di chỉ vào danh mục di tích của thành phố, đồng thời xây dựng các bước tiếp theo để bảo tồn, phát huy giá trị di tích, xếp hạng, tiếp tục khai quật khảo cổ, xây dựng các công trình văn hóa phụ trợ... Tuyến đường vành đai 3, 5 của thành phố Hà Nội, đoạn qua khu vực di chỉ, nghiên cứu làm cầu vượt.
Tuy nhiên, Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội đề xuất nghiên cứu, bảo tồn khu di chỉ theo Phương án 1 với lý do, đảm bảo sự hài hòa giữa việc bảo tồn và phát triển, vừa phục vụ mục đích bảo tồn, nghiên cứu và phát huy giá trị di tích, vừa phục vụ việc xây dựng cơ sở hạ tầng giao thông đô thị. Nửa phía Đông khu di chỉ mang những giá trị lịch sử, văn hóa, khoa học tiêu biểu cho toàn bộ khu di chỉ khảo cổ Vườn Chuối. Hiện, ở khu vực này vẫn còn ẩn tàng, lưu trữ nhiều di tích, di vật có giá trị, phục vụ việc nghiên cứu và phát huy giá trị di tích. Việc thực hiện khai quật di dời đối với nửa phía Tây khu di chỉ đảm bảo tối đa việc thu thập những di tích, di vật hiện tồn tại khu vực này và không làm ảnh hưởng đến việc xây dựng tuyến đường vành đai 3, 5 của thành phố. Phương án 2 đảm bảo việc bảo tồn toàn bộ diện tích của khu di chỉ (khoảng 12.000 m2) nhưng hạn chế trong việc xây dựng tuyến đường vành đai 3, 5. Đề xuất này được đưa ra trên cơ sở có sự thống nhất của các nhà khoa học, nhà khảo cổ học.
Trước đó, Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội đã giao Ban Quản lý Di tích Danh thắng Hà Nội phối hợp với Viện Khảo cổ học và các cơ quan liên quan tiến hành khai quật khảo cổ tại nửa phía Đông khu di chỉ khảo cổ Vườn Chuối trong năm 2020 - 2021, với tổng diện tích khai quật là 150 m2. Đợt khai quật đã làm phát lộ nhiều di tích, di vật có niên đại trải dài và liên tục từ giai đoạn văn hóa Đồng Đậu - Gò Mun - Đông Sơn; có giá trị lịch sử, văn hóa to lớn, là nguồn sử liệu quý báu góp phần quan trọng trong việc nghiên cứu, tìm hiểu các giai đoạn văn hóa thời đại Kim khí ở Hà Nội nói riêng và khu vực Bắc Bộ nói chung. Các nhà khảo cổ học khẳng định khu vực phía Đông khu di chỉ còn ẩn tàng nhiều di tích, di vật có giá trị, cần được bảo tồn và phát huy giá trị.
