Trong số 10 bị cáo làm đơn kháng cáo, duy nhất có bị cáo Nguyễn Thị Quyết (sinh năm 1983, nguyên nhân viên Phòng Xuất nhập khẩu, Công ty VN Pharma) kháng cáo kêu oan. Bị cáo Quyết cho rằng, mình không thực hiện hành vi phạm tội, bị cáo chỉ làm theo những gì cấp trên chỉ đạo mà không ý thức được đó là hành vi vi phạm pháp luật. Trong bản án sơ thẩm, bị cáo Quyết bị Tòa tuyên phạt 6 năm tù về tội “Buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh”.
Chín bị cáo còn lại kháng cáo xin được giảm nhẹ gồm: Nguyên Thứ trưởng Bộ Y tế Trương Quốc Cường, Nguyễn Thị Thu Thủy (sinh năm 1976, nguyên Phó Trưởng phòng Quản lý giá thuốc, Cục Quản lý Dược Bộ Y tế) xin được giảm nhẹ hình phạt. Phạm Anh Kiệt (sinh năm 1963, nguyên Tổng Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Dược Sài Gòn), Nguyễn Việt Hùng (sinh năm 1956, nguyên Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược Bộ Y tế) và Phạm Hồng Châu (sinh năm 1957, nguyên Trưởng phòng Đăng ký thuốc, Cục Quản lý Dược Bộ Y tế) cùng xin giảm nhẹ hình phạt và xin được hưởng án treo. Ngô Anh Quốc (sinh năm 1984, nguyên Phó Tổng Giám đốc Công ty VN Pharma) xin giảm nhẹ phần trách nhiệm bồi thường dân sự. Phan Cẩm Loan (sinh năm 1973, nguyên Phó Trưởng phòng Xuất nhập khẩu Công ty VN Pharma), Lê Thị Vũ Phương (sinh năm 1982, nguyên Kế toán trưởng Công ty VN Pharma), Phạm Quỳnh Trang (sinh năm 1980, nguyên nhân viên Công ty trách nhiệm hữu hạn thương mại hàng hải Quốc tế H&C) xin được giảm nhẹ hình phạt và xin miễn trách nhiệm dân sự.
Trong bản án sơ thẩm, bị cáo Trương Quốc Cường bị tuyên phạt 4 năm tù, Nguyễn Việt Hùng 3 năm tù về cùng tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Hai bị cáo: Phạm Hồng Châu và Nguyễn Thị Thu Thủy cùng bị phạt 4 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Cùng bị kết án về tội “Buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh, 5 bị cáo gồm: Ngô Anh Quốc bị phạt 15 năm tù, tổng hợp với bản án 16 năm tù của bản án trước, buộc bị cáo phải chấp hành hình phạt chung của cả hai bản án là 30 năm tù. Phan Cẩm Loan lĩnh 8 năm tù, tổng hợp với bản án 7 năm tù của bản án trước, buộc bị cáo phải chấp hành hình phạt chung của cả hai bản án là 15 năm tù. Lê Thị Vũ Phương lĩnh 8 năm tù, tổng hợp với bản án 5 năm tù của bản án trước, buộc bị cáo phải chấp hành hình phạt chung của cả hai bản án là 13 năm tù. Phạm Anh Kiệt bị phạt 14 năm tù, tổng hợp với bản án 3 năm tù của bản án trước, buộc bị cáo phải chấp hành hình phạt chung của cả hai bản án là 17 năm tù. Phạm Quỳnh Trang lĩnh 7 năm tù, tổng hợp với bản án 4 năm tù của bản án trước, buộc bị cáo phải chấp hành hình phạt chung của cả hai bản án là 11 năm tù.
Tòa cấp sơ thẩm nhận định, đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, gây nguy hiểm cho xã hội, hàng hóa bị làm giả trong vụ án là thuốc dùng để điều trị cho bệnh nhân, là mặt hàng đặc biệt do Nhà nước quản lý. Các bị cáo đều có nhận thức pháp luật và có trình độ chuyên môn, tuy nhiên các bị cáo cố tình thực hiện hành vi vi phạm pháp luật, gây bất bình trong dư luận xã hội, ảnh hưởng đến uy tín của ngành y tế.
Trong vụ án này, các bị cáo không được hưởng lợi, đóng vai trò tham gia giúp sức, làm theo chỉ đạo của lãnh đạo. Hầu hết các bị cáo đều thành khẩn khai nhận tội, ăn năn hối cải, mong muốn được giảm nhẹ hình phạt. Riêng bị cáo Phạm Anh Kiệt quanh co, không thừa nhận hành vi cung cấp con dấu có nội dung “Austin Pharma Specialties Co.” của Công ty Austin Hong Kong và dấu chữ ký mang tên Luk Heung Tung cho các bị cáo khác sử dụng vào các hợp đồng nhằm hợp thức việc mua bán nhập khẩu lô thuốc H – capital.
Đối với bị cáo Trương Quốc Cường, bản án sơ thẩm cho rằng bị cáo Cường đã thực hiện không đúng, không đầy đủ chức trách nhiệm vụ được giao, gây hậu quả rất nghiêm trọng. Tuy nhiên, Tòa cấp sơ thẩm cũng đã cân nhắc các tình tiết giảm nhẹ hình phạt cho bị cáo Cường theo quy định của pháp luật.
