Tuy nhiên, việc thực hiện các biện pháp tại các cửa khẩu biên giới cũng đã và đang gây ra ảnh hưởng nhất định, đôi khi quá mức cần thiết, tới hoạt động xuất nhập khẩu. Trước tình hình đó, ngày 05/02/2020, Văn phòng Chính phủ đã có công văn số 808/VPCP-KTTH thông báo ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ về hoạt động xuất nhập khẩu và vận chuyển hàng hóa qua biên giới. Theo đó, việc xuất nhập khẩu, vận chuyển hàng hóa qua biên giới tiếp tục được thực hiện theo quy định; bảo đảm công tác phòng chống dịch nhưng không làm gián đoạn, ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
Ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ đã góp phần tháo gỡ những lo ngại của các doanh nghiệp. Tuy nhiên, nếu ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng được hiểu và áp dụng không thống nhất thì hàng hóa xuất nhập khẩu qua biên giới vẫn đối diện với nguy cơ bị ùn tắc, từ đó gây ảnh hưởng tới hoạt động sản xuất, kinh doanh nói chung.
Trước tình hình này, Bộ Công Thương đã có văn bản số 708/BCT-XNK ngày 05/02/2020 đề nghị Bộ Y tế xây dựng một Quy trình kiểm soát, phòng chống dịch bệnh đối với người và phương tiện vận tải trực tiếp tham gia hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa qua biên giới phía Bắc. Tại văn bản này, Bộ Công Thương đã đề xuất mô hình để Bộ Y tế xem xét và chấp thuận áp dụng đối với hàng hóa, phương tiện, người lái xe, nhân viên bốc dỡ .. của hai nước Việt Nam và Trung Quốc tại khu vực cửa khẩu theo phương châm bảo đảm hiệu quả phòng chống dịch nhưng không gây ảnh hưởng quá mức đến hoạt động thông quan hàng hóa.
Chiều 06/02/2020, tại phiên họp thứ 6 của Ủy ban chỉ đạo quốc gia về Cơ chế một cửa ASEAN, Cơ chế một cửa quốc gia và Tạo thuận lợi thương mại (Ủy ban 1899) do Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ, Chủ tịch Ủy ban chủ trì, ông Trương Quốc Cường, Thứ trưởng Bộ Y tế đã bày tỏ sự ủng hộ đối với đề xuất của Bộ Công Thương. Theo ông Cường, việc áp dụng các biện pháp y tế để phòng chống dịch là ưu tiên cao nhất, nhưng cần áp dụng đúng nơi, đúng thời điểm, đúng đối tượng để tránh gây khó khăn không cần thiết cho hoạt động của người dân và doanh nghiệp. Trên tinh thần đó, Bộ Y tế sẽ làm việc với các cơ quan liên quan để sớm đưa ra quy trình kiểm soát, phòng chống dịch bệnh đối với người và phương tiện hoạt động tại khu vực cửa khẩu./.
