Đội có nhiệm vụ hướng dẫn, hỗ trợ các Trung tâm Y tế quận, huyện; thực hiện giám sát, triển khai các phương án, giải pháp trong việc xử lý, kiểm soát dịch bệnh cộng đồng tại trường học, khu công nghiệp, khu chế xuất.
Đội cũng nhận định đánh giá nhanh đánh giá mức độ nguy cơ tình hình dịch bệnh. Tùy vào từng mức độ nguy cơ, đội sẽ triển khai hành động cụ thể, xác định phạm vi ổ dịch; cùng với chính quyền địa phương, trung tâm y tế, trạm y tế, xây dựng các biện pháp can thiệp cụ thể đối với từng ổ dịch, từng điểm nóng dịch bệnh của địa phương; giám sát việc thực hiện chống dịch của các quận, huyện.
Hàng ngày, Đội có nhiệm vụ báo cáo, phân tích tình hình về Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Thành phố, từ đó báo cáo với Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh nhằm giúp cho ngành Y tế có nhận định sớm nhất, cũng như có can thiệp hỗ trợ kịp thời các quận, huyện trong phòng, chống dịch.
Đội đặc nhiệm kiểm dịch là cầu nối giữa Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Thành phố và quận, huyện, phường xã để giúp cho sự phối hợp luôn nhịp nhàng, liền mạch trong hệ thống chống dịch, nhằm khống chế, triệt tiêu các ổ dịch nhanh nhất có thể.
Đây là mô hình mới trong một thế trận mới góp phần giữ vững bình yên cho thành phố. Theo đó, các đội này sẽ được linh hoạt thay đổi số lượng đội cho phù hợp với các cấp độ dịch của thành phố tại cộng đồng.
