Trịnh Xuân Thanh bị khởi tố về tội Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng theo Điều 165 Bộ luật Hình sự. Hình phạt cao nhất của tội này theo quy định tại khoản 3 Điều 165 Bộ luật Hình sự là 20 năm (phạm tội gây thiệt hại từ một tỷ đồng trở lên hoặc gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng khác). Đây là loại tội phạm đặc biệt nghiêm trọng.
Theo quy định tại khoản 1 Điều 160 Bộ luật Tố tụng hình sự, nếu hết thời hạn điều tra mà không biết rõ bị can đang ở đâu, nhà chức trách sẽ tạm đình chỉ điều tra. Trong trường hợp vụ án có nhiều bị can mà lý do tạm đình chỉ điều tra không liên quan đến tất cả các bị can thì có thể tạm đình chỉ điều tra từng bị can.
Theo khoản 1, khoản 2 Điều 119 Bộ luật Tố tụng Hình sự, thời hạn điều tra vụ án hình sự không quá hai tháng với tội phạm ít nghiêm trọng, không quá 3 tháng với tội phạm nghiêm trọng, không quá 4 tháng với tội phạm rất nghiêm trọng và tội phạm đặc biệt nghiêm trọng, kể từ khi khởi tố vụ án cho đến khi kết thúc điều tra.
Trong trường hợp cần gia hạn điều tra do tính chất phức tạp của vụ án thì chậm nhất là 10 ngày trước khi hết hạn điều tra, cơ quan điều tra phải có văn bản đề nghị Viện kiểm sát gia hạn điều tra.
Đối với tội phạm ít nghiêm trọng có thể được gia hạn điều tra một lần không quá hai tháng; với tội phạm nghiêm trọng có thể được gia hạn điều tra hai lần, lần thứ nhất không quá ba tháng và lần thứ hai không quá hai tháng; với tội phạm rất nghiêm trọng có thể được gia hạn điều tra hai lần, mỗi lần không quá 4 tháng; với tội phạm đặc biệt nghiêm trọng có thể được gia hạn điều tra 3 lần, mỗi lần không quá 4 tháng.
Như vậy, nếu hết thời hạn 16 tháng mà vẫn không biết rõ Trịnh Xuân Thanh ở đâu, cơ quan điều tra sẽ tạm đình chỉ điều tra với bị can này (nếu sau này bắt được sẽ phục hồi điều tra theo quy định).
Đối với vụ án cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng theo Điều 165 Bộ luật Hình sự xảy ra tại PVC và các bị can còn lại, các cơ quan có thẩm quyền sẽ tiếp tục điều tra xử lý theo quy định.
Ủy ban kiểm tra TƯ xác định, dưới thời lãnh đạo của ông Thanh tại Tổng công ty cổ phần xây lắp dầu khí Việt Nam (PVC), doanh nghiệp này đã dành 86% vốn điều lệ rót vào các hạng mục đầu tư ngoài ngành, công ty con, công ty liên kết và "mắc cạn" trong nợ nần. Giai đoạn 2011-2013, PVC thua lỗ gần 3.300 tỷ đồng.
Ông Thanh sau khi rời PVC ngập trong thua lỗ đã được luân chuyển nhiều chức vụ khác nhau ở Bộ Công Thương như Phó chánh văn phòng Bộ, Trưởng đại diện Bộ tại Đà Nẵng, Vụ trưởng... trước khi giữ cương vị Phó chủ tịch UBND tỉnh Hậu Giang.
Sau những lùm xùm, ông Thanh không được giới thiệu tái cử Phó chủ tịch Hậu Giang và bị hủy tư cách đại biểu Quốc hội. Thủ tướng chỉ đạo Bộ Công an, Thanh tra Chính phủ, Bộ Nội vụ phối hợp điều tra vi phạm dẫn đến khoản lỗ khổng lồ ở PVC.
Ông Trịnh Xuân Thanh được cho là rời khỏi Việt Nam khoảng cuối tháng 7, gửi đơn đến tỉnh uỷ Hậu Giang xin nghỉ phép từ 25 đến 29/7. Ngày 19/8, ông Thanh gửi đơn lần 2 xin nghỉ một tháng (3/8-2/9) để đi nước ngoài trị bệnh và hiện không rõ tung tích.
Ngày 15/9, Cơ quan Cảnh sát điều tra (C46, Bộ Công an) khởi tố vụ án hình sự "cố ý làm trái quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng" tại PVC để làm rõ việc thua lỗ gần 3.300 tỷ đồng. 4 cựu cán bộ chủ chốt doanh nghiệp này gồm: ông Vũ Đức Thuận (ủy viên HĐQT kiêm tổng giám đốc), Nguyễn Mạnh Tiến (phó tổng giám đốc), Trương Quốc Dũng (phó tổng giám đốc), Phạm Tiến Đạt (kế toán trưởng) bị khởi tố, tạm giam.
Một ngày sau, ông Thanh bị khởi tố bị can và được xác định đã bỏ trốn.
Đầu tháng 6, Trịnh Xuân Thanh (Phó chủ tịch tỉnh Hậu Giang) bị phát giác sử dụng chiếc Lexus LX 570 hơn 5 tỷ đồng, đeo biển số xanh 95A-0699, vượt quá giá trị tiêu chuẩn Nhà nước bố trí cho cán bộ cấp tỉnh.
- Ngày 9/6, Văn phòng Trung ương Đảng có công văn thông báo ý kiến chỉ đạo của Tổng bí thư Nguyễn Phú Trọng yêu cầu làm rõ việc này. Ngày 10/6, ông Thanh nói với VnExpress: "Tôi chấp hành nghiêm chỉnh chỉ đạo của Tổng bí thư. Tôi không có ý kiến gì nữa".
- Ngày 13/6, Tỉnh ủy Hậu Giang có báo cáo gửi Tổng bí thư Nguyễn Phú Trọng, Ủy ban kiểm tra Trung ương, Văn phòng Trung ương Đảng và Bộ Công an thừa nhận việc cấp biển xanh cho xe Lexus LX 570 là "chưa đúng quy định".
- Ngày 15/6, ông Phạm Minh Chính, Bí thư trung ương Đảng, Trưởng ban Tổ chức Trung ương, xác nhận tạm dừng bầu chức danh Phó chủ tịch UBND tỉnh Hậu Giang với ông Thanh tại kỳ họp thứ nhất HĐND tỉnh.
- Ngày 11/7, Ủy ban Kiểm tra Trung ương kết luận ông Thanh có nhiều khuyết điểm và phải chịu trách nhiệm về khoản lỗ gần 3.300 tỷ đồng tại Tổng công ty cổ phần xây lắp dầu khí Việt Nam (PVC) trong thời gian lãnh đạo đơn vị này.
- Tháng 8, Thủ tướng giao Bộ Công an khẩn trương chỉ đạo làm rõ các vi phạm dẫn đến thua lỗ tại PVC.
- Ngày 8/9, ông Thanh bị khai trừ Đảng.
- Ngày 15/9, Bộ công an khởi tố vụ án Cố ý làm trái quy định nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng khiến thua lỗ gần 3.300 tỷ đồng xảy ra tại PVC.
Cựu tổng giám đốc Vũ Đức Thuận cùng Nguyễn Mạnh Tiến (phó tổng giám đốc), Trương Quốc Dũng (phó tổng giám đốc), Phạm Tiến Đạt (kế toán trưởng) bị khởi tố bị can, tạm giam.
- Ngày 16/9, ông Thanh là bị can thứ 5 trong vụ án tại PVC và bị phát lệnh truy nã quốc tế.