Theo kết luận thanh tra, Ủy ban nhân dân các tỉnh cơ bản đã ban hành hệ thống các văn bản chỉ đạo thực hiện lựa chọn sách giáo khoa, kế hoạch lựa chọn sách giáo khoa và các quyết định ban hành tiêu chí lựa chọn sách giáo khoa, thành lập hội đồng lựa chọn sách giáo khoa, quyết định ban hành danh mục sách giáo khoa sử dụng trong các cơ sở giáo dục phổ thông trên địa bàn tỉnh theo thẩm quyền.
Tuy nhiên, kết luận thanh tra cũng cho thấy những nội dung còn hạn chế, thiếu sót. Cụ thể, UBND tỉnh Khánh Hòa thành lập các Hội đồng lựa chọn sách giáo khoa lớp 6, lớp 7, lớp 10. Trong đó, một số hội đồng chưa bảo đảm thành phần theo quy định (có ít nhất 2/3 thành viên tham gia hội đồng là tổ trưởng tổ chuyên môn và giáo viên đang trực tiếp giảng dạy môn học của cấp học đó).
UBND tỉnh Đắk Lắk công bố danh mục sách giáo khoa lớp 3, lớp 7, lớp 10 chậm 2 tháng so với quy định. Trường Tiểu học Trần Quốc Toản, huyện Krong Pak và Trường Tiểu học Nguyễn Tất Thành, thị xã Buôn Hồ (tỉnh Đắk Lắk) giao nhiệm vụ cho giáo viên của tổ chuyên môn không đúng chuyên môn nghiên cứu, thảo luận và đánh giá các sách giáo khoa.
Kết luận thanh tra cũng chỉ rõ, trong quá trình lựa chọn sách giáo khoa, các hội đồng lựa chọn sách giáo khoa của tỉnh Kiên Giang, tỉnh Long An và các hội đồng lựa chọn sách giáo khoa trung học tỉnh Đồng Tháp không xây dựng báo cáo UBND tỉnh về quá trình thực hiện nhiệm vụ và tiếp thu ý kiến lựa chọn sách giáo khoa của các trường trung học theo quy định.
Tỉnh Khánh Hòa không tổ chức lựa chọn thành viên tham gia hội đồng từ cơ sở giáo dục đối với 2 môn học Âm nhạc, Mĩ thuật (lý do không có giáo viên) ở cấp Trung học Phổ thông là vi phạm quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Tại tỉnh Quảng Ngãi, đến thời điểm thanh tra, đối với lớp 10, chỉ có 31/40 trường Trung học Phổ thông tổ chức chọn đối với môn Âm nhạc và có 16/40 trường Trung học Phổ thông tổ chức lựa chọn môn Mĩ thuật.
Trường Trung học phổ thông Nguyễn Trung Trực, Kiên Giang, thiếu minh chứng thể hiện việc hướng dẫn các tổ chuyên môn, giáo viên lựa chọn sách giáo khoa lớp 10. Một số biên bản lựa chọn sách giáo khoa không đúng quy định.
Về nội dung bảo đảm kinh phí, các điều kiện cơ sở vật chất phục vụ việc lựa chọn sách giáo khoa, tại thời điểm thanh tra trực tiếp, các tỉnh (Đồng Tháp, Kiên Giang, Quảng Ngãi, Khánh Hòa) chưa ban hành Nghị quyết về nội dung, mức chi cho hoạt động lựa chọn sách giáo khoa trên địa bàn. UBND tỉnh chưa có văn bản hướng dẫn nội dung chi, mức chi cho hoạt động lựa chọn sách giáo khoa tại các cơ sở giáo dục phổ thông. Các tổ chuyên môn, giáo viên, nhà trường chưa được chi trả thù lao cho hoạt động lựa chọn sách giáo khoa (tỉnh Quảng Ngãi, Khánh Hòa....).
Với những sai sót trên, Thanh tra Bộ Giáo dục và Đào tạo yêu cầu các hội đồng lựa chọn sách giáo khoa (tỉnh Kiên Giang, Long An, các hội đồng lựa chọn sách giáo khoa Trung học tỉnh Đồng Tháp) tiếp tục thực hiện đúng quy trình và bảo đảm tôn trọng ý kiến đề xuất của các cơ sở giáo dục. Thực hiện báo cáo đầy đủ quá trình thực hiện nhiệm vụ và việc tiếp thu ý kiến đề xuất lựa chọn sách giáo khoa của các cơ sở giáo dục phổ thông theo quy định tại điểm c khoản 3 Điều 5 Thông tư số 25/2020/TT-BGDĐT ban hành quy định việc lựa chọn sách giáo khoa trong cơ sở giáo dục phổ thông.
UBND tỉnh (Kiên Giang, Quảng Ngãi, Khánh Hòa - nếu chưa ban hành) nhanh chóng hoàn chỉnh hồ sơ, trình Hội đồng nhân dân tỉnh ban hành Nghị quyết quy định nội dung, mức chi cho hoạt động lựa chọn sách giáo khoa trong cơ sở giáo dục phổ thông trên địa bàn tỉnh. Đồng thời, chỉ đạo Sở Giáo dục và Đào tạo, UBND cấp huyện và các cơ sở giáo dục bảo đảm nguồn kinh phí, cơ sở vật chất cho công tác lựa chọn sách giáo khoa tại các cơ sở giáo dục.
Thanh tra Bộ Giáo dục và Đào tạo cũng đề nghị các địa phương tổ chức rà soát, rút kinh nghiệm, kiểm điểm trách nhiệm, xử lý kỷ luật (nếu có) đối với tập thể, cá nhân để xảy ra các hạn chế, thiếu sót, vi phạm trong việc lựa chọn sách giáo khoa.
