Tại quyết định ký ngày 28/4/2017 do Phó chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa Nguyễn Đăng Quyền ký thay nói rõ: Nguồn nước tiếp nhận nước thải là nước biển ven bờ (xã Hải Yến, huyện Tĩnh Gia). Vị trí cửa xả nước thải ở tọa độ vị trí cửa xả nước thải là X=2142359.351 (m), Y=0582682.502 (m). Phương thức xả nước thải là tự chảy. Chế độ xả thải 24h/ngày đêm.
Lưu lượng xả nước thải lớn nhất là 500 m khối/ngày đêm; trung bình là 480 m khối/ngày đêm. Chất lượng nước thải: Giá trị thông số các chất ô nhiễm chính có trong nước thải của đơn vị được phép xả thải vào nguồn nước tiếp nhận không vượt quá giá trị quy định tại quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về nước thải công nghiệp. Thời hạn của giấy phép là từ ngày 1/5/2017 đến hết ngày 28/2/2018.
Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa yêu cầu Công ty TNHH Lọc hóa dầu Nghi Sơn: Tuân thủ các nội dung quy định của giấy phép, thực hiện các nghĩa vụ theo quy định. Thực hiện quan trắc nước thải và nguồn tiếp nhận như quan trắc nước thải: Quan trắc liên tục lưu lượng nước thải qua đồng hồ đo lưu lượng xả thải tại vị trí trước khi đấu nối vào kênh thoát nước thải dẫn ra vùng biển ven bờ.
Quan trắc định kỳ chất lượng nước thải từ quá trình làm sạch và vận hành thử nghiệm của Liên hợp lọc hóa dầu Nghi Sơn trước khi xả thải ra vùng biển ven bờ, các thông số quan trắc theo quy định, tần suất quan trắc ba tháng/lần. Quan trắc nguồn nước tiếp nhận: Quan trắc định kỳ chất lượng nước biển ven bờ tại 3 vị trí: Vị trí điểm xả nước thải, vị trí cách điểm xả thải 500m về phía Bắc và vị trí cách điểm xả thải 500m về phía Nam.
Các thông số quan trắc theo quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về chất lượng nước biển ven bờ, tần suất quan trắc 3 tháng/lần. Lập sổ theo dõi, tổng hợp kết quả thực hiện quan trắc nước thải và nguồn nước tiếp nhận.
Quyết định trên của UBND tỉnh Thanh Hóa cũng nói rõ: Công ty TNHH Lọc hóa dầu Nghi Sơn thu gom, vận hành hệ thống xử lý nước thải theo đúng quy trình, công nghệ đã trình bày trong hồ sơ đề nghị cấp phép.
Chịu trách nhiệm trước pháp luật khi có bất kỳ thông số nào không đạt quy chuẩn và phải dừng ngay việc xả nước thải để thực hiện các biện pháp khắc phục. Chịu sự kiểm tra, giám sát của cơ quan quản lý tài nguyên nước và môi trường các cấp. Nếu có sự cố bất thường liên quan đến việc xả nước thải phải dừng ngay xả thải, chuẩn bị nhân lực, trang thiết bị cần thiết để sẵn sàng ứng phó, khắc phục sự cố gây ô nhiễm nguồn nước.
Hàng năm (trước ngày 15/12), tổng hợp báo cáo Sở Tài nguyên và Môi trường, UBND huyện Tĩnh Gia về tình hình thu gom, xử lý nước thải, xả nước thải và các vấn đề phát sinh trong quá trình xử lý nước thải; các kết quả quan trắc lưu lượng, chất lượng nước thải và nước nguồn tiếp nhận theo quy định. (Trích quyết định của UBND tỉnh Thanh Hóa cho phép Cty TNHH Lọc hóa dầu Nghi Sơn (thuộc khu Kinh tế Nghi Sơn, huyện Tĩnh Gia) được xả thải vào nguồn nước biển).