Nội dung báo cáo của Kiểm toán Nhà nước nêu rõ, một số yếu tố trong phương án tài chính đã thay đổi trong quá trình thực hiện dự án song nhà đầu tư và cơ quan nhà nước có thẩm quyền chưa điều chỉnh hợp đồng BOT tại Dự án cao tốc Bắc Giang - Lạng Sơn.
Bên cạnh đó, chi phí sửa chữa thường xuyên chưa phù hợp định mức, cụ thể, chi phí trung tu và đại tu chưa phù hợp chi phí thường xuyên tại dự án tăng 0,34 tỷ đồng; chi phí trung tu tăng 41 tỷ đồng; chi phí đại tu tăng 77,9 tỷ đồng.
Vấn đề giải ngân vốn vay và vốn góp chủ sở hữu chậm so với dự kiến trong phương án tài chính Dự án cao tốc Bắc Giang - Lạng Sơn khi vốn góp chủ sở hữu đạt 86%; vốn vay đạt 88% kế hoạch.
Ngoài ra, chủ đầu tư chưa cập nhật vào phương án tài chính thu nhập từ lãi tiền gửi phát sinh Dự án Cao tốc Bắc Giang - Lạng Sơn năm 2019 và 2020 là 10,9 tỷ đồng.
"Tại dự án xuất hiện nhiều yếu tố thay đổi ảnh hưởng đến tính khả thi của dự án nhưng các bên chưa xem xét kịp thời trình cấp có thẩm quyền điều chỉnh dự án theo quy định. Dự án đưa vào vận hành nhưng các bên chưa thỏa thuận dự toán chi phí quản lý thu phí làm cơ sở thực hiện, chậm lựa chọn nhà cung cấp dịch vụ thu phí tự động không dừng", KKTN nêu.