Theo phương án sau khi sắp xếp đơn vị hành chính cấp tỉnh, Bộ Nội vụ trình Chính phủ theo hướng, đối với khối Đảng, đoàn thể, thành lập Đảng bộ tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương sau sắp xếp trên cơ sở hợp nhất số lượng đảng viên, tổ chức đảng trực thuộc của các tỉnh ủy, thành ủy trước sắp xếp. Chỉ định Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh, thành phố sau sắp xếp theo quy định về phân cấp quản lý cán bộ và hướng dẫn của Trung ương.
Đối với khối chính quyền, chính quyền địa phương của đơn vị hành chính cấp tỉnh mới gồm có HĐND và UBND, được tổ chức và hoạt động theo quy định của Hiến pháp và Luật Tổ chức chính quyền địa phương (sửa đổi).
HĐND các tỉnh sau sắp xếp thành lập 3 ban là Ban Pháp chế, Ban Kinh tế Ngân sách, Ban Văn hóa Xã hội (đối với tỉnh có nhiều đồng bào dân tộc thiểu số có thể thành lập thêm Ban Dân tộc). HĐND thành phố trực thuộc Trung ương thành lập 4 ban (Ban Pháp chế, Ban Kinh tế Ngân sách, Ban Văn hóa Xã hội và Ban Đô thị) theo quy định của Luật Tổ chức chính quyền địa phương (sửa đổi).
Với các sở, cơ quan tương đương sở, hợp nhất các sở, cơ quan có chức năng, nhiệm vụ tương đồng. Đối với một số cơ quan chuyên môn đặc thù thuộc UBND cấp tỉnh (không tổ chức đồng nhất giữa các tỉnh, thành phố cùng thực hiện sắp xếp): Cơ bản giữ nguyên mô hình tổ chức và chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức và biên chế để bảo đảm thực hiện chức năng quản lý nhà nước trên địa bàn đơn vị hành chính cấp tỉnh mới sau sắp xếp. Sau sắp xếp, UBND cấp tỉnh tổ chức tối đa 14 sở và tương đương (riêng TP Hồ Chí Minh tổ chức tối đa 15 sở và tương đương).
Hợp nhất Đoàn đại biểu Quốc hội của các tỉnh, thành phố trước sắp xếp thành Đoàn đại biểu Quốc hội của tỉnh, thành phố sau sắp xếp và tiếp tục hoạt động cho đến hết nhiệm kỳ.
Về cơ cấu tổ chức bộ máy bên trong các sở, cơ quan: Hợp nhất các phòng chuyên môn nghiệp vụ, các chi cục có chức năng, nhiệm vụ tương đồng. Chuyển chức năng thanh tra các sở về Thanh tra tỉnh và tổ chức lại Thanh tra tỉnh (theo đề án của Trung ương về sắp xếp cơ quan thanh tra).
Với đơn vị sự nghiệp công lập, giữ nguyên các đơn vị sự nghiệp công lập y tế, giáo dục trên địa bàn, đối với các đơn vị sự nghiệp công lập khác trực thuộc UBND tỉnh và trực thuộc các sở, cơ quan thì thực hiện theo hướng dẫn của cấp có thẩm quyền. Sau sau xếp, các địa phương sẽ khảo sát, đánh giá và xem xét tổ chức lại, nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động, bảo đảm việc tiếp tục cung ứng dịch vụ sự nghiệp công và phù hợp với tình hình thực tiễn.
Chính phủ sẽ chỉ đạo các bộ, ngành Trung ương phối hợp chặt chẽ với các địa phương để sắp xếp, kiện toàn các cơ quan trung ương thuộc ngành, lĩnh vực đóng trên địa bàn đảm bảo theo quy định của pháp luật.
Cũng theo Bộ Nội vụ, tổng biên chế được giao của 52 tỉnh, thành phố thực hiện sắp xếp là 937.935 người (gồm 37.447 cán bộ, 130.705 công chức, 769.783 viên chức). Sau sắp xếp, số lượng cán bộ, công chức, viên chức của cấp tỉnh tối đa không vượt quá tổng số cán bộ, công chức, viên chức (số có mặt) của cấp tỉnh trước sắp xếp và thực hiện tinh giản biên chế gắn với cơ cấu lại, nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức, bảo đảm trong thời hạn 5 năm cơ bản bố trí theo đúng quy định.
Sau khi chính quyền địa phương cấp tỉnh đi vào hoạt động, Đảng ủy Chính phủ phối hợp với Ban Tổ chức Trung ương, các Tỉnh ủy, Thành ủy trực thuộc Trung ương và các cơ quan liên quan căn cứ quy mô dân số, diện tích tự nhiên, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của chính quyền địa phương cấp tỉnh để xây dựng vị trí việc làm trình cấp có thẩm quyền giao biên chế công chức, viên chức cho địa phương.
