Theo VKS, tại tòa ông Thăng không thừa nhận mối quan hệ với Đinh Ngọc Hệ (tức Út "Trọc", 49 tuổi, nguyên phó giám đốc Tổng Công ty Thái Sơn, Bộ Quốc phòng), không giới thiệu với cấp dưới để Hệ tiếp cận tham gia đấu giá. Tuy nhiên, kết quả điều tra vụ án cho thấy có đủ căn cứ, cơ sở cho thấy bị cáo đã chỉ đạo Dương Tuấn Minh (nguyên Tổng giám đốc Tổng Công ty Đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long, thuộc Bộ GTVT) để công ty của Hệ mua được quyền thu phí cao tốc Trung Lương, gây thất thoát tài sản nhà nước. Do vậy, bị cáo phải chịu trách nhiệm chính đối với toàn bộ sai phạm.
"Việc truy tố bị cáo là đúng người, đúng tội, đúng pháp luật nhưng cũng cần xét nhân thân và những đóng góp của bị cáo để xem xét giảm nhẹ hình phạt", đại diện VSK nêu quan điểm.
Ông Thăng đang thụ án 30 năm tù trong hai vụ án xảy ra tại Tổng Công ty cổ phần Xây lắp Dầu khí Việt Nam, Tập đoàn Dầu khí Việt Nam và Ngân hàng TMCP Đại Dương. Hồi đầu năm, ông tiếp tục bị đề nghị truy tố trong vụ án chỉ định nhà thầu thực hiện dự án Ethanol Phú Thọ, gây thiệt hại hơn 600 tỷ đồng.
VKS tỏ ra nghiêm khắc đối với Đinh Ngọc Hệ khi cho rằng bị cáo "ngoan cố chối tội, khai báo quanh co, kéo cả người thân trong gia đình phạm tội...". Cựu thượng tá quân đội bị cho là có mục đích chiếm đoạt tài sản ngay từ đầu, chỉ đạo nhân viên làm giả báo cáo tài chính để tham gia đấu giá; lợi dụng mối quan hệ với ông Thăng để mua quyền đấu giá; dùng phần mềm can thiệp che giấu doanh thu thu phí thực tế.
"Hệ là quân nhân nhưng thành lập nhiều doanh nghiệp, là chủ mưu hành vi gian dối, thủ đoạn tinh vi để chiếm đoạt tài sản nhà nước. Bị cáo không có tình tiết giảm nhẹ nào", đại diện VKS nêu quan điểm và đề nghị tòa tuyên phạt án chung thân về tội Lừa đảo chiếm đoạt tài sản; 13-14 năm tù về Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi; tổng hợp hình phạt là chung thân.
VKS đề nghị tòa buộc ông Hệ bồi thường toàn bộ 725 tỷ đồng chiếm đoạt của nhà nước; bồi thường 3 tỷ đồng trong vụ mua căn biệt thự Công ty Licogi 13.
12 người bị cáo buộc đồng phạm của Hệ về tội Lừa đảo chiếm đoạt tài sản bị đề nghị mức án 2-8 năm tù.
Đối với nguyên thứ trưởng GTVT Nguyễn Hồng Trường, VKS xác định bị cáo là người chịu trách nhiệm xuyên suốt quá trình xây dựng đề án bán quyền thu phí. Với vai trò thứ trưởng, bị cáo phải có trách nhiệm cùng ông Thăng về quản lý tài sản nhà nước. Tuy nhiên, ông Trường thành khẩn khai báo, nhân thân tốt, phạm tội do tin tưởng vào cấp tham mưu nên VKS đề nghị HĐXX xem xét giảm nhẹ, tuyên phạt ở mức 6-7 năm tù.
Với vai trò đồng phạm, bị cáo Nguyễn Chí Thành (quyền vụ trưởng Tài chính, Bộ GTVT) và Lê Trung Cường (chuyên viên) bị đề nghị 3-4 năm tù; Dương Tuấn Minh và Dương Thị Trâm Anh 5-6 năm tù; Nguyễn Thu Trang (nguyên Phó phòng Đầu tư và quản lý đấu thầu - Tổng công ty Cửu Long) 3-4 năm.