Theo cơ cấu Chính phủ mới đã được Tổng thống Vladimir Putin phê duyệt, Chính phủ của ông Mishustin sẽ có 10 Phó Thủ tướng, trong đó có 1 Phó Thủ tướng thứ nhất, 1 Phó Thủ tướng kiêm Đặc phái viên của Tổng thống tại Đặc khu Liên bang Viễn Đông và 1 Phó Thủ tướng kiêm Chánh Văn phòng Chính phủ. Chính phủ mới sẽ không có vị trí Phó Thủ tướng kiêm Bộ trưởng Công Thương - trước đây chức vụ này do ông Denis Manturov đảm nhiệm.
Số lượng các bộ, ngành và các cơ quan Liên bang trong cơ cấu Chính phủ mới vẫn được giữ nguyên là 21 đơn vị. Tổng thống sẽ có nghĩa vụ bổ nhiệm người đứng đầu các cơ quan được Duma phê duyệt.
Các vị trí Phó Thủ tướng mới trong Chính phủ do ông Mitshustin đệ trình gồm: ông Denis Manturov, 55 tuổi, người giữ chức Phó Thủ tướng kiêm Bộ trưởng Công Thương trong Chính phủ tiền nhiệm, sẽ được bổ nhiệm làm Phó Thủ tướng thứ nhất, thay thế ông Andrei Belousov, 65 tuổi; Bộ trưởng Giao thông Vận tải Vitaly Savelyev, 70 tuổi, sẽ được bổ nhiệm làm Phó Thủ tướng phụ trách vận tải và hậu cần; Bộ trưởng Nông nghiệp Dmitry Patrushev, 46 tuổi sẽ thay thế bà Victoria Abramchenko làm Phó Thủ tướng phụ trách nông nghiệp và môi trường.
Trong khi đó, ở các Bộ, ngành, Thủ tướng Mitshustin đề xuất các thay đổi nhân sự như sau: Thống đốc vùng Kursk, Roman Starovoyt, 52 tuổi sẽ thay thế ông Vitaly Savelyev làm Bộ trưởng Giao thông Vận tải; Thống đốc vùng Kaliningrad Anton Alikhanov, 37 tuổi sẽ trở thành Bộ trưởng Công Thương; Thống đốc vùng Kemerovo, Sergei Tsivilev, 62 tuổi, sẽ thay thế ông Nikolai Shulginov làm Bộ trưởng Năng lượng; Thứ trưởng Thứ nhất Bộ Nông nghiệp Oksana Lut, 45 tuổi sẽ thay thế ông Dmitry Patrushev làm Bộ trưởng bộ này; Thống đốc vùng Khabarovsk, Mikhail Degtyarev, 42 tuổi sẽ thay ông Oleg Matytsin làm Bộ trưởng Thể thao.
Các vị trí Phó Thủ tướng tại vị bao gồm Phó Thủ tướng Alexander Novak, bên cạnh lĩnh vực năng lượng, được giao nhiệm vụ giám sát nền kinh tế và chống lại các lệnh trừng phạt; Phó Thủ tướng kiêm Chánh Văn phòng Chính phủ Dmitry Grigorenko sẽ giám sát chính sách phát triển kỹ thuật số và chống độc quyền; Phó Thủ tướng Dmitry Chernyshenko sẽ giám sát hoạt động báo chí, truyền thông; Phó Thủ tướng Tatyana Golikova sẽ giám sát hoạt động của Cơ quan các vấn đề quốc gia liên bang; các Phó Thủ tướng Alexei Overchuk, Marat Khusnullin và Phó Thủ tướng kiêm Đặc phái viên của Tổng thống tại Vùng Liên bang Viễn Đông Yury Trutnev sẽ giữ nguyên chức vụ và quyền hạn của mình.
Trong khi đó, các Bộ trưởng tại vị gồm Bộ trưởng Lao động Anton Kotykov, Bộ trưởng Tài nguyên Alexander Kozlov, Bộ trưởng Giáo dục Sergey Kravtsov, Bộ trưởng Văn hóa Olga Lyubimova, Bộ trưởng Phát triển Kinh tế Maxim Reshetnikov, Bộ trưởng Y tế Mikhail Murashko, Bộ trưởng Xây dựng Irek Fayzullin, Bộ trưởng Giáo dục và Khoa học Valery Falkov, Bộ trưởng Phát triển Viễn Đông Alexey Chekunkov và Bộ trưởng Phát triển Kỹ thuật số Maksut Shadayev.
Theo Hiến pháp Nga, các trường hợp ngoại lệ bao gồm Bộ trưởng Nội vụ, Bộ trưởng Ngoại giao, Bộ trưởng Bộ Tình trạng khẩn cấp, Bộ trưởng Quốc phòng và Bộ trưởng Tư pháp sẽ do đích thân Tổng thống Nga đề xuất ứng cử viên và sẽ lấy ý kiến Hội đồng Liên bang (Thượng viện) về việc bổ nhiệm các vị trí này.
