Với vận tải đường thủy nội địa, Bộ Giao thông vận tải yêu cầu thuyền viên, người lái phương tiện phải khai báo y tế thông qua phần mềm NCOVI, Bluezone, tokhaiyte.vn... và thực hiện các biện pháp phòng chống dịch theo quy định 5K của Bộ Y tế. Luôn cài đặt và bật ứng dụng Bluezone để cảnh báo tiếp xúc gần với người nhiễm COVID-19.
Phải có giấy chứng nhận kết quả xét nghiệm âm tính SARS-CoV-2 (test nhanh hoặc bằng phương pháp RT-PCR) được thực hiện trong vòng 72 giờ kể từ khi lấy mẫu xét nghiệm. Trong thời gian hành trình trên tuyến (từ khi rời cảng bến cuối cùng đến khi cập cảng, bến gần nhất), nếu giấy chứng nhận kết quả xét nghiệm âm tính SARS-CoV-2 hết hiệu lực, thì được kéo dài thời gian hiệu lực của giấy xét nghiệm đến khi phương tiện cập cảng, bến thủy nội địa gần nhất theo quy định hiện hành của Bộ Y tế.
Đơn vị vận tải yêu cầu thuyền viên, người lái phương tiện trong suốt hành trình chỉ ở trên phương tiện, hạn chế tối đa tiếp xúc với người ngoài, bảo đảm thuyền viên trên phương tiện có giấy xét nghiệm còn hiệu lực.
Quá trình phương tiện hành trình trên tuyến đường thủy nội địa phải đi thẳng từ cảng, bến xuất phát đến cảng, bến đích ghi trên giấy phép rời cảng, bến cuối cùng.
Trong thời gian lưu tại cảng, bến thủy nội địa, thuyền viên, người lái phương tiện không được lên bờ, trừ trường hợp bất khả kháng liên quan đến cấp cứu, an toàn cho phương tiện và do điều kiện thời tiết như bão, lũ...
Với hoạt động vận tải hàng hải, Bộ Giao thông vận tải yêu cầu tất cả tổ chức, cá nhân vào làm việc trong khu vực cảng phải tuân thủ các quy định phòng chống dịch của Ban Chỉ đạo quốc gia về phòng, chống dịch COVID-19, Bộ Y tế, Trung tâm kiểm soát dịch bệnh (CDC) địa phương và doanh nghiệp cảng; có Giấy xét nghiệm SARS-CoV-2 kết quả âm tính trong vòng 72 giờ theo quy định của Bộ Y tế và CDC địa phương.
Về khai báo y tế và kiểm dịch y tế đối với tàu thuyền, tàu biển từ nước ngoài và tàu thuyền Việt Nam hoạt động tuyến nội địa trong vòng 14 ngày có hoạt động trong khu vực cảng thực hiện Chỉ thị 16/CT-TTg trước khi đến cảng biển thì thuyền trưởng khai báo tình hình sức khỏe thuyền viên trên tàu trong thời gian tối thiểu 14 ngày và việc thay đổi thuyền viên (nếu có) trong 14 ngày qua để cung cấp cho CDC hoặc cơ quan y tế địa phương để đánh giá nguy cơ và thực hiện các biện pháp phòng chống dịch theo quy định trước khi cho tàu vào cảng làm hàng, bảo đảm loại trừ các nguy cơ lây nhiễm dịch bệnh ra cộng đồng khi tàu vào cảng.
Trước khi tàu biển vào cảng, tàu biển phải vào vị trí được chỉ định bởi Cảng vụ hàng hải để tiến hành các thủ tục kiểm dịch. Tàu biển chỉ được phép làm hàng sau khi thực hiện xong các thủ tục kiểm dịch và được sự đồng ý của CDC.
CDC hoặc cơ quan y tế tiến hành kiểm tra, xét nghiệm thuyền viên và tổ chức đưa các thuyền viên bị nhiễm hoặc có nguy cơ nhiễm bệnh COVID-19 lên bờ, bảo đảm tàu biển an toàn khi cho tàu vào cảng làm hàng.