Theo đó, vụ trật bánh ngày 6/8/2017, nguyên nhân do 2 yếu tố: Khu vực ghi N110 tại ga Yên Viên đang trong thời gian thực hiện công tác duy tu, sửa chữa theo điều kiện vừa thi công, đồng thời vẫn tiếp tục khai thác các tuyến tàu khách, tàu hàng. Trong quá trình tác nghiệp duy tu, sửa chữa, đơn vị thi công chưa đảm bảo một số thông số kỹ thuật của tiêu chuẩn nghiệm thu theo quy định. Đây là nguyên nhân chính dẫn đến sự cố.
Thứ 2, Ban lái tàu đã điều khiển tàu chạy vượt tốc độ quy định khi một số toa xe cuối cùng của đoàn tàu chưa qua hết khu vực hạn chế tốc độ (tốc độ cho phép tại khu vực qua ghi N110 là 15km/h, tốc độ tàu thực tế qua ghi lúc xảy ra tai nạn là 17,78kn/h). Đây là nguyên nhân cộng hưởng dẫn đến sự cố.
Trách nhiệm dẫn đến sự cố thuộc về Công ty cổ phần Đường sắt Hà Hải và Chi nhánh Xí nghiệp Đầu máy Yên Viên.
Với vụ trật bánh ngày 7/8/2017, nguyên nhân được xác định như sau: Ngay sau khi xảy ra sự cố lần 1, đơn vị thi công đã tập trung xử lý để thông đường và hoàn trả tốc độ khu ga là 15km/h. Đồng thời khu ga đã đón được 05 đoàn tàu (03 tàu hàng, 02 tàu khách) thông qua an toàn. Tuy nhiên, đơn vị thi công đã thiếu cẩn trọng, không kiểm tra lại các thông số kỹ thuật đường sau khi các đoàn tàu thông qua đã tác động ảnh hưởng đến kết cấu nền đường. Đây là nguyên nhân dẫn đến sự cố trật bánh lần 2.
Trách nhiệm dẫn đến sự cố thuộc lần 2 về Công ty cổ phần Đường sắt Hà Hải.
Về việc xử lý trách nhiệm của các tập thể, cá nhân liên quan: Căn cứ quy định hiện hành và nguyên nhân diễn ra sự cố, Tổng công ty đã yêu cầu người đứng đầu các đơn vị Công ty cổ phần Đường sắt Hà Hải; Xí nghiệp Đầu máy Yên Viên, Ban Quản lý kết cấu hạ tầng kiểm điểm trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan theo quy định. Báo cáo Tổng công ty kết quả thực hiện trước ngày 20/8/2017.
Sau khi xảy ra 2 vụ trật bánh ảnh hưởng đến an toàn giao thông đường sắt, Tổng công ty đã kịp thời chỉ đạo các Ban chuyên môn, các đơn vị liên quan, tổ chức điều tra, phân tích, quy trách nhiệm và thông báo đến các đơn vị trong toàn ngành xây dựng các biện pháp, tổ chức rút kinh nghiệm để ngăn chặn các vụ việc tương tự.
