Nội dung báo cáo đánh giá, căn cứ theo báo cáo của Bộ Kế hoạch và Đầu tư thì hiệu quả hoạt động đấu thầu còn rất nhiều hạn chế, thiếu sót, vi phạm.
Cụ thể, một số cơ quan, đơn vị chưa triển khai quyết liệt đấu thầu tập trung và hiệu quả thực hiện còn thấp, điển hình như: Yên Bái có tỷ lệ tiết kiệm 0,04%, Quảng Bình có tỷ lệ tiết kiệm 4,06%, cá biệt Bộ Văn hóa – Thể thao và Du lịch có tỷ lệ tiết kiệm là 0%.
Nhiều dự án, gói thầu trình Thủ tướng Chính phủ đề nghị áp dụng chỉ định thầu không đúng quy định. Một số gói thầu cấp bách được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận áp dụng Điều 26 Luật Đấu thầu nhưng triển khai chậm trễ, không đúng theo phương án đề xuất, không kịp thời báo cáo Thủ tướng Chính phủ làm ảnh hưởng đến hiệu quả thực hiện gói thầu... Tỷ lệ đấu thầu qua mạng chưa đạt chỉ tiêu về tỷ lệ số lượng gói thầu theo lộ trình quy định. Việc công khai thông tin trong đấu thầu chưa đảm bảo yêu cầu...
Đáng chú ý, việc kiểm toán công tác lựa chọn nhà thầu cho thấy còn một số hạn chế.
Cụ thể, có trường hợp không lập kế hoạch lựa chọn nhà thầu một số gói thầu thực hiện trong giai đoạn chuẩn bị đầu tư trước khi thực hiện (Viện kiểm sát nhân dân tối cao).
Có trường hợp dự án lựa chọn nhà thầu chậm như: dự án đầu tư cải tạo, nâng cấp đường nối từ cầu Lạng Am đến cầu Nhân Mục, huyện Vĩnh Bảo (Gói thầu số 5, gói thầu số 6); dự án xây dựng trụ sở Hội nhà báo Việt Nam tại TP. HCM; dự án xây dựng một số đoạn đường bộ trên tuyến Bắc - Nam phía Đông giai đoạn 2017-2020 (Diễn Châu - Bãi Vọt; Nha Trang - Cam Lâm; Cam Lâm - Vĩnh Hảo; Vĩnh Hảo - Phan Thiết): dự án thành phần đầu tư xây dựng đoạn Nha Trang - Cam Lâm - Gói thầu số 02.
Như dự án nâng cấp đê hữu sông Hoàng Long và sông Đáy kết hợp đường giao thông đoạn Bái Đính đi Kim Sơn (tỉnh Ninh Bình), dự toán một số gói thầu tư vấn chưa được phê duyệt trước khi ban hành quyết định chỉ định thầu. Hay dự án xây dựng trụ sở Cục Thi hành án dân sự TP Hải Phòng thì lại chọn nhà thầu trước khi có kế hoạch cụ thể được đưa ra.
Phía kiểm toán nhà nước cũng nêu ra vấn đề về việc một số dự án được thực hiện theo diện chỉ định thầu, trong khi đó chủ trương chung là phải đấu thầu công khai. Đơn cử như dự án xây dựng trụ sở Hội Nhà báo Việt Nam tại TP. HCM (gói thầu điều hòa không khí); một số gói thầu của các dự án thuộc các địa phương: Quảng Ngãi, Long An, Lào Cai, Lạng Sơn, Ninh Bình; một số gói thầu tư vấn lập phương án, dự toán và tư vấn giám sát rà phá bom mìn thuộc Bộ GTVT.
Nhiều dự án khác có tình trạng: phân chia gói thầu không đúng quy định (dự án trường mầm non Phú Trung, dự án trường mầm non Phú Bình ở Đồng Nai; dự án vỉa hè, hệ thống thoát nước và mở rộng các tuyến đường nội ô thị trấn Cầu Quan, huyện Tiểu Cần, tỉnh Trà Vinh); chậm hoặc không đăng tải thông tin về đấu thầu; tỷ lệ tổ chức đấu thầu qua mạng tại nhiều bộ, cơ quan trung ương, địa phương chưa đảm bảo lộ trình, thậm chí không đấu thầu qua mạng.
Cá biệt, có tình trạng nhà thầu trúng thầu lại không đủ năng lực theo hồ sơ yêu cầu (như đã nói ở trên).
Cũng theo báo cáo của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, trong năm 2019, cả nước có 1.878 dự án chậm tiến độ, chiếm 2,7% số dự án thực hiện đầu tư trong kỳ (gồm có 49 dự án nhóm A, 502 dự án nhóm B, 1.327 dự án nhóm C).
Trong đó, có 1.267 dự án chậm tiến độ do giải phóng mặt bằng, 337 dự án chậm do thủ tục đầu tư, 248 dự án chậm tiến độ do bố trí vốn không kịp thời, 157 dự án chậm do năng lực của chủ đầu tư, ban quản lý dự án và các nhà thầu và 545 dự án chậm do các nguyên nhân khác.
Ngoài ra, qua kiểm toán chi tiết các dự án đầu tư cũng cho thấy tiến độ thực hiện nhiều dự án chậm tuy nhiên chủ đầu tư và các đơn vị có liên quan chưa làm rõ nguyên nhân để xử lý.
Công tác nghiệm thu, thanh toán cũng có rất nhiều vấn đề, chẳng hạn như: sai khối lượng, đơn giá, định mức, bù giá thiếu cơ sở hoặc chưa đầy đủ thủ tục, hồ sơ; có dự án chậm điều chỉnh đơn giá hợp đồng (dự án nâng cấp quốc lộ 30, đoạn Cao Lãnh-Hồng Ngự, tỉnh Đồng Tháp); có dự án đơn giá thanh toán không đúng thực tế thi công (dự án hồ chứa nước Mỹ Lâm, tỉnh Phú Yên); thanh toán vượt cơ cấu tổng mức đầu tư; tạm ứng sai , chậm hoặc thu hồi chưa đúng quy định ; nhiều dự án, gói thầu chậm hoặc chưa xuất hóa đơn GTGT khối lượng đã nghiệm thu…
