Bên cạnh các giải pháp đã thực hiện trước đó, Sở Y tế Hà Nội tiếp tục chỉ đạo các đơn vị triển khai các hoạt động tổng vệ sinh môi trường khi nước rút theo phương châm nước rút đến đâu làm vệ sinh môi trường đến đó, tổ chức thu gom xử lý xác động vật phát sinh các bệnh truyền nhiễm, phun hóa chất diệt côn trùng truyền bệnh tại các khu vực có nguy cơ. Đồng thời, các đơn vị y tế cần tăng cường tuyên truyền, hướng dẫn cho bệnh nhân và người dân tại cộng đồng về sử dụng nước sạch, an toàn vệ sinh thực phẩm, vệ sinh môi trường phòng, chống dịch bệnh thường xuất hiện sau mùa mưa bão, ngập lụt, phòng chống tai nạn thương tích với nhiều hình thức như: truyền thông trực tiếp tại hộ gia đình bị ngập, phát tờ rơi, phát thanh hàng ngày…
Đối với các bệnh viện tuyến thành phố, bệnh viện ngoài công lập và các bệnh viện trên địa bàn, hệ thống y tế tư nhân, Sở Y tế Hà Nội yêu cầu các đơn vị này sẵn sàng tham gia cứu nạn, nhận và triển khai nhiệm vụ hỗ trợ khi có yêu cầu của cấp trên.
Với phương châm nước rút đến đâu, xử lý môi trường đến đó, ngành y tế Hà Nội đã chỉ đạo tập trung nguồn lực cho công tác vệ sinh môi trường. Tính đến chiều ngày 15/9, trên địa bàn thành phố còn 15 quận/huyện, 101 xã/phường, 302 điểm ngập úng. Tổng số hộ gia đình bị ngập là 39.116 hộ, số hộ còn ngập 13.540 hộ, số hộ đã được xử lý môi trường là gần 24.000 hộ. Bên cạnh đó, thành phố có 52 điểm chân rác bị ngập, trong đó đã xử lý được 36 điểm. Về cấp phát thuốc, hóa chất khử trùng, các trung tâm y tế đã cấp 5.450 kg Cloramin B, 620kg vôi bột, 30,4 kg phèn chua phục vụ cho công tác xử lý nước, môi trường.
Do ảnh hưởng của bão số 3, đến chiều 15/9 có 5 trạm y tế là Mỹ Lương và Nam Phương Tiến A (Trung tâm Y tế huyện Chương Mỹ), Trạm Y tế Ngô Quyền (Trung tâm Y tế thị xã Sơn Tây), Trạm Y tế Phù Lưu và Hồng Quang (Trung tâm Y tế huyện Ứng Hòa) còn bị ngập. Các trạm bị ngập được bố trí sang các địa điểm tạm thời để đảm bảo an toàn về nhân lực, tài sản, trang thiết bị, thuốc… tiếp tục thực hiện công tác khám chữa bệnh và chăm sóc sức nhân dân địa phương.
Về tình hình dịch, bệnh trong khu vực ngập lụt, theo báo cáo có 508 bệnh nhân mắc bệnh về da, 42 ca mắc bệnh tiêu hóa, 117 trường hợp mắc bệnh về mắt, 1 ca mắc sốt xuất huyết. Các đơn vị đã chủ động cấp phát thuốc phòng bệnh gồm thuốc kháng sinh đường ruột, thuốc bôi ngoài da, men tiêu hóa, thuốc nhỏ mắt cho người dân tại các điểm ngập úng như tại huyện Quốc Oai phát 21 loại thuốc, huyện Sóc Sơn phát 9 loại thuốc, huyện Chương Mỹ phát 13 loại thuốc. Tại các cơ sở y tế đảm bảo tốt hoạt động khám, chữa bệnh trên địa bàn, tổ chức thường trực khám chữa bệnh 24/24 giờ, không để gián đoạn công tác khám chữa bệnh.