Trong bản cáo trạng dài 20 trang số 09/CT-VKS của VKS nhân dân tỉnh Hà Giang ngày 28/5/2019 nêu rõ, đầu tháng 5/2018, bị can Hoài gọi Vũ Trọng Lương sang phòng làm việc tại Sở Giáo dục và Đào tạo nói cần nâng điểm cho "một số trường hợp đặc biệt" trong kỳ thi THPT quốc gia 2018. Lương đồng ý và nói cần phải nghiên cứu thêm phần mềm quản lý thi của Bộ Giáo dục.
Giữa tháng 5/2018, sau khi tổ chức quét và chấm thử trên phần mềm xử lý bài thi trắc nghiệm của Bộ Giáo dục, Lương phát hiện phần mềm có "lỗ hổng". Lương sang phòng làm việc của Hoài nói cho Hoài biết là Bộ Giáo dục chỉ yêu cầu gửi file Excel và nói với Hoài là "có thể xử lý nâng điểm được".
Sau khi nghe Lương nói vây, Hoài đã 3 lần chuyển danh sách 93 thí sinh cần nâng điểm môn thi trắc nghiệm cho Lương.
Tháng 6/2018, sau khi một số người quen, đồng nghiệp nhờ nâng điểm cho thí sinh, Hoài tải danh sách M9 từ phần mềm quản lý thi THPT quốc gia về máy tính cá nhân, đánh dấu bôi màu vàng vào dòng thông tin các thí sinh và điền số điểm cần nâng rồi đưa cho Lương. Trong lần 1 có tổng số 77 thí sinh cần nâng điểm.
Cũng trong khoảng thời gian tháng 6/2018, Hoài trực tiếp nhận tin nhắn của 2 người quen gửi SBD của 3 thí sinh để nhờ Hoài nâng điểm. Hoài tiếp tục chuyển tin nhắn này qua điện thoại cho Lương để Lương thực hiện thao tác nâng điểm cho 3 thí sinh này.
Sau đó Hoài tiếp tục nhận thông tin của các thí sinh cần nâng điểm. Khoảng thời gian từ 28/6-29/6/2018, tại phòng Trưởng ban thư ký Hội đồng thi ở tầng 2 trường THPT Chuyên Hà Giang, Hoài sử dụng máy tính cá nhân để lập danh sách SBD 13 thí sinh rồi gửi qua email cho Lương để Lương nâng điểm. Sau khi nhận được danh sách, Lương tiếp tục nhập bổ sung vào danh sách thí sinh cần nâng điểm mà Lương đã lập, lưu trong máy tính.
Trước đó, ngày 19/7/2018, Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Hà Giang đã khởi tố vụ án hình sự Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ xảy ra vào tháng 7/2018 tại Hội đồng thi THPT Quốc gia năm 2018 trên địa bàn tỉnh Hà Giang; khởi tố, bắt tạm giam 2 bị can là Vũ Trọng Lương và Nguyễn Thanh Hoài.
Theo dự kiến, giữa tháng 7/2019, TAND tỉnh Hà Giang sẽ mở phiên sơ thẩm xét xử 5 bị can trong vụ án gian lận điểm thi THPT quốc gia 2018 xảy ra tại tỉnh này.
5 bị can bị truy tố gồm: Nguyễn Thanh Hoài (cựu Trưởng Phòng Khảo thí và quản lý chất lượng giáo dục (QLCLGD), Sở GD-ĐT tỉnh Hà Giang), Vũ Trọng Lương (cựu Phó Phòng Khảo thí và QLCLGD), Phạm Văn Khuông, Triệu Thị Chính (2 cựu Phó Giám đốc Sở GD-ĐT tỉnh Hà Giang) và Lê Thị Dung (cựu cán bộ Công an tỉnh Hà Giang).
Vụ việc bắt nguồn vào đầu tháng 7/2018 khi dư luận phản ánh nhiều bất thường về điểm số của kỳ thi THPT quốc gia tại Hà Giang. Sau khi nhận được thông tin, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã phối hợp với Bộ Công an, các cơ quan chức năng tỉnh Hà Giang thành lập Hội đồng chấm thẩm định.
Sau 4 ngày chấm thẩm định tất cả bài thi trắc nghiệm của thí sinh Hà Giang, chiều 17/7, tổ công tác của Bộ GD&ĐT đã công bố kết quả xác minh. Theo đó, hơn 330 bài thi của 114 thí sinh đã bị can thiệp, sửa chữa để nâng điểm.
Tại cuộc họp báo chiều ngày 17/7 do Bộ GD-ĐT phối hợp với UBND tỉnh Hà Giang tổ chức, ông Vũ Trọng Lương được xác định là người trực tiếp can thiệp vào kết quả thi của thí sinh.
Đại diện Cục An ninh Chính trị nội bộ (A83 - Bộ Công an) cho biết, hàng năm, máy tính để quét xác nhận được Sở GD-ĐT tỉnh Hà Giang phân công cho ông Vũ Trọng Lương phụ trách trực tiếp. Ông Lương được phép sử dụng máy tính này để thao tác vị trí công việc hàng ngày và có kết nối mạng.
Ngày 27/6, sau khi Bộ GD-ĐT công bố đáp án thi, ông Lương đã lên mạng tải toàn bộ những kết quả này vào phần mềm Excel. Sau đó, ông Lương chuyển toàn bộ bài thi, mở khóa niêm phong, rút bài từ các túi bài thi từ điểm chấm thi tại trường Chuyên Hà Giang mang về Sở GD-ĐT Hà Giang, thao tác trong 2 tiếng để tẩy xóa bài thi.
Kiểm tra điện thoại của ông Lương, lực lượng chức năng phát hiện có nhiều tin nhắn, cuộc điện thoại liên quan đến việc nhờ vả, làm sai kết quả thi.
Camera của Sở GD-ĐT tỉnh Hà Giang đã ghi lại toàn bộ những hình ảnh thể hiện hành vi vi phạm của ông Lương. Ông Lương đã lấy file xử lý đáp án dán vào file text, chỉ mất 6 giây/trường hợp cho việc thực hiện.
