Bộ Y tế là đơn vị cấp phép cho lô hàng H-Capita và một số lô hàng khác của Công ty VN Pharma. Bộ Công thương - đơn vị cấp "giấy phép con" trong quá trình xuất nhập khẩu thuốc và Bộ Ngoại giao là đơn vị xác nhận về sự không tồn tại của Công ty Helix Canada, công ty được xác định là đơn vị sản xuất thuốc H-Capita.
Kết luận nêu rõ, để xảy ra những sai sót trong việc nhập khẩu, cấp giấy đăng ký với 10 loại thuốc trách nhiệm thuộc lãnh đạo Bộ Y tế, Cục Quản lý Dược thời điểm năm 2009 trong việc tham mưu, xây dựng và ban hành thông tư; đồng thời lãnh đạo Bộ Y tế, Cục Quản lý Dược thời kỳ 2011-2014 cũng chịu trách nhiệm chính trong việc thiếu sự quan tâm, chỉ đạo để sửa đổi, bổ sung, điều chỉnh nội dung Thông tư số 22/2009/TT-BYT cho phù hợp.
Theo tìm hiểu của phóng viên, từ tháng 7/2007 đến tháng 11/2016, TS. Trương Quốc Cường giữ vai trò Cục trưởng Cục Quản lý Dược. Ngày 25/4/2013, ông Cường được Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến bổ nhiệm lại chức vụ Cục trưởng Cục Quản lý Dược Việt Nam (Quyết định số 1369/QĐ-BYT). Ngày 21/11/2016 đến nay, ông Trương Quốc Cường được Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm giữ chức vụ Thứ trưởng Bộ Y tế theo Quyết định 2258/QĐ-TTg.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ kiểm điểm trách nhiệm lãnh đạo Bộ Y tế để xảy ra những tồn tại, vi phạm. Cùng với kiến nghị chuyển kết luận thanh tra sang Uỷ ban Kiểm tra Trung ương Đảng để xem xét, xử lý theo thẩm quyền đối với cán bộ, Đảng viên thuộc diện Bộ Chính trị, Ban Bí thư quản lý, Thanh tra Chính phủ cũng đề nghị chuyển hồ sơ đến Cơ quan An ninh điều tra - Bộ Công an để phục vụ cho công tác điều tra liên quan đến việc Công ty Cổ phần VN Pharma nhập khẩu thuốc, bán thuốc H-Capita (thuốc chữa ung thư) do Công ty Helix sản xuất và các loại thuốc do Công ty Health 2000 sản xuất.