Tương tự cơ chế áp dụng cho.TP.HCM, Hà Nội cũng được chi thu nhập tăng thêm cho cán bộ, công chức, viên chức thuộc các cơ quan, đơn vị Thủ đô và một số cơ quan ngành dọc trung ương đóng trên địa bàn. Tổng mức chi cho nội dung này không vượt quá 0,8 lần quỹ lương cơ bản của cán bộ, công chức, viên chức.
HĐND thành phố cũng quy định nội dung, mức hỗ trợ cao hơn quy định hiện hành đối với nghệ nhân, người thực hành di sản văn hóa phi vật thể; việc truyền dạy, thực hành, phát huy giá trị di sản văn hóa phi vật thể.
Chính phủ đề xuất thực hiện mô hình không tổ chức HĐND phường ở Hà Nội theo Nghị quyết số 97 và bổ sung thành phố thuộc thành phố Hà Nội. Số lượng đại biểu HĐND thành phố vì vậy tăng từ 95 lên 125, tỷ lệ đại biểu chuyên trách từ 20% lên 25%. Số lượng Phó chủ tịch HĐND từ 2 lên tối đa 3; mở rộng thành phần Thường trực HĐND so với Luật Tổ chức chính quyền địa phương nhằm nâng cao năng lực và tăng tính chuyên nghiệp của cơ quan này.
Cơ cấu tổ chức của chính quyền thành phố thuộc thành phố Hà Nội dự kiến thành lập theo Nghị quyết số 15: tại khu vực phía Bắc - thành phố logistics, dịch vụ (vùng Đông Anh, Mê Linh, Sóc Sơn) và phía Tây - thành phố về giáo dục, đào tạo, khoa học (vùng Hòa Lạc, Xuân Mai).
Thành phố này có đặc thù khác so với chính quyền quận, huyện, thị xã là tăng số lượng Phó chủ tịch HĐND, UBND, đại biểu HĐND chuyên trách, bổ sung Ban Đô thị. HĐND thành phố thuộc thành phố Hà Nội được quyết định thành lập, tổ chức lại, giải thể một số cơ quan chuyên môn, tổ chức hành chính, đơn vị sự nghiệp công lập đặc thù; tổ chức tuyển dụng công chức cho các cơ quan, tổ chức.
Dự luật Thủ đô sửa đổi cũng đề xuất hàng loạt cơ chế đặc thù khác cho Hà Nội. Đơn cử, Thành phố được tăng thêm biên chế phù hợp với nhu cầu thực tế; Thường trực HĐND thành phố có thêm một số thẩm quyền như quyết định các biện pháp giải quyết công việc đột xuất, khẩn cấp; quyết định điều chỉnh chủ trương đầu tư dự án đầu tư công nhóm B, nhóm C...
Chính phủ đề xuất phân quyền từ Thủ tướng cho UBND thành phố được điều chỉnh cục bộ quy hoạch chung xây dựng khu chức năng, quy hoạch chung đô thị, quy hoạch chuyên ngành hạ tầng kỹ thuật (tương tự như đang thực hiện tại TP.HCM). UBND thành phố. Hà Nội được mở rộng phạm vi dự án đầu tư mà khi lập quy hoạch chi tiết phải xác định đất thu hồi trong vùng phụ cận để tái thiết đô thị, tái định cư tại chỗ; quy định mang tính nguyên tắc về không gian ngầm.
Một số thẩm quyền về đầu tư từ Quốc hội, Thủ tướng theo quy định của Luật Đầu tư, Luật Đầu tư công cũng được đề xuất phân cấp cho HĐND, UBND thành phố. Chẳng hạn như HĐND TP quyết định chủ trương đầu tư dự án đường sắt đô thị; dự án sử dụng vốn đầu tư công tối đa 20.000 tỷ đồng; cho phép Hà Nội ban hành định mức kinh tế - kỹ thuật, định mức chi phí, đơn giá riêng, phù hợp với tình hình thực tế, đặc điểm và nhu cầu xây dựng, phát triển Thủ đô.
Các cơ sở giáo dục phổ thông công lập của Thủ đô được phép liên kết với cơ sở giáo dục nước ngoài. HĐND TP quy định cơ chế tài chính áp dụng đối với cơ sở giáo dục công lập chất lượng cao, nhiều cấp học. UBND thành phố quy định bổ sung chương trình giáo dục mầm non, phổ thông phù hợp với điều kiện kinh tế, văn hóa, xã hội của Thủ đô nhằm tăng tính chủ động, sáng tạo của người học.
Bên cạnh đó, HĐND TP được quyết định bố trí ngân sách để hỗ trợ giảm nghèo, giải quyết việc làm, vay mua nhà ở xã hội; hỗ trợ công nhân, người lao động trong các khu công nghiệp vay mua nhà ở xã hội; quy định hỗ trợ mức đóng bảo hiểm xã hội; hỗ trợ khám sức khỏe miễn phí hằng năm cho người cao tuổi thường trú trên địa bàn Thủ đô.
