Hội đồng xét xử gồm 5 người: 2 thẩm phán, 3 hội thẩm nhân dân, do thẩm phán Nguyễn Đăng Phong làm chủ tọa. Hai kiểm sát viên của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao (biệt phái về công tác tại Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội) và một kiểm sát viên của Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội được phân công thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử tại phiên tòa.
Trong số 6 bị cáo phải ra hầu tòa tại vụ án này, bị cáo Bùi Trung Kiên (cựu cán bộ Phòng 6, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu - C03, Bộ Công an) bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” theo quy định tại Điều 174, khoản 4 - Bộ luật Hình sự.
Năm bị cáo còn lại gồm: Lê Thanh An (cựu cán bộ phòng 5, C03, Bộ Công an), Trần Văn Long (Tổng Giám đốc Công ty cổ phần truyền thông Du Lịch Việt), Nguyễn Ngọc Triệu (cựu Ủy viên Hội đồng trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam, tức Thượng tọa Thích Đồng Huệ, Trụ trì Chùa Nôm), Bùi Thị Hồng Giang (luật sư) và Hà Duy Tuấn (Chủ tịch Hội đồng tư vấn Công ty cổ phần đầu tư Long Thịnh) bị truy tố về cùng tội “Môi giới hối lộ” theo quy định tại Điều 365, khoản 4 - Bộ luật Hình sự.
Trong đó, Viện Kiểm sát cáo buộc bị cáo Kiên lừa đảo chiếm đoạt của ông Nguyễn Minh Quân (nguyên Giám đốc Bệnh viện thành phố Thủ Đức) hơn 23 tỷ đồng. Bị cáo Giang và Long bị cáo buộc môi giới hối lộ hơn 36 tỷ đồng, bị cáo An môi giới hơn 33 tỷ đồng, Tuấn hơn 22 tỷ đồng, Triệu hơn 8 tỷ đồng để giúp ông Nguyễn Minh Quân “chạy án”.
Có tổng số hơn 10 luật sư đăng ký tham gia bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho các bị cáo trong vụ án này.
Theo cáo trạng, đầu năm 2021, khi C03 xác minh các hoạt động liên quan đấu thầu ở Bệnh viện thành phố Thủ Đức, ông Nguyễn Minh Quân (khi đó là Giám đốc Bệnh viện) lo sợ bị phát hiện ra các sai phạm nên đã liên hệ nhờ Bùi Trung Kiên “chạy án” giúp. Kiên đồng ý giúp đỡ ông Quân và Nguyễn Văn Lợi (đang bị xác minh cùng vụ án với ông Quân) để không bị truy cứu trách nhiệm hình sự với “giá” 2,2 triệu USD và Kiên đã nhận đủ số tiền này.
Tháng 5/2021, thấy C03 vẫn kiểm tra quyết liệt, Kiên bị ông Quân đòi lại tiền. Kiên đã trả 1,15 triệu USD, còn chiếm đoạt 1,05 triệu USD (tương đương 23,5 tỷ đồng).
Tại cơ quan điều tra, Kiên khai không được phân công nhiệm vụ xác minh sự việc liên quan Bệnh viện thành phố Thủ Đức. Bị cáo biết rõ bản thân không có khả năng và cũng không có ý định nhờ ai xin giúp nhưng vì muốn chiếm đoạt tiền để chi tiêu cá nhân nên vẫn nhận lời. Số tiền nhận được từ ông Quân, Kiên đã dùng để chi tiêu cá nhân hết.
Không nhờ được Kiên, ông Quân tiếp tục nhờ một người bạn kết nối đến gặp Trần Văn Long, sau đó lại được giới thiệu đến nhờ luật sư Bùi Thị Hồng Giang tư vấn pháp lý. Ông Quân và Giang ký hợp đồng "bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp" với chi phí 1,2 tỷ đồng. Ký xong hợp đồng, ông Quân lại nhờ Giang tìm cách “chạy án” giúp và được Giang nhận lời. Cuối tháng 5/2021, ông Quân hai lần đưa cho Giang 120.000 USD.
Một tháng sau, luật sư Giang nhờ Lê Thanh An, cán bộ phòng 6 của C03 tác động giúp ông Quân. Đầu tháng 7/2021, bị cáo An gọi thông báo đã tìm được người giúp ông Quân để thoát trách nhiệm hình sự, nhưng không nói rõ chi phí. Vài ngày sau, theo đề nghị của An, Giang và Long nhận 1,5 triệu USD của ông Quân và chuyển hết cho An.
Nhận 1,5 triệu USD này, An nhờ Hà Duy Tuấn đi “lo lót” giúp. Sau đó, bị cáo Tuấn cầm 970.000 USD đến nhờ bị cáo Nguyễn Ngọc Triệu giúp đỡ. Bị cáo Triệu nhận lời và lại đi nhờ một người khác giúp đỡ ông Quân song không được.
Tại cơ quan điều tra, bị cáo Triệu cho rằng chỉ nhận 400.000 USD của bị cáo Tuấn. Căn cứ các chứng từ thu thập được, cơ quan tố tụng xác định có đủ cơ sở chứng minh Tuấn chỉ đưa cho bị cáo Triệu 400.000 USD.
Quá trình điều tra, gia đình bị cáo Triệu đã tự nguyện giao nộp 5 tỷ đồng, bị cáo Tuấn nộp 800 triệu đồng, Kiên nộp 23,7 tỷ đồng (tiền chiếm đoạt) để khắc phục hậu quả.
Cáo trạng kết luận, từ tháng 3/2021 đến tháng 7/2021, ông Quân đã nhiều lần đưa cho Kiên, Giang và Long 2,67 triệu USD (tương đương gần 60 tỷ đồng) để chạy án. Viện Kiểm sát đánh giá, hành vi đưa tiền để nhờ chạy án của nguyên giám đốc Bệnh viện thành phố Thủ Đức Nguyễn Minh Quân có đủ dấu hiệu cấu thành tội “Đưa hối lộ”. Tuy nhiên, do ông Quân đã chủ động khai báo trước khi bị phát giác nên được cơ quan điều tra miễn trách nhiệm hình sự. Tháng 11/2021, ông Quân đã bị khởi tố, bắt tạm giam về những vi phạm đấu thầu xảy ra ở Bệnh viện thành phố Thủ Đức.