Theo HĐXX, tại phiên tòa 20 bị cáo đã thừa nhận hành vi vi phạm đúng như nội dung cáo trạng. HĐXX nhận định, bị cáo Đinh La Thăng phải chịu trách nhiệm chính về những sai phạm của các cán bộ tại Bộ GTVT trong việc tổ chức bán đấu giá quyền thu phí tuyến cao tốc TP.HCM - Trung Lương. Bị cáo Đinh La Thăng thừa nhận hành vi, nhưng xác định không phạm tội danh như cáo trạng truy tố.
Với cương vị là người đứng đầu tại Bộ GTVT, ông Đinh La Thăng nắm rõ các quy định pháp luật về bán tài sản Nhà nước nhưng dùng chức vụ của mình gây áp lực để cán bộ dưới quyền tạo điều kiện cho Đinh Ngọc Hệ (Út "Trọc") trúng thầu dự án. Không những vậy, khi phát hiện công ty của Út “Trọc” chậm thanh toán, bị cáo không chỉ đạo xử lý, tạo điều kiện để Đinh Ngọc Hệ chiếm đoạt trót lọt 725 tỷ đồng.
Từ những phân tích trên, HĐXX cho rằng bị cáo Đinh La Thăng phải chịu trách nhiệm chính trong vụ án về tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí. Số tiền trên cũng là tiền thất thoát của Nhà nước, do chính hành vi phạm tội của Hệ mà có.
Từ đó, HĐXX tuyên phạt bị cáo Đinh La Thăng 10 năm tù. Tổng hợp hình phạt với các bản án trước đó, ông Thăng phải chấp hành 30 năm tù.
Ông Đinh Ngọc Hệ (Út "trọc") chỉ thừa nhận 1 phần hành vi là người bỏ toàn bộ vốn thành lập công ty Yên Khánh và nhờ cháu là Vũ Thị Hoan đứng tên trên giấy tờ. Bị cáo bị VKS đề nghị án tù chung thân về tội Lừa đảo chiếm đoạt tài sản, 13-14 năm tù về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi. Tổng hợp hình phạt đề nghị là chung thân.