Theo đó, đại diện Viện Kiểm sát đã đề nghị Hội đồng xét xử tuyên phạt 2 bị cáo: Vũ Huy Hoàng (Cựu Bộ trưởng Bộ Công Thương) mức án từ 10-11 năm tù, Phan Chí Dũng (nguyên Vụ trưởng Vụ Công nghiệp nhẹ, Bộ Công Thương) từ 7-8 năm tù về cùng tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí" theo quy định tại Điều 219, khoản 3 – Bộ luật Hình sự năm 2015.
Đại diện Viện Kiểm sát đề nghị các mức án đối với 8 bị cáo: Nguyễn Hữu Tín (nguyên Phó Chủ tịch UBND Thành phố Hồ Chí Minh) từ 5-6 năm tù, tổng hợp với bản án 7 năm tù trước đó đối với bị cáo Tín về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí", hình phạt chung áp dụng đối với bị cáo Tín là từ 12-13 năm tù; Lâm Nguyên Khôi (nguyên Phó Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Thành phố Hồ Chí Minh) từ 4-5 năm tù; Đào Anh Kiệt (nguyên Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường Thành phố Hồ Chí Minh) từ 4-5 năm tù, tổng hợp với bản án trước đó 6 năm 6 tháng "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí", hình phạt chung áp dụng đối với bị cáo Kiệt là 10 năm 6 tháng đến 11 năm 6 tháng tù; Lê Văn Thanh (nguyên Phó Chánh Văn phòng UBND Thành phố Hồ Chí Minh) bị đề nghị từ 3-4 năm, tổng hợp với bản án 4 năm tù trước đó đối với bị cáo Thanh về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí", buộc bị cáo Thanh phải chấp hành chung hai bản án là 7-8 năm tù; Lê Quang Minh (nguyên Trưởng phòng Phát triển hạ tầng, Sở Kế hoạch và Đầu tư Thành phố Hồ Chí Minh) từ 3-4 năm tù; Nguyễn Thanh Chương (nguyên Trưởng phòng Đô thị, Văn phòng UBND Thành phố Hồ Chí Minh) từ 3-4 năm tù, tổng hợp với bản án trước đó 3 năm tù đối với bị cáo Chương về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí", buộc bị cáo Chương phải chấp hành chung hai bản án là từ 6-7 năm tù; Trương Văn Út (nguyên Phó Trưởng phòng Quản lý đất, Sở Tài nguyên và Môi trường Thành phố Hồ Chí Minh) bị đề nghị từ 3-4 năm tù, tổng hợp với bản án 5 năm tù trước đó về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí", buộc bị cáo Út phải chấp hành chung hai bản án là 8-9 năm tù; Nguyễn Lan Châu (nguyên chuyên viên Phòng Quản lý đất, Sở Tài nguyên và Môi trường Thành phố Hồ Chí Minh) bị đề nghị từ 2-3 năm tù về cùng tội "Vi phạm các quy định về quản lý đất đai" theo quy định tại Điều 229, khoản 3, điểm b – Bộ luật Hình sự năm 2015.
Ngoài án phạt tù, đại diện Viện Kiểm sát còn đề nghị Hội đồng xét xử tuyên yêu cầu UBND Thành phố Hồ Chí Minh hủy bỏ Quyết định cho thuê đất và các văn bản liên quan trái pháp luật đối với khu đất số 2-4-6 Hai Bà Trưng (phường Bến Nghé, Quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh); Giao cho UBND Thành phố Hồ Chí Minh thực hiện xử lý theo đúng quy định của pháp luật đối với khu đất số 2-4-6 Hai Bà Trưng, đồng thời quan tâm giải quyết quyền lợi cho bên thứ ba ngay tình.
Trong bản luận tội, đại diện Viện Kiểm sát nhận định đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng. Các bị cáo trong vụ án này hầu hết là người giữ vị trí chủ chốt, quan trọng tại Bộ Công Thương và UBND Thành phố Hồ Chí Minh, được Nhà nước và nhân dân tin tưởng giao trách nhiệm quản lý tài sản công.
Tuy nhiên, vì những động cơ khác nhau các bị cáo đã thực hiện những hành vi chuyển dịch trái pháp luật quyền quản lý, sử dụng khu đất 6.080m2 tại số 2-4-6 Hai Bà Trưng từ Nhà nước sang tư nhân. Hành vi phạm tội các bị cáo xâm hại đến sự đúng đắn, liêm chính và trách nhiệm trong quản lý tài sản Nhà nước, làm mất niềm tin của nhân dân đối với cơ quan quản lý Nhà nước. Vì vậy, cần phải xét xử nghiêm minh đối với các hành vi nêu trên của bị cáo Vũ Huy Hoàng, Nguyễn Hữu Tín và các đồng phạm trong vụ án nhằm răn đe giáo dục và phòng ngừa chung.
Đánh giá vai trò phạm tội của từng bị cáo, đại diện Viện Kiểm sát xác định bị cáo Vũ Huy Hoàng, nguyên Bộ trưởng Bộ Công Thương, là người có trình độ, kinh nghiệm và kiến thức trong công tác quản lý nhà nước về kinh tế, công nghiệp và thương mại, có nhiệm vụ lãnh đạo và quản lý toàn diện các mặt công tác của Bộ Công Thương, thường xuyên tham dự họp Chính phủ, chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ, Chính phủ và Quốc hội về quản lý ngành Công Thương; thực hiện quyền, trách nhiệm, nghĩa vụ của chủ sở hữu Nhà nước đối với doanh nghiệp Nhà nước và doanh nghiệp có vốn Nhà nước đầu tư vào doanh nghiệp khác thuộc Bộ Công Thương quản lý, trong đó có Sabeco là Doanh nghiệp có ngành nghề kinh doanh chính là sản xuất Rượu, Bia và Nước giải khát.
Mặc dù ngay từ những năm 2011- 2012, Chính phủ đã có các Nghị quyết yêu cầu các Bộ, Ngành, Tổng Công ty Nhà nước không đầu tư ngoài ngành kinh doanh chính, nhất là lĩnh vực bất động sản, tài chính…đồng thời khi Sabeco triển khai thực hiện dự án tại khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng, Sabeco không bố trí được số tiền phải nộp để chuyển mục đích sử dụng là hơn 1.236 tỷ đồng, nhưng bị cáo Vũ Huy Hoàng đã không chấp hành các Nghị quyết của Chính phủ, vẫn quyết định cho đầu tư dự án.
Bị cáo Phan Chí Dũng đã trực tiếp tham mưu, đề xuất để bị cáo Vũ Huy Hoàng và lãnh đạo Bộ Công Thương duyệt, ký các văn bản chấp thuận chủ trương cho Sabeco thực hiện dự án bất động sản, không phải là ngành nghề kinh doanh chính; chấp thuận cho liên kết thành lập công ty cổ phần làm chủ đầu tư dự án và chuyển giao khu đất cho công ty cổ phần không phải doanh nghiệp Nhà nước; trái với nội dung Nghị quyết 94 năm 2011 và Nghị quyết 26 năm 2012 của Chính phủ.
Sau đó, bị cáo Phan Chí Dũng đã tham mưu cho lãnh đạo Bộ Công Thương chỉ đạo Sabeco thoái toàn bộ phần vốn góp của Sabeco tại Sabeco Pearl và phê duyệt giá cổ phần làm giá khởi điểm để đấu giá thấp hơn giá trị thực tế, trái pháp luật.Bị cáo Nguyễn Hữu Tín biết khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng đã được sắp xếp cho Sabeco xây dựng Khu phức hợp 6 sao, Trung tâm thương mại, Trung tâm hội nghị, hội thảo và Cao ốc Văn phòng cho thuê, không áp dụng việc liên doanh, liên kết thành lập pháp nhân mới để thực hiện dự án.
Nhưng bị cáo Nguyễn Hữu Tín vẫn ký các văn bản cho Sabeco Pearl, không phải là doanh nghiệp Nhà nước, được thực hiện nghĩa vụ tài chính, được làm chủ đầu tư và được thuê đất thực hiện dự án tại số 2-4-6 Hai Bà Trưng trái quy định của pháp luật, không đúng đối tượng, không thông qua đấu giá.
Sau khi đại diện Viện Kiểm sát trình bày bản luận tội và đề nghị mức án đối với các bị cáo, luật sư bào chữa đã đưa ra nhiều luận điểm, luận cứ nhằm gỡ tội cho thân chủ.
