Những dấu vết vật chất thuộc nền văn hóa này được các học giả người Pháp phát hiện từ cuối thế kỷ 19. Dấu mốc quan trọng đánh dấu lịch sử phát hiện và nghiên cứu về nền Văn hóa Óc Eo là cuộc khai quật khảo cổ tại cánh đồng Óc Eo, dưới chân núi Ba Thê, thuộc huyện Thoại Sơn, tỉnh An Giang.
Năm 2015, Thủ tướng Chính phủ đã giao nhiệm vụ cho Viện Hàn lâm Khoa học Xã hội Việt Nam tổ chức thực hiện Đề án “Nghiên cứu khu di tích khảo cổ Óc Eo - Ba Thê, Nền Chùa (Văn hóa Óc Eo Nam Bộ)”.
Tham gia thực hiện Đề án là 3 đơn vị khoa học hàng đầu về khảo cổ học của Việt Nam: Viện Khảo cổ học, Viện Nghiên cứu Kinh thành và Viện Khoa học xã hội \vùng Nam Bộ.
Mục tiêu quan trọng của Đề án là khai quật, nghiên cứu khảo cổ học Khu di tích Óc Eo - Ba Thê (An Giang) và Nền Chùa (Kiên Giang), nhằm làm rõ giá trị của Văn hóa Óc Eo ở Nam Bộ, cung cấp cơ sở khoa học cho công tác qui hoạch, bảo tồn và xây dựng Hồ sơ đề cử UNESCO công nhận Khu di tích khảo cổ Óc Eo - Ba Thê là di sản văn hóa thế giới.
Từ năm 2017, Đề án bắt đầu được khởi động bằng cuộc khai quật khảo cổ học tại khu di tích Óc Eo - Ba Thê. Năm 2018, khu di tích Nền Chùa bắt đầu được khảo sát. Sau gần 4 năm thực hiện, Đề án đã hoàn thành và đã thu được nhiều thành tựu khoa học mới rất quan trọng.
Khu di tích khảo cổ Óc Eo - Ba Thê gồm hai khu vực địa hình là Cánh đồng Óc Eo và Núi Ba Thê phân bố trên một không gian rộng khoảng 160 héc ta.
Từ năm 2017-2020, Viện Khảo cổ học và Viện Khoa học Xã hội vùng Nam Bộ tiến hành khai quật khảo cổ học Khu di tích Óc Eo - Ba Thê với quy mô lớn, có diện tích trên 16.000 m2 tại 2 khu vực cánh đồng Óc Eo và núi Ba Thê với 8 địa điểm: Gò Gồng Cát, Gò Giồng Trôm, Gò Óc Eo, Lung Lớn (cánh đồng Óc Eo); Gò Sáu Thuận, Gò Út Trạnh, Chùa Linh Sơn, Linh Sơn Bắc (núi Ba Thê).
Theo Phó Giáo sư, Tiến sĩ Đặng Văn Thắng, Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, những phát hiện mới về khảo cổ học tại Khu di tích Óc Eo - Ba Thê và Nền Chùa 2017 - 2020, không chỉ cung cấp những kết quả khai quật và nghiên cứu mới có giá trị khoa học, mà còn cần được bảo tồn và phát huy.
Do vậy, những nhận định về khu di tích Óc Eo - Ba Thê cũng như Nền Chùa, dù là bước đầu, nhưng đã phần nào khẳng định những đóng góp khoa học quan trọng, cụ thể, làm sáng rõ hơn đặc trưng, tính chất, chức năng, niên đại và vai trò ở ba khu di tích đối với Văn hóa Óc Eo. Những nhận định ấy còn là những gợi mở mang tính định hướng cho những chương trình, dự án nghiên cứu tiếp theo về Văn hóa Óc Eo ở đồng bằng sông Mê Công nói riêng và toàn bộ Vương quốc Phù Nam nói chung. Đồng thời những nhận định này có thể xây dựng những tiêu chí trong hồ sơ trình UNESCO ghi danh Khu Di tích khảo cổ Óc Eo - Ba Thê vào Di sản văn hóa thế giới.
Phó Giáo sư, Tiến sĩ Bùi Văn Liêm, Tổng Biên tập Tạp chí Khảo cổ học, Ủy viên Hội đồng Di sản Văn hóa Quốc gia cho rằng, kết quả nghiên cứu của Đề án Văn hóa Óc Eo do Viện Hàn lâm Khoa học Xã hội Việt Nam thực hiện đã cung cấp cơ sở khoa học tin cậy cho công tác qui hoạch, bảo tồn và xây dựng Hồ sơ đề cử UNESCO công nhận Khu di tích khảo cổ học Óc Eo - Ba Thê là di sản văn hóa thế giới.
Cũng theo Phó Giáo sư Bùi Văn Liêm kết quả nghiên cứu và những nhận định khoa học này của Đề án là những bằng chứng và tư liệu xác thực làm cơ sở xây dựng hồ sơ di sản trình lên UNESCO.
Sự hiện diện của các khu đền tháp, các hồ nước, giếng nước, khu định cư, cư trú, trung tâm sản xuất thủ công, trung tâm buôn bán, giao lưu kinh tế,... cho thấy tính chất đa dạng về chức năng của quần thể đó.
Không những vậy những phát hiện mới về khảo cổ học tại Khu di tích khảo cổ Óc Eo - Ba Thê và Nền Chùa đã đặt một dấu mốc quan trọng trong quá trình nghiên cứu về Văn hóa Óc Eo - nền văn hóa tiêu biểu của Việt Nam.
