Trong đó, có 17 trạm thu phí BOT đường bộ có bất cập về vị trí đặt trạm cần có giải pháp xử lý.
- Có 3 trạm thu phí BOT nằm ngoài phạm vi dự án, gồm:
Trạm thu phí Cầu Rác (Cẩm Xuyên, Hà Tĩnh) - Thu phí thu hồi vốn Dự án BOT Quốc lộ 1 tuyến tránh Hà Tĩnh (dự kiến kết thúc trong năm 2019); Trạm thu phí Tào Xuyên (nay là trạm BOT Dốc Xây, Bỉm Sơn, Thanh Hoá) - Thu phí thu hồi vốn Dự án BOT tuyến tránh thành phố Thanh Hoá; Trạm thu phí Bắc Thăng Long - Nội Bài (Sóc Sơn, Hà Nội): Thu phí thu hồi vốn Dự án BOT tuyến tránh thành phố Vĩnh Yên.
- Có 6 trạm thu phí BOT đặt trên tuyến chính hoàn vốn cho dự án đầu tư nâng cấp tuyến chính và xây dựng tuyến tránh, gồm:
Trạm thu phí Nam Cầu Giẽ (Duy Tiên, Hà Nam) - Thu phí thu hồi vốn Dự án BOT xây dựng tuyến tránh TP Phủ Lý và tăng cường mặt đường Quốc lộ 1 đoạn km215+755 - km235+885 qua tỉnh Hà Nam; Trạm thu phí Bến Thủy (Vinh, Nghệ An) - Thu hồi vốn cho Dự án BOT tuyến tránh TP Vinh, nâng cấp Quốc lộ 1 đoạn Nam Bến Thủy - tránh TP Hà Tĩnh; Trạm thu phí Quán Hàu (Quảng Ninh, Quảng Bình) - Thu hồi vốn Dự án BOT nâng cấp Quốc lộ 1 đoạn Km672+600-Km704+900 qua tỉnh Quảng Bình; Trạm thu phí Trảng Bom (Trảng Bom, Đồng Nai): Thu hồi vốn Dự án BOT tuyến tránh TP.Biên Hòa và nâng cấp mở rộng Quốc lộ 1 đoạn qua tỉnh Đồng Nai; Trạm thu phí TP Sóc Trăng (Sóc Trăng) - Thu phí thu hồi vốn Dự án BOT nâng cấp, mở rộng Quốc lộ 1 đoạn qua tỉnh Sóc Trăng; Trạm thu phí Cai Lậy (Cai Lậy, Tiền Giang) - Thu phí thu hồi vốn Dự án BOT tuyến tránh Thị trấn Cai Lậy và nâng cấp, mở rộng Quốc lộ 1 đoạn qua Thị trấn Cai Lậy.
- Có 6 trạm thu trên cả tuyến quốc lộ và cao tốc khi đầu tư xây dựng tuyến đường cao tốc và cải tạo quốc lộ song hành thuộc 4 dự án:
Trạm thu phí Quốc lộ 3 Thái Nguyên - Chợ Mới (1 trạm trên Quốc lộ 3 và 1 trạm trên tuyến cao tốc Thái Nguyên) - Thu phí thu hồi vốn Dự án BOT cao tốc Thái Nguyên - Chợ Mới và nâng cấp cải tạo Quốc lộ 3; Trạm thu phí Quốc lộ 6 Hòa Lạc - Hòa Bình (1 trạm trên Quốc lộ 6 đặt tại Lương Sơn, và 1 trạm trên cao tốc Hòa Lạc - Hòa Bình đặt tại TP Hòa Bình, Hòa Bình) - Thu phí thu hồi vốn dự án BOT nâng cấp, mở rộng Quốc lộ 6 và cao tốc Hòa Lạc - Hòa Bình; Trạm thu phí cao tốc Bắc Giang - Lạng Sơn (1 trạm trên Quốc lộ 1 và 1 trạm trên tuyến cao tốc, thuộc địa bàn Lạng Sơn) - Thu phí thu hồi vốn dự án đường cao tốc đoạn dài 64km và tăng cường mặt đường Quốc lộ 1 dài 105km; Trạm thu phí cao tốc Hà Nội - Hải Phòng (1 trạm trên Quốc lộ 5 cũ, và 2 trạm trên tuyến cao tốc) - Thu hồi vốn Dự án BOT cao tốc Hà Nội - Hải Phong; Trạm thu phí La Sơn - Tuý Loan (Đà Nẵng) và trạm thu phí Nam Hải Vân (Đà Nẵng) thu giá dịch vụ sử dụng đường bộ hoàn vốn cho Dự án hầm Đèo Cả. Trong đó, trạm La Sơn - Tuý Loan đặt trên tuyến đường được đầu tư BT nhưng thu phí thu hồi vốn cho dự án BOT. Trạm thu phí Nam Hải Vân thu chung phí cho dự án hầm Đèo cả và Dự án BOT hầm Phú Gia - Phước Tượng.
