Với vốn đầu tư 20,3 tỷ đồng, Chùa Cầu - biểu tượng của phố cổ Hội An sẽ được trùng tu các hạng mục như: gia cố hệ nền, móng, mố, trụ cầu; tu bổ hệ sàn, hệ khung gỗ, hệ mái; cải tạo hệ thống điện, chống mối công trình; số hóa di tích bằng công nghệ 3D phục vụ lưu trữ và công tác tu bổ, tổ chức hội thảo, tọa đàm, lập hồ sơ khoa học; tôn tạo cảnh quan, hạ tầng kỹ thuật; mạng internet, hệ thống camera an ninh và nhà bao che phục vụ thi công tu bổ và bảo quản di tích...
Ông Nguyễn Văn Sơn, Chủ tịch UBND thành phố Hội An nhấn mạnh: Chùa Cầu là biểu tượng văn hóa kiến trúc độc đáo, quan trọng bậc nhất trong Quần thể Di sản Văn hóa thế giới Đô thị cổ Hội An. Trong nhiều năm qua, thành phố Hội An đã tập trung chỉ đạo các ngành chuyên môn triển khai thực hiện, hoàn thành khối lượng công việc khá lớn để tiến tới trùng tu Chùa Cầu như: Tổ chức sưu tầm, nghiên cứu khoa học thông tin, tư liệu về lịch sử, văn hóa, kiến trúc, nghệ thuật của Di tích trên cơ sở tập hợp, phân tích các thông tin, tư liệu, bài nghiên cứu đã có trước đây đồng thời triển khai một số chuyên đề mới cần thiết để phục vụ Dự án. Đây là công việc hết sức quan trọng nhằm củng cố, thiết lập hệ thống cứ liệu khoa học, làm cơ sở cho việc xây dựng phương án tu bổ một cách sát hợp nhất.
Công tác đánh giá hiện trạng kỹ thuật của Di tích được các chuyên gia trong và ngoài nước đặc biệt chú trọng và thực hiện hết sức kỹ lưỡng, toàn diện từ tổng thể đến chi tiết từ cấu trúc nhìn thấy và không thấy được, kết hợp kinh nghiệm truyền thống với áp dụng các công nghệ khoa học hiện đại. Việc số hóa kiến trúc hiện trạng công trình được quan tâm thực hiện, làm cơ sở dữ liệu khoa học cho việc so sánh đối chiếu khi hoàn thành tu bổ công trình.
Các cơ quan chuyên môn đã triển khai mô hình 3D di tích bằng công nghệ scan laser; tiến hành vẽ ghi kiến trúc và chụp ảnh chi tiết toàn bộ công trình. UBND thành phố đã thành lập Hội đồng đánh giá di tích để thường xuyên theo dõi, đánh giá, đưa ra giải pháp thực hiện cụ thể nhằm đảm bảo Di tích được tu bổ đạt chất lượng khoa học cao nhất.
Tất cả các khâu chuẩn bị để tiến hành trùng tu Chùa Cầu đều được Bộ Văn hóa - Thể thao và Du lịch, Cục Di sản Văn hóa, Sở Văn hóa - Thể thao và Du lịch, Sở Xây dựng tỉnh Quảng Nam, Văn phòng UNESCO tại Hà Nội, Văn phòng Jica tại Việt Nam, Tổng cục Văn hóa Nhật Bản tiếp thu, chỉnh sửa nghiêm túc trước khi trình cơ quan thẩm quyền thẩm định, phê duyệt.