Căn cứ quy định tại các văn bản nêu trên, Ban Chỉ đạo thực hiện sắp xếp, tổ chức lại đơn vị hành chính các cấp và xây dựng mô hình tổ chức chính quyền địa phương 2 cấp của Chính phủ (Ban Chỉ đạo của Chính phủ) đã có Công văn số 03/CV-BCĐ và Công văn số 11/CV-BCĐ định hướng một số nhiệm vụ sắp xếp đơn vị hành chính và tổ chức chính quyền địa phương 2 cấp.
Tuy nhiên, đến nay, trong quá trình triển khai vẫn còn cách hiểu khác nhau về việc giữ nguyên chế độ phụ cấp hiện hưởng đối với cán bộ, công chức, viên chức và người lao động hưởng lương từ ngân sách nhà nước chịu ảnh hưởng của việc sắp xếp đơn vị hành chính. Để thống nhất trong tổ chức thực hiện, Bộ trưởng Nội vụ Phạm Thị Thanh Trà, Phó Trưởng ban thường trực Ban Chỉ đạo của Chính phủ đã ký Công văn số 16/CV-BCĐ gửi các Tỉnh ủy, Thành ủy, UBND tỉnh, thành phố hướng dẫn về việc thực hiện chế độ phụ cấp và chế độ nâng bậc lương đối với cán bộ, công chức, viên chức và người lao động sau sắp xếp đơn vị hành chính, tổ chức chính quyền địa phương 2 cấp.
Theo văn bản này, Quyết định số 128/QĐ-TW của Ban Bí thư Trung ương Đảng, Nghị định số 204/2004/NĐ-CP của Chính phủ và các văn bản sửa đổi, bổ sung, hướng dẫn thi hành thì các chế độ phụ cấp lương hiện nay bao gồm: Phụ cấp chức vụ lãnh đạo; phụ cấp thâm niên vượt khung; phụ cấp kiêm nhiệm; phụ cấp khu vực; phụ cấp đặc biệt; phụ cấp thu hút; phụ cấp lưu động; phụ cấp độc hại, nguy hiểm; phụ cấp trách nhiệm công việc; phụ cấp phục vụ quốc phòng, an ninh; phụ cấp thâm niên nghề; phụ cấp trách nhiệm theo nghề; phụ cấp ưu đãi theo nghề; phụ cấp đặc thù áp dụng đối với lực lượng vũ trang; phụ cấp công tác lâu năm ở vùng có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; phụ cấp công vụ; phụ cấp công tác đảng, đoàn thể chính trị - xã hội; phụ cấp trách nhiệm công tác bảo vệ chính trị nối bộ; phụ cấp kiêm nhiệm chức danh cấp xã.
Việc giữ nguyên (bảo lưu hoặc tiếp tục hưởng) phụ cấp theo định hướng tại điểm 3.1 khoản 3 Công văn số 03/CV-BCĐ và điểm 4.2 khoản 4 mục B Công văn số 11/CV-BCĐ được thực hiện đối với cán bộ, công chức, viên chức, người lao động hưởng lương từ ngân sách nhà nước chịu ảnh hưởng của việc sắp xếp đơn vị hành chính mà vẫn là cán bộ, công chức, viên chức, người lao động tại cơ quan, tổ chức trong hệ thống chính trị. Theo đó, trước khi được bố trí sắp xếp, cán bộ, công chức, viên chức, người lao động đang hưởng phụ cấp nào trong số các phụ cấp lương trên thì sau khi sắp xếp được tiếp tục hưởng phụ cấp đó. Trường hợp cán bộ, công chức, viên chức, người lao động có thời gian làm việc còn lại dưới 6 tháng kể từ ngày có quyết định bố trí sắp xếp (do nghỉ hưu đúng tuổi, nghỉ hưu trước tuổi, nghỉ thôi việc...) thì tiếp tục hưởng phụ cấp cho đến khi hết thời gian làm việc còn lại.
Ví dụ, trước sắp xếp, công chức A thuộc Thanh tra cấp huyện đang được hưởng phụ cấp trách nhiệm theo nghề thanh tra mức 25% mức lương hiện hưởng cộng phụ cấp chức vụ lãnh đạo và phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có), sau sắp xếp được bố trí đảm nhiệm vị trí việc làm là công chức cấp xã thì được giữ nguyên phụ cấp trách nhiệm theo nghề Thanh tra mức 25% nêu trên trong 6 tháng.
Ngoài việc giữ nguyên các phụ cấp hiện hưởng ở trên, cán bộ, công chức, viên chức, người lao động tiếp tục được thực hiện chế độ nâng bậc lương theo quy định của pháp luật hiện hành.
Phó Trưởng ban Chỉ đạo của Chính phủ đề nghị Tỉnh ủy, Thành ủy, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương căn cứ vào tình hình thực tế để triển khai thực hiện, bảo đảm chế độ, chính sách cho cán bộ, công chức, viên chức và người lao động.
