Tại phiên phúc thẩm, Tạp chí điện tử Giáo dục Việt Nam tiếp tục không cung cấp, đưa ra được minh bạch các tài liệu chứng minh tạp chí có quyền đăng tải các thông tin trong bài báo.
Phía nguyên đơn, Tập đoàn FLC bảo lưu quan điểm bài báo không chỉ sai về tôn chỉ, mục đích mà còn sai về nội dung. Bởi vấn đề công nợ giữa FLC và Công ty cổ phần Tập đoàn Xây dựng Hoà Bình (HBC) vẫn đang trong quá trình giải quyết, và đến nay các bên vẫn chưa thống nhất về hồ sơ quyết toán cũng như tình trạng công nợ. Việc thống nhất tình trạng công nợ hiện đang đợi kết quả phán quyết từ cơ quan tài phán
Việc đăng tải của Tạp chí điện tử Giáo dục Việt Nam đã xâm phạm đến uy tín, danh dự của doanh nghiệp, gây thiệt hại không nhỏ đến hoạt động kinh doanh.
Kết luận tại tòa, Viện KSND TP. HN cho rằng, bài báo của Tạp chí điện tử Giáo dục Việt Nam đã gây thiệt hại cho Tập đoàn FLC, đồng thời đã bị cơ quản lý là Bộ TTTT xử phạt sau khi đăng. Liên quan đến hồ sơ công nợ giữa FLC và HBC, VKS cho rằng có công nợ giữa hai bên nhưng chưa xác định được số nợ cụ thể.
Căn cứ vào các chứng cứ có trong hồ sơ và tranh luận giữa hai bên cũng như ý kiến đề nghị của Viện KSND TP.HN, tòa phúc thẩm cho rằng việc đăng tải thông tin trong bài báo của Tạp chí điện tử Giáo dục Việt Nam ngày 11/10/2018 là không có cơ sở, và là một trong những hành vi bị cấm theo quy định tại điều 9 Luật Báo chí năm 2016.
Do đó, HĐXX bác tất cả những kháng cáo của phía bị đơn là Tạp chí điện tử Giáo dục Việt Nam, đồng thời tuyên giữ nguyên nội dung bản án sơ thẩm của TAND Quận Cầu Giấy.
Như vậy, Tạp chí điện tử Giáo dục Việt Nam phải bồi thường 14.900.000 đồng (tương đương 10 tháng lương cơ bản và phải chịu thêm lãi suất 10%/năm theo Luật Dân sự nếu chậm thi hành án) cho Tập đoàn FLC; phải gỡ bỏ ngay tất cả các bài viết đưa thông tin không chính xác; công khai xin lỗi FLC trên các phương tiện thông tin đại chúng, trong đó, đăng tải ít nhất 3 bài báo xin lỗi công khai trên 3 tờ báo trung ương, trong 3 số báo liên tiếp.
Trước đó, Tập đoàn FLC kiện Tạp chí điện tử Giáo dục Việt Nam ra tòa, yêu cầu bồi thường thiệt hại do báo đăng tin không chính xác, gây thiệt hại nặng nề đến uy tín, hoạt động của doanh nghiệp. Tại phiên tòa sơ thẩm ngày 30/9/2019, HĐXX Tòa án Nhân dân Quận Cầu Giấy cho rằng, bài viết "Doanh nghiệp tố FLC chây ì, nợ hàng trăm tỉ đồng" của Tạp chí điện tử Giáo dục Việt Nam đăng ngày 1/10/2018 là không có căn cứ, đăng tải khi không xác minh tính xác thực của thông tin, không đúng theo giấy phép hoạt động, và đây là hành vi bị cấm theo Luật Báo chí. Bài báo này ngay sau khi đăng tải đã bị cơ quản quản lý là Cục Báo chí xử phạt vì hành vi đăng tin không đúng tôn chỉ mục đích.
Từ các cơ sở nêu trên, Tòa án Nhân dân quận Cầu Giấy đã chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Tập đoàn FLC và tuyên FLC thắng kiện.
