Nội dung Chương trình nhằm chăm sóc, bảo vệ và quản lý sức khoẻ học sinh trong trường học gồm các chỉ tiêu: 80% trường học bảo đảm các điều kiện thực hiện công tác y tế trường học,chăm sóc sức khoẻ học sinh theo quy định; 85% trường học thực hiện kiểm tra sức khỏe học sinh đầu năm học theo quy định; 50% trường học thực hiện việc đánh giá phát hiện sớm các yếu tố nguy cơ về bệnh không lây nhiễm, sức khỏe tâm thần cho học sinh; 75% trường học cung cấp đủ nước uống và nước sạch cho sinh hoạt, hoạt động trong trường học bảo đảm chất lượng theo quy định.
Bên cạnh đó, phấn đấu 100% trường học có nhà vệ sinh cho học sinh, trong đó 50% trường học có đủ nhà vệ sinh cho học sinh theo quy định và 80% nhà vệ sinh bảo đảm điều kiện hợp vệ sinh; 80% trường học đạt tiêu chuẩn trường học an toàn; 75% phòng học đạt yêu cầu về chiếu sáng (độ rọi không dưới 300 Lux); 50% trường học phổ thông bố trí bàn ghế bảo đảm cỡ số theo nhóm chiều cao của học sinh, phù hợp cho học sinh khuyết tật.
Về công tác giáo dục thể chất và hoạt động thể thao trong trường học gồm các chỉ tiêu: 80% trường học bố trí ít nhất 01 khu vực bảo đảm các trang thiết bị, dụng cụ cần thiết dành cho giáo dục thể chất và hoạt động thể thao theo quy định; 85% trường học tổ chức hoạt động vận động thể lực phù hợp cho học sinh thông qua các hoạt động thể thao ngoại khóa, hình thức câu lạc bộ thể thao.
Đồng thời,100% trường học tổ chức kiểm tra, đánh giá, xếp loại thể lực học sinh theo quy định (đối với các trường học phổ thông); 100% trường học định kỳ tổ chức thi đấu thể thao theo quy định của pháp luật về thể dục, thể thao; 100% trường học có đủ giáo viên giáo dục thể chất và được tập huấn, bồi dưỡng, nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ (đối với các trường học phổ thông)...
Về tổ chức bữa ăn học đường, bảo đảm dinh dưỡng hợp lý trong trường học gồm các chỉ tiêu: 100% trường học tổ chức các hoạt động giáo dục dinh dưỡng hợp lý, thực phẩm lành mạnh, an toàn cho học sinh thông qua các giờ học chính khoá, hoạt động ngoại khoá; 60% trường học có tổ chức bữa ăn học đường sử dụng sữa và các sản phẩm từ sữa trong bữa ăn học đường đạt chuẩn theo quy định...
Thủ tướng giao Bộ Giáo dục và Đào tạo chủ trì, tổ chức triển khai, hướng dẫn, đôn đốc việc thực hiện Chương trình trên phạm vi cả nước; trong đó xây dựng, ban hành kế hoạch bao gồm những dự án, kinh phí và các nội dung liên quan với lộ trình triển khai cụ thể; giám sát, kiểm tra, thanh tra và tổ chức sơ kết, tổng kết việc thực hiện Chương trình, báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
Bộ Y tế chủ trì, bổ sung, hoàn thiện các tiêu chuẩn, quy chuẩn về vệ sinh trường học; tiêu chuẩn bàn ghế học sinh; danh mục trang thiết bị, thuốc thiết yếu phục vụ công tác chăm sóc sức khoẻ ban đầu tại trường học; hỗ trợ chuyên môn cho công tác chăm sóc sức khỏe học sinh; hướng dẫn về phòng, chống các yếu tố nguy cơ và bệnh không lây nhiễm, sức khỏe tâm thần, sức khỏe sinh sản ở học sinh…
Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch phối hợp triển khai hướng dẫn việc sử dụng các thiết chế thể thao gắn với trường học, bảo đảm khai thác, sử dụng hiệu quả nhằm hỗ trợ học sinh rèn luyện thể chất; tham gia hướng dẫn triển khai thực hiện Chương trình, lồng ghép với triển khai Đề án tổng thể phát triển thể lực, tầm vóc người Việt Nam giai đoạn 2011 - 2030; xây dựng, phổ biến các quy định về thời gian hoạt động thể lực cho học sinh trong trường học phù hợp với lứa tuổi, đối tượng, cấp học và vùng, miền.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì triển khai bảo đảm cung cấp nước sạch trong trường học; chủ trì hoặc phối hợp triển khai các nội dung, nhiệm vụ và giải pháp của Chương trình theo chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền.
Bộ Thông tin và Truyền thông chủ trì thực hiện các hoạt động truyền thông, giáo dục sức khỏe để nâng cao nhận thức và hành động trong bảo vệ, chăm sóc và tăng cường sức khỏe cho học sinh trong trường học; chủ trì hoặc phối hợp triển khai các nội dung, nhiệm vụ và giải pháp của Chương trình theo chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền.
Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội chủ trì lồng ghép triển khai phòng, chống dịch bệnh, bệnh, tật học đường, phòng, chống tai nạn thương tích, đuối nước trong hoạt động bảo vệ, chăm sóc trẻ em; phối hợp trong hướng dẫn, triển khai, kiểm tra việc thực hiện Chương trình.
Bộ Tài chính chủ trì xem xét, bố trí kinh phí từ ngân sách nhà nước để thực hiện Chương trình theo quy định của pháp luật; rà soát, bổ sung, cập nhật các văn bản hướng dẫn tài chính, nội dung chi, mức chi cho hoạt động sức khỏe học đường.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì tổng hợp, trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ kế hoạch đầu tư công trung hạn để thực hiện các chương trình, dự án được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư công và khả năng cân đối ngân sách nhà nước để triển khai Chương trình.
Bộ Nội vụ phối hợp trong việc đề xuất các cơ chế, chính sách để bảo đảm nguồn nhân lực cho công tác bảo vệ, chăm sóc sức khỏe học sinh trong trường học.
Bảo hiểm xã hội Việt Nam hướng dẫn thu, chi từ nguồn kinh phí bảo hiểm y tế học sinh theo quy định để thực hiện các nội dung của Chương trình.
Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương: Xây dựng chương trình, kế hoạch cụ thể và triển khai các nội dung, nhiệm vụ và giải pháp của Chương trình tại địa phương;theo dõi, đôn đốc, kiểm tra, thanh tra việc thực hiện Chương trình và định kỳ hằng năm gửi báo cáo về Bộ Giáo dục và Đào tạo để tổng hợp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
Đồng thời bố trí kinh phí theo quy định pháp luật về ngân sách nhà nước để củng cố, tăng cường cơ sở vật chất cho trường học và thực hiện mục tiêu của Chương trình, trong đó ưu tiên cho các vùng khó khăn và đặc biệt khó khăn, vùng sâu, vùng xa, miền núi, vùng đồng bào dân tộc thiểu số ở những địa phương có khu vực, đối tượng này; huy động nguồn lực, đẩy mạnh xã hội hóa phù hợp với điều kiện của địa phương để triển khai thực hiện Chương trình; bố trí đủ nhân lực thực hiện công tác y tế trường học và giáo dục thể chất, thể thao trường học theo quy định...
