Trước đó, Bộ Giáo dục và Đào tạo có văn bản đề nghị Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội chỉ đạo việc tuyển sinh vào trường Trung học Phổ thông chuyên đúng quy định. Văn bản của Bộ nêu rõ: căn cứ khoản 1 Điều 62 Luật Giáo dục 43/2019/QH14 ngày 14/6/2019, trường chuyên được thành lập ở cấp Trung học Phổ thông, vì vậy không có cấp Trung học Cơ sở trong trường chuyên.
Tại Thông tư số 05/2023/TT-BGDĐT của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành quy chế tổ chức và hoạt động của trường Trung học Phổ thông chuyên, sẽ chỉ tổ chức lớp chuyên trong trường Trung học Phổ thông chuyên; các lớp không chuyên đã được tuyển sinh và tổ chức trong trường Trung học Phổ thông chuyên tiếp tục thực hiện theo quy định tại Thông tư số 06/2012/TT-BGDĐT và Thông tư số 12/2014/TT-BGDĐT của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo đến khi học hết lớp 12. Đồng thời, việc tuyển sinh vào các lớp không chuyên của trường Trung học Phổ thông chuyên theo quy định tại Thông tư số 06/2012/TT- BGDĐT và Thông tư số 12/2014/TT-BGDĐT được thực hiện đến hết năm học 2023-2024.
Thông tin tại văn bản của Bộ Giáo dục và Đào tạo đã khiến nhiều phụ huynh học sinh thành phố Hà Nội, nhất là với những phụ huynh đã chuẩn bị kế hoạch cho con thi lớp 6 Trường Trung học phổ thông Chuyên Hà Nội - Amsterdam năm học 2024 - 2025 băn khoăn, tiếc nuối. Các phụ huynh cho rằng cấp Trung học Cơ sở của nhà trường đã khẳng định được uy tín, tạo dựng được sự tin tưởng đối với nhân dân về chất lượng đào tạo trong nhiều năm học.
