Trước đó, bị cáo Nguyễn Thanh Long và một số bị cáo khác kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt.Trình bày quan điểm tại phiên phúc thẩm, đại diện Viện Kiểm sát nhận định bản án sơ thẩm đã xem xét đầy đủ các tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ, đúng người, đúng tội, đúng pháp luật. Các bị cáo trong vụ án này đã thực hiện chuỗi hành vi sai phạm nhằm thu lợi bất chính số tiền đặc biệt lớn. Phan Quốc Việt (Tổng Giám đốc công ty Việt Á) đã biến kit xét nghiệm từ sản phẩm của Nhà nước thành sản phẩm của Việt Á. Bên cạnh đó, Phan Quốc Việt còn thực hiện hành vi ăn chia, đưa hối lộ cho các cá nhân có thẩm quyền để tạo điều kiện cho doanh nghiệp. Theo chỉ đạo của Việt, Phó Tổng giám đốc Việt Á là Vũ Đình Hiệp còn đưa hối lộ cho lãnh đạo CDC các tỉnh. Bị cáo Nguyễn Thanh Long đã lợi dụng chức vụ để tạo điều kiện cho Việt Á. Ngoài ra, thông qua thư ký của mình, bị cáo Long đã nhận hối lộ 2,25 triệu USD từ Phan Quốc Việt.
Tại phiên tòa phúc thẩm, các bị cáo và những người kháng cáo đã đưa ra một số tình tiết mới. Tuy nhiên, sau khi xem xét bản án sơ thẩm và các tình tiết mới ở cấp phúc thẩm, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng phúc thẩm bác tất cả kháng cáo về phần hình phạt của các bị cáo.
Cụ thể, đối với cựu Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thanh Long, bị cáo được xác định có tình tiết tăng nặng phạm tội nhiều lần và được hưởng tình tiết giảm nhẹ thành khẩn khai báo, tích cực hợp tác, đã nộp lại 2,25 triệu USD nhận hối lộ. Tại phiên tòa phúc thẩm, bị cáo Long đã nộp thêm 1 tỷ đồng khắc phục hậu quả chung của vụ án, đã nộp đủ hình phạt bổ sung, án phí và nêu thêm tình tiết có người thân được tặng thưởng Huân chương, Huy chương kháng chiến, bản thân bị cáo có cống hiến, là tác giả nhiều đề tài cấp Nhà nước…
Tuy nhiên, đại diện Viện Kiểm sát cho rằng bị cáo đã nhận hối lộ số tiền lớn để tạo điều kiện cho Công ty Việt Á, gây ra hậu quả đặc biệt lớn. Cấp sơ thẩm đã áp dụng đầy đủ tình tiết giảm nhẹ, cho bị cáo hưởng mức án 18 năm tù về tội nhận hối lộ là dưới khung hình phạt. Do đó, không có căn cứ để giảm nhẹ cho bị cáo.
Đối với bị cáo Phan Quốc Việt, bị cáo đã nộp thêm 200 triệu đồng khắc phục hậu quả vụ án và cho rằng Tòa cấp sơ thẩm áp dụng tình tiết tăng nặng cho bị cáo là không phù hợp, bị cáo đã khai ra hành vi hối lộ để làm rõ bản chất vụ án. Tuy nhiên, Viện Kiểm sát cho rằng bị cáo điều hành xuyên suốt toàn bộ hoạt động của Công ty Việt Á, gây thiệt hại lớn hơn 1.200 tỷ đồng. Tòa cấp sơ thẩm đã áp dụng đầy đủ tình tiết giảm nhẹ cho bị cáo như thành khẩn khai báo, tích cực hợp tác…
"200 triệu đồng nộp thêm không đáng kể so với hậu quả vụ án. Mức án 29 năm tổng hợp 2 tội "Đưa hối lộ" và "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" là phù hợp, không có căn cứ để giảm nhẹ hình phạt cho bị cáo" - đại diện Viện Kiểm sát nêu quan điểm.
Bị cáo Trịnh Thanh Hùng, cựu Vụ phó thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ, có tình tiết mới như nộp lại toàn bộ số tiền nhận hối lộ là 350.000 USD, bị cáo đã nộp hình phạt bổ sung, án phí và nộp thêm 50 triệu đồng khắc phục hậu quả chung của vụ án. Bố vợ của bị cáo có Huân chương, Huy chương kháng chiến, bản thân bị cáo có nhiều thành tích trong công tác, tham gia đào tạo, tích cực tham gia hoạt động từ thiện, có nhiều bằng khen. Vợ bị cáo có nhiều thành tích trong công tác, con bị cáo được tặng thưởng bằng khen. Dù vậy, Viện Kiểm sát cho rằng Tòa án cấp sơ thẩm cho bị cáo hưởng mức án 14 năm tù dưới khung hình phạt bị truy tố. Do đó, Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử bác kháng cáo của bị cáo Hùng.
Đối với tội "Nhận hối lộ", Viện Kiểm sát đề nghị Tòa phúc thẩm bác kháng cáo của bị cáo Nguyễn Nam Liên (cựu Vụ trưởng Kế hoạch Tài chính, Bộ Y tế) và giữ nguyên mức án 7 năm tù đối với bị cáo; bác kháng cáo của bị cáo Phạm Duy Tuyến, cựu Giám đốc CDC Hải Dương, giữ nguyên mức án 13 năm tù.
Đối với các bị cáo phạm tội "Vi phạm quy định đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng", đại diện Viện Kiểm sát cho rằng cấp sơ thẩm đã xem xét các tình tiết giảm nhẹ, hoàn cảnh của các bị cáo và đã áp dụng mức án phù hợp, không có căn cứ để giảm nhẹ thêm hình phạt và đề nghị Tòa phúc thẩm bác kháng cáo.
Công ty Việt Á kháng cáo với nội dung đề nghị không tịch thu sung công quỹ nhà nước số tiền được xác định là hưởng lợi bất chính từ việc bán kit xét nghiệm cho các tổ chức, cá nhân không bị xem xét khởi tố trong vụ án. Công ty Việt Á còn yêu cầu các tổ chức mua kit xét nghiệm không qua thủ tục đấu thầu thanh toán tiền theo như hợp đồng đã ký kết. Phía Công ty Việt Á còn kháng cáo, đề nghị tòa cấp phúc thẩm hủy bỏ các biện pháp phong tỏa, hạn chế giao dịch đối với các tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp này và các công ty trong hệ thống của Việt Á không liên quan đến vụ án… Những nội dung kháng cáo của Công ty Việt Á, đại diện Viện kiểm sát cũng đề nghị bác kháng cáo, giữ nguyên nội dung như bản án sơ thẩm.
Bên cạnh đó, Viện Kiểm sát cũng đề nghị bác kháng cáo đối với một số người liên quan như bà Đàm Thị Trinh (mẹ bị cáo Phan Quốc Việt) với việc đề nghị hủy bỏ việc kê biên, phong tỏa các thẻ tiết kiệm đứng tên bà Trinh. Viện Kiểm sát cũng đề nghị bác kháng cáo của bà Hồ Thị Thanh Thủy (vợ bị cáo Phan Quốc Việt) với nội dung đề nghị hủy bỏ việc kê biên, phong tỏa 2 sổ, thẻ tiết kiệm đứng tên 2 con của bà và bị cáo Phan Quốc Việt với tổng số tiền là 20 tỷ đồng tại Ngân hàng thương mại cổ phần Á Châu (ACB).
Sau phần Viện Kiểm sát trình bày quan điểm, phiên tòa bước sang phần tranh luận.
