Cùng với ghi nhận những kết quả đạt được, Thanh tra Chính phủ chỉ ra nhiều tồn tại, thiếu sót trong quản lý đất đai, thực hiện các dự án đầu tư tại Phú Yên.
Các dự án: Trung tâm thương mại dịch vụ Showroom ô tô, khách sạn và Văn phòng cho thuê Dũng Tiến, Dự án làng du lịch quốc tế ven biển thành phố Tuy Hòa của Công ty TNHH Bắc Âu Biệt thự và Resort cần phải được xác định lại giá đất trên cơ sở tính đúng, tính đủ; xác định tiền thuê đất đối với thời gian chậm tiến độ tại Dự án Khu du lịch sinh thái Núi Thơm, du lịch biển Bãi Xép và du lịch biển Sao Mai của Công ty Cổ phần Xây dựng thương mại dịch vụ Sao Việt; khẩn trương xác định giá đất và giá trị m3 tại dự án khu dân cư phố chợ Hoa Vinh của Công ty Cổ phần Xây dựng 72 theo quy định pháp luật.
Những tồn tại, sai phạm đối với các dự án: Khu đô thị cao cấp Vườn Phượng Hoàng thành phố Tuy Hòa, dự án khai thác mỏ vàng gốc Hòn Mò O huyện Sông Hinh, dự án Khu du lịch biển đảo cao cấp Sunrise Phú Yên của Công ty TNHH Sunrise Phú Yên, dự án Khu du lịch liên hợp cao cấp New City Việt Nam của Công ty New City Việt Nam, dự án Khu du lịch nghỉ dưỡng cao cấp Cù Lao Mái nhà của Công ty TNHH Xuân Thiện Ninh Bình, dự án Đắc Lộc Hotel của Công ty TNHH Thủy sản Đắc Lộc, dự án du lịch sinh thái Núi Thơm, du lịch biển Bãi Xép và du lịch biển Sao Mai của Công ty Cổ phần Xây dựng thương mại dịch vụ Sao Việt, dự án nhà ở xã hội Nam Hùng Vương của Công ty TNHH Bích Hợp cần phải được giải quyết dứt điểm.
Đối với dự án Khu đô thị mới Bắc Lục Khẩu (Khu A) của Công ty TNHH Một thành viên Việt Long Phú Yên theo đề nghị của UBND tỉnh Phú Yên xử lý thu hồi đất, chấm dứt hoạt động dự án và tiến hành các thủ tục liên quan để đấu giá quyền sử dụng đất. “Đề nghị UBND tỉnh thực hiện theo đúng quy định, chịu trách nhiệm trước pháp luật và không thất thoát ngân sách nhà nước, đúng thời hạn cam kết trong năm 2025, trong quá trình thực hiện nếu phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự thì chuyển cho cơ quan chức năng xử lý theo quy định”, Thanh tra Chính phủ kiến nghị.
Qua thanh tra nhận thấy, với các dự án đầu tư sử dụng vốn nhà nước tại tỉnh, còn nhiều tồn tại, hạn chế, khuyết điểm, sai phạm trong công tác thẩm định, phê duyệt chủ trương đầu tư, ký quỹ, dự án chậm tiến độ, để đất hoang hóa nhiều năm, nhà đầu tư không đủ năng lực, đầu tư dàn trải.
Bên cạnh đó, Phú Yên còn tình trạng phải điều chỉnh thiết kế, thi công; tình trạng điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án hay tình trạng hụt nguồn, thiếu vốn theo kế hoạch được giao hoặc theo tiến độ thực hiện dự án; công tác quản lý dự án đầu tư xây dựng được giao còn xảy ra vi phạm.
Ngoài ra, kết luận thanh tra cũng chỉ rõ, công tác đấu thầu trên địa bàn tỉnh chưa đảm bảo cạnh tranh, công bằng, minh bạch; lạm dụng chỉ định thầu, chia nhỏ gói thầu để chỉ định thầu; vi phạm pháp luật về đấu thầu…
Từ kết luận thanh tra, Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo kiểm điểm trách nhiệm để có hình thức xử lý đúng quy định đối với Chủ tịch UBND tỉnh, các Phó Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên phụ trách qua các thời kỳ và chỉ đạo làm rõ trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân có liên quan theo phân cấp cán bộ đã đề xảy ra vi phạm, khuyết điểm.
Theo đó, Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên cần cường thanh tra, kiểm tra trách nhiệm của thủ trưởng các cấp, các ngành trong công tác tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng chống tham nhũng; khắc phục tình trạng đình chỉ quyết định giải quyết khiếu nại không đúng quy định pháp luật; quan tâm đào tạo, tập huấn nghiệp vụ, trao đổi kinh nghiệm cho đội ngũ cán bộ làm công tác tiếp dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo; chỉ đạo các tổ chức, đơn vị chấp hành nghiêm các quy định của pháp luật về phòng, chống tham nhũng và thực hiện có hiệu quả các giải pháp phòng ngừa tham nhũng. Bên cạnh đó, chỉ đạo kiểm tra, rà soát, giải quyết dứt điểm các vụ khiếu nại, tố cáo tồn đọng kéo dài trên địa bàn.