Trước đó sáng 11/6, một nhân viên phòng công nghệ thông tin của bệnh viện cư trú tại thị trấn Hóc Môn, huyện Hóc Môn đến bệnh viện đi làm và thực hiện khai báo y tế theo quy định. Do có triệu chứng sốt nhẹ, nhức mỏi, ho nên người này được phân luồng lấy mẫu xét nghiệm sàng lọc, cho kết quả dương tính với SARS-CoV-2.
Ngay sau đó, trong ngày 12/6, Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Thành phố Hồ Chí Minh đã lấy mẫu xét nghiệm cho toàn bộ 596 nhân viên và bệnh nhân nội trú. Tất cả 63 mẫu xét nghiệm của bệnh nhân nội trú có kết quả âm tính, 80 nhân viên y tế phụ trách điều trị COVID-19 cũng có kết quả âm tính.Tuy nhiên, bệnh viện phát hiện thêm 6 nhân viên còn lại của phòng công nghệ thông tin và 15 nhân viên phòng Hành chính Quản trị dương tính với SARS-CoV-2.
Trong 15 nhân viên trong phòng Hành chính Quản trị có 1 người là vợ của nhân viên công nghệ thông tin đầu tiên được phát hiện mắc COVID-19. Bên cạnh đó, trong nhóm nhân viên công nghệ thông tin có 1 người cư trú tại Block A1 chung cư Ehome 3 ở Bình Tân.
Từ chiều 12/6, Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Thành phố Hồ Chí Minh tạm phong tỏa để tiến hành điều tra, truy vết, khử khuẩn môi trường, lập danh sách toàn bộ các trường hợp hợp nghi nhiễm về Trung tâm kiểm soát Bệnh tật Thành phố Hồ Chí Minh để chuyển thông tin tiến hành truy vết tại nơi cư trú.
Trong thời gian tạm phong tỏa, bệnh viện vẫn duy trì công tác xét nghiệm chẩn đoán RT-PCR và chăm sóc bệnh nhân COVID-19 đang nằm điều trị.Theo HCDC, hiện Bệnh viện Bệnh nhiệt đới chỉ còn 63 bệnh nhân đang điều trị nội trú. Khu điều trị COVID-19 được bố trí ở khu vực hoàn toàn riêng biệt với các khoa phòng khác. Sau thời gian làm việc, nhóm nhân viên điều trị COVID-19 được bố trí ở nơi lưu trú riêng, không tiếp xúc với người ngoài và nhân viên y tế khác. Khu vực có nhân viên bị lây nhiễm là khu vực hành chính, do đó đánh giá ban đầu có thể nguồn lây từ ngoài vào bệnh viện.