Phát biểu tại Hội nghị, ông Nguyễn Văn Công, Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải thừa nhận, giá dịch vụ cảng biển tại Việt Nam quá thấp, thấp hơn cả Campuchia và đồng tình với kiến nghị điều chỉnh tăng giá tiệm cận với khu vực của VPA đề xuất. Thứ trưởng Nguyễn Văn Công cũng cho biết, đối với những khó khăn trong thủ tục đổ vật chất nạo vét ở các cảng, luồng lạch, Bộ đã nhiều lần làm việc, họp với Chính phủ, Bộ Tài nguyên và môi trường, nhưng đến nay vẫn chưa có giải pháp triệt để.
Tại Hội nghị, ông Lê Công Minh, Chủ tịch VPA đánh giá đánh giá, một trong những vấn đề chính của cảng biển Việt Nam hiện nay vẫn là sự phát triển không đồng bộ giữa cảng biển với cơ sở hạ tầng, dịch vụ logistics. Ngoài ra, theo báo cáo của VPA, sự phát triển, gia tăng của các thành viên cũng có sự chênh lệch rõ rệt giữa các khu vực. Cụ thể, trong khi lượng hàng hóa thông qua các cảng ở khu vực miền Bắc và Đồng bằng sông Cửu Long giảm thì các cảng ở TP Hồ Chí Minh, Đồng Nai và Cái Mép - Thị Vải (Bà Rịa- Vũng Tàu) lại tăng cao và chiếm gần 60% thị phần cả nước.
Riêng hàng container qua Cái Mép - Thị Vải tăng 21% năm 2018, 6 tháng đầu năm 2019 tăng 26%. Theo ông Minh, tới đây khi sân bay Long Thành hình thành và kết nối với cụm cảng Cái Mép - Thị Vải thì khu vực này sẽ trở thành trung tâm hàng hải, hàng không tầm cỡ quốc tế.
Dù tăng trưởng chung nhưng theo đánh giá của VPA, nhiều cảng vẫn còn gặp khó khăn trong cạnh tranh, kinh doanh và không đủ tích lũy để phát triển lên hiện đại như: giá dịch vụ container còn thấp, bao cấp cho vận tải biển nước ngoài khi vận tải nội địa, phát triển cảng manh mún…
Theo đó, cạnh tranh nhỏ lẻ về giá vẫn còn là trở ngại chính trong thu hút đầu tư nước ngoài vào kết cấu hạ tầng cảng biển Việt Nam. Ngoài ra, tại TP Hồ Chí Minh, các xe chở container ra vào cảng Cát Lái đang gây áp lực rất lớn về giao thông cho thành phố này gây ra nhiều hệ lụy về đô thị, xã hội và môi trường ngày một trầm trọng.
Trong khi đó, tại khu vực Đồng bằng sông Cửu Long dù có cảng nhưng do chưa có giao thông kết nối nên hàng hóa ở đây và cả hàng quá cảnh của Campuchia vẫn phải thông qua các cảng ở TP Hồ Chí Minh, Bà Rịa - Vũng Tàu. Ngoài ra, thế mạnh của đồng bằng này là mạng lưới đường thủy nội địa nhưng gần đây lại có các dự án cảng lớn đề ra chiếm dụng đất đai nhiều và cạnh tranh với chính nhóm cảng số 5 (tức nhóm cảng ở Đông Nam bộ và TP Hồ Chí Minh).