Theo Quyết định số 266/QĐ-UBND, ngày 15/1/2025, UBND thành phố Hà Nội quyết định tổ chức lại Trường Trung học Phổ thông Chu Văn An thành Trường Trung học Phổ thông Chuyên Chu Văn An thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội (địa chỉ trường tại số 10, đường Thụy Khuê, phường Thụy Khuê, quận Tây Hồ).
Đồng thời, quyết định tổ chức lại Trường Trung học Phổ thông Sơn Tây thành Trường Trung học Phổ thông Chuyên Sơn Tây thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội (địa chỉ trường tại số 57, đường Đền Và, phường Trung Hưng, thị xã Sơn Tây).
Hai trường này được tổ chức và hoạt động tuân thủ các quy định hiện hành của Bộ Giáo dục và Đào tạo đối với trường trung học phổ thông chuyên theo quy định. Các trường chịu chỉ đạo, quản lý trực tiếp, toàn diện của Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội và các cơ quan khác có liên quan.
Những năm trước đây, hai trường trên có tuyển sinh học sinh hệ không chuyên và hệ chuyên. Theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo, khi chính thức trở thành trường chuyên, chỉ tiêu tuyển sinh hệ không chuyên của hai trường không còn.
Như vậy năm học 2024 - 2025, thành phố Hà Nội có 4 trường trung học phổ thông chuyên trực thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo gồm: Chuyên Hà Nội - Amsterdam, Chuyên Nguyễn Huệ, Chuyên Chu Văn An và Chuyên Sơn Tây.
