Căn cứ quyết định này cũng như các chứng cứ, tài liệu thu thập được, ngày 15/6, Cơ quan Cảnh sát điều tra (Bộ Công an) ban hành quyết định khởi tố, bắt giam bị can Nguyễn Duy Linh (nguyên Phó Tổng Cục trưởng Tổng cục Tình báo, Bộ Công an) về tội "Nhận hối lộ" theo khoản 4, Điều 354 - Bộ luật Hình sự. Cơ quan Cảnh sát điều tra (Bộ Công an) cũng đã khám xét chỗ ở của bị can Nguyễn Duy Linh. Các quyết định liên quan đều được Viện Kiểm sát phê chuẩn.
Ngày 20/6, Cơ quan Cảnh sát điều tra có bản kết luận điều tra bổ sung, đề nghị truy tố 3 bị can trước pháp luật gồm: Hồ Hữu Hòa (trú ở Nghệ An) về tội “Môi giới hối lộ”, Phan Văn Anh Vũ về tội “Đưa hối lộ”, Nguyễn Duy Linh về tội “Nhận hối lộ”.
Trước đó, Cơ quan Cảnh sát điều tra (Bộ Công an) đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can và hoàn tất kết luận điều tra chuyển hồ sơ đề nghị Viện Kiểm sát nhân dân tối cao truy tố bị can Phan Văn Anh Vũ về tội “Đưa hối lộ”; đề nghị truy tố bị can Hồ Hữu Hòa về tội “Môi giới hối lộ”. Sau đó, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đã trả hồ sơ, yêu cầu điều tra bổ sung vụ án để làm rõ việc đưa hối lộ và môi giới hối lộ.
