Tại văn bản do Thứ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Viết Tiến ký báo cáo Thủ tướng Chính phủ về quá trình giải quyết tình tiết mới, đại diện Bộ Y tế khẳng định việc Hội đồng xét xử chưa xem xét nghiêm túc tại phiên tòa các kiến nghị khoa học bằng các luận giải khoa học mà đã khẳng định các kiến nghị của Bộ Y tế "không có cơ sở khoa học" là không bảo đảm khoa học pháp lý, khoa học xét xử.
Bộ Y tế cho rằng việc các cơ quan chức năng chưa chứng minh được nguyên nhân tử vong, con đường dẫn tới nguyên nhân tử vong của 8 nạn nhân bằng khoa học từ kiến nghị của Bộ Y tế, nhưng vẫn tuyên án, khiến cho bản án phúc thẩm không có giá trị khoa học và không thuyết phục.
Bộ Y tế cho biết đã thực hiện theo chỉ đạo của Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình, gửi các tài liệu, hồ sơ, chứng cứ khoa học mới phát hiện liên quan tới vụ án cho Tòa án nhân dân Tối cao, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao và Bộ Công an, đồng thời, Bộ đề nghị xem xét giải quyết tình tiết mới này trong quá trình xét xử phúc thẩm theo đúng quy định của pháp luật, để bảo đảm không bỏ lọt tội phạm và không làm oan người vô tội. Tuy nhiên, sau hơn 1 tháng kể từ khi có bản án phúc thẩm ngày 19-6-2019, Bộ Y tế vẫn chưa nhận được văn bản phản hồi của các bên.
Trước đó, khi dựng lại hiện trường hệ thống máy lọc nước chạy thận, các nhà khoa học đã phát hiện ra tình tiết mới có liên quan tới vụ án và tìm ra nguyên nhân tử vong của 8 nạn nhân chạy thận. Theo đó, các nhà khoa học về thiết bị y tế chứng minh những nghi vấn đặt ra bằng việc thực nghiệm khoa học, chỉ rõ 3 chiếc van bị hỏng đã mở thông con đường làm cho các chất ô nhiễm trong các cột lọc của RO 1 bị bong trôi, đi theo dòng nước không đảm bảo chất lượng chạy thận, xâm nhập tự nhiên vào tank (bồn) RO 2, làm ô nhiễm nước dùng chạy thận cho bệnh nhân.
Bộ Y tế cho rằng cần thiết phải điều tra bổ sung thông qua các biện pháp khoa học, khách quan gồm: Thực nghiệm hiện trường pha loãng axit HF để đạt được nồng độ trong kết luận giám định của Viện Khoa học hình sự - Bộ Công an thực nghiệm dung dịch a xít HF đó trên máy thận nhân tạo, đánh giá khả năng phá hủy của dung dịch này với quả lọc thận... và một số nội dung khác cần tham khảo các chuyên gia về lĩnh vực y học, trang thiết bị y tế, hóa học, pháp y; xác định rõ quy cách lấy mẫu, vị trí lấy mẫu, quy trình lấy mẫu, người lấy mẫu; làm rõ việc Cơ quan cảnh sát điều tra - Công an tỉnh Hoà Bình có thực hiện giám định chất lượng toàn bộ hệ thống lọc nước RO1 và RO2 không, cần thiết dựng lại hiện trường và tổ chức thực nghiệm.
