Theo Viện Kiểm sát, đây là vụ án gây thiệt hại đặc biệt lớn cho tài sản nhà nước và doanh nghiệp có vốn nhà nước, sai phạm ở nhiều lĩnh vực, nhiều hành vi phạm tội khác nhau. Trong vụ án này, bị can Tất Thành Cang (cựu Phó Bí thư Thường trực Thành ủy Thành phố Hồ Chí Minh), Phạm Văn Thông (nguyên Phó Chánh văn phòng Thành ủy) và một số bị can khác giữ vị trí lãnh đạo chủ chốt của Thành phố Hồ Chí Minh, của Công ty IPC, Công ty SADECO.
Các bị can được giao trực tiếp quản lý tài sản nhà nước, thực hiện quy định của Nhà nước về việc đại diện vốn góp của Nhà nước vào doanh nghiệp. Tuy nhiên vì những động cơ, mục đích khác nhau, với vai trò chỉ đạo và quyết định của bị can Tất Thành Cang, các bị can trong vụ án đã có hàng loạt sai phạm trong việc chuyển nhượng 9 triệu cổ phần của SADECO cho Công ty Nguyễn Kim như không thông qua đấu giá, không được tổ chức có chức năng thẩm định giá làm thẩm định,… Các hành vi trái với quy định Nhà nước đã dẫn đến hậu quả thất thoát hơn 669,6 tỷ đồng của Nhà nước.
Bị can Tề Chí Dũng (nguyên Tổng Giám đốc Công ty IPC, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty SADECO), Hồ Thị Thanh Phúc (nguyên Tổng Giám đốc Công ty SADECO) và các đồng phạm còn lợi dụng thẩm quyền quản lý tiền thù lao khen thưởng tại Công ty SADECO, thực hiện nhiều hành vi gian dối để chi sai quy định số tiền mà đáng lẽ SADECO phải nộp về Văn phòng Thành ủy và Công ty IPC. Các bị can đã chiếm hưởng số tiền hơn 4,6 tỷ đồng.
Bị can Tề Chí Dũng còn chỉ đạo Hồ Thị Thanh Phúc và các đồng phạm chi tiền của SADECO cho nhiều cá nhân đi du lịch nước ngoài dưới danh nghĩa “tham quan, khảo sát”, gây thất thoát của Nhà nước hơn 2,1 tỷ đồng.
Viên Kiểm sát nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh truy tố bị can Tất Thành Cang cùng 11 bị can khác về tội “Vi phạm các quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí” theo khoản 3, Điều 219 - Bộ luật Hình sự; truy tố bị can Tề Chí Dũng, Hồ Thị Thanh Phúc và 5 bị can khác về hai tội “Vi phạm các quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí” và “Tham ô tài sản”. Riêng bị can Nguyễn Văn Minh bị truy tố về một tội “Tham ô tài sản”.
