Sau một thời gian lâm bệnh nặng, mặc dù đã được Đảng, Nhà nước, tập thể các giáo sư, bác sĩ và gia đình tận tình chăm sóc, cứu chữa, song do tuổi cao, sức yếu, đồng chí Nguyễn Văn Trân đã từ trần hồi 19h47, ngày 7/12/2018 (tức ngày 1/11 năm Mậu Tuất) tại Bệnh viện Trung ương Quân đội 108.
Trên 80 năm hoạt động cách mạng, Đồng chí đã có nhiều đóng góp cho sự nghiệp cách mạng của Đảng và của dân tộc, Đồng chí được Đảng, Nhà nước trao tặng Huân chương Sao vàng, Huy hiệu 80 năm tuổi Đảng và nhiều huân, huy chương cao quý khác.
 Các đồng chí lãnh đạo Đảng, Nhà nước viếng đồng chí Nguyễn Văn Trân |
Để tỏ lòng thương tiếc và ghi nhận những thành tích, cống hiến của đồng chí Nguyễn Văn Trân, Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam, Quốc hội nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam, Chủ tịch nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam, Chính phủ nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam, Uỷ ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam quyết định tổ chức Lễ tang đồng chí Nguyễn Văn Trân với nghi thức Lễ tang cấp Nhà nước.
Ban Bí thư Trung ương Đảng đã quyết định Ban Lễ tang Nhà nước gồm 21 đồng chí; đồng chí Trương Hoà Bình, Uỷ viên Bộ Chính trị, Phó Thủ tướng thường trực Chính phủ làm Trưởng ban.
 Đoàn đại biểu Chính phủ viếng đồng chí Nguyễn Văn Trân |
 Đoàn đại biểu Thành phố Hà Nội viếng đồng chí Nguyễn Văn Trân |
Linh cữu đồng chí Nguyễn Văn Trân quàn tại Nhà tang lễ Quốc gia, số 5 Trần Thánh Tông, Hà Nội.
Lễ viếng từ 7h30, Lễ Truy điệu từ 10h30, thứ sáu, ngày 14/12/2018; sau đó là Lễ đưa tang và hoả táng tại Nghĩa trang Công viên Vĩnh Hằng, Hà Nội.
Lễ an táng hồi 7h, thứ hai, ngày 17/12/2018, tại Nghĩa trang Công viên Vĩnh Hằng, Hà Nội.
 Tổng Bí thư, Chủ tịch nước Nguyễn Phú Trọng chia buồn với gia quyến đồng chí Nguyễn Văn Trân |
 Tổng Bí thư, Chủ tịch nước Nguyễn Phú Trọng ghi sổ tang. |
 Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc ghi sổ tang. |
 Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân ghi sổ tang. |
